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杨梅endo-PG基因单核苷酸多态性(SNP)分析

焦云 舒巧云 刘珠琴

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杨梅endo-PG基因单核苷酸多态性(SNP)分析

    作者简介: 焦云(1983-),男,副研究员,博士,研究方向:果树遗传育种与栽培技术(E-mail:jydyx@163.com)
  • 基金项目:

    宁波市农业科学研究院院长基金项目(2015NKYP001)

  • 中图分类号: S667

Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Analysis of the Endopolygalacturonase Gene in Chinese Bayberry (Myrica rubra)

  • 摘要: Endo-PG基因在果实肉质变化以及后熟软化过程中发挥重要作用。采用PCR直接测序法对45份杨梅试材中endo-PG基因的部分DNA序列进行单核苷酸多态性分析,测序总长度为1866 bp,共发现178个SNP,其中,单现突变位点为60个,简约信息位点为118个,核苷酸多态性值(Pi)为0.27。通过单倍型分析发现在45份杨梅试材中的endo-PG基因存在12种单倍型。基于邻接法NJ构建endo-PG基因系统进化树,结果表明45份杨梅试材被划分为4个组,聚类结果与果实硬度存在一定联系;此外,荸荠等品种存在2种等位基因,且两者差异较大,被划分于不同分组;而东魁等品种纯合度相对较高。
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出版历程
    收稿日期: 
  • 初稿:  2015-11-19
  • 修改稿:  2016-01-13

杨梅endo-PG基因单核苷酸多态性(SNP)分析

    作者简介: 焦云(1983-),男,副研究员,博士,研究方向:果树遗传育种与栽培技术(E-mail:jydyx@163.com)
  • 1. 浙江省宁波市农业科学研究院林业研究所, 浙江 宁波 315040
基金项目:  宁波市农业科学研究院院长基金项目(2015NKYP001)

摘要: Endo-PG基因在果实肉质变化以及后熟软化过程中发挥重要作用。采用PCR直接测序法对45份杨梅试材中endo-PG基因的部分DNA序列进行单核苷酸多态性分析,测序总长度为1866 bp,共发现178个SNP,其中,单现突变位点为60个,简约信息位点为118个,核苷酸多态性值(Pi)为0.27。通过单倍型分析发现在45份杨梅试材中的endo-PG基因存在12种单倍型。基于邻接法NJ构建endo-PG基因系统进化树,结果表明45份杨梅试材被划分为4个组,聚类结果与果实硬度存在一定联系;此外,荸荠等品种存在2种等位基因,且两者差异较大,被划分于不同分组;而东魁等品种纯合度相对较高。

English Abstract

参考文献 (20)

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