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芽胞杆菌系统分类研究最新进展

王阶平 刘波 刘国红 喻子牛 陶天申

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芽胞杆菌系统分类研究最新进展

    作者简介: 王阶平(1973-), 男, 博士, 研究员, 研究方向:微生物学(E-mail:wangjieping2011@163.com)
    通讯作者: 刘波(1957-), 男, 博士, 研究员, 研究方向:微生物生物技术与农业生物药物(E-mail:fzliubo@163.com)
  • 基金项目:

    福建省农业科学院科技创新团队PI建设项目(2016PI-43);福建省农业科学院引进人才科研启动基金(YJRC2014-1);福建省农业科技重大专项(2015NZ0003-1)

  • 中图分类号: S476

Recent Advancements in Taxonomy of Bacillus-like Bacteria:An Updated Review in 2016

  • 摘要: 刘波等在"芽胞杆菌属及其近源属种名目录"中整理了截至2014年12月底已报道的芽胞杆菌种类,共计多达71属752种,但是,只收录了属名带"bacillus"词尾的5个科的相关属、种。在此基础上,本文对芽胞杆菌系统分类进行了扩展、补充和更新,突出了2015-2016年的最新研究进展:(1)整理了能形成芽胞并且带"bacillus"词尾的各属已报道的种的数量、分类地位变动情况、2015-2016年新发表的种类等;(2)补充了7科中能形成芽胞但是无"bacillus"词尾的属的分类情况;(3)整理了带"bacillus"词尾但不属于芽胞杆菌的属的分类地位。截至2016年12月底,芽胞杆菌目至少包括8科,即芽胞杆菌科(69属604种)、脂环酸芽胞杆菌科(6属46种)、类芽胞杆菌科(10属321种)、巴斯德代柄菌科(1属4种)、动球菌科(15属49种)、芽胞乳杆菌科(6属20种)、嗜热放线菌科(17属36种)和1个待建立的科(1属2种)。其中,有13个属的种类不能形成芽胞。因此,芽胞杆菌目中能形成芽胞的种类,共计8科,112属,1 078种。
  • 表 1  名称无“bacillus”词尾的芽胞杆菌种类

    Table 1  Bacillus-like species without suffix "bacillus"

    学名 中文译名 命名者与年份 备注
    Family Thermoactinomycetaceae嗜热放线菌科
    [80] Desmospora 芽胞链菌属 Yassin et al. 2009 2种
    Desmospora activa 活性芽胞链菌 Yassin et al. 2009 模式种,产芽胞
    Desmospora profundinema 深海芽胞链菌 Zhang et al. 2015 产芽胞
    [81] Kroppenstedtia 克罗彭施泰特氏菌属 von Jan et al. 2011 4种
    Kroppenstedtia eburnea 象牙色克罗彭施泰特氏菌 von Jan et al. 2011 模式种,产芽胞
    Kroppenstedtia guangzhouensis 广州克罗彭施泰特氏菌 Yang et al. 2013 产芽胞
    Kroppenstedtia pulmonis 肺克罗彭施泰特氏菌 Bell et al. 2016 产芽胞
    Kroppenstedtia sanguinis 血液克罗彭施泰特氏菌 Bell et al. 2016 产芽胞
    [82] Laceyella 莱西氏菌属 Yoon et al. 2005, gen. nov. 4种
    Laceyella putida 恶臭莱西氏菌 (Lacey and Cross 1989) Yoon et al. 2005 产芽胞
    Laceyella sacchari 甘蔗莱西氏菌 (Lacey 1971) Yoon et al. 2005 模式种,产芽胞
    Laceyella sediminis 沉积物莱西氏菌 Chen et al. 2012 产芽胞
    Laceyella tengchongensis 腾冲莱西氏菌 Zhang et al. 2010 产芽胞
    [83] Lihuaxuella 徐丽华菌属 Yu et al. 2013 1种
    Lihuaxuella thermophila 嗜热徐丽华菌 Yu et al. 2013 模式种,产芽胞
    [84] Marininema 海洋丝菌属 Li et al. 2012 2种
    Marininema halotolerans 耐盐海洋丝菌 Zhang et al. 2013 产芽胞
    Marininema mesophilum 喜中温海洋丝菌 Li et al. 2012 模式种,产芽胞
    [85] Mechercharimyces 马尔克岛霉菌属 Matsuo et al. 2006 2种
    Mechercharimyces asporophorigenens 无芽胞马尔克岛霉菌 Matsuo et al. 2006 未观察到芽胞
    Mechercharimyces mesophilus 中温马尔克岛霉菌 Matsuo et al. 2006 模式种,产芽胞
    [86] Melghirimyces 迈勒吉尔霉菌属 Addou et al. 2012 3种
    Melghirimyces algeriensis 阿尔及利亚迈勒吉尔霉菌 Addou et al. 2012 模式种,产芽胞
    Melghirimyces profundicolus 居深海迈勒吉尔霉菌 Li et al. 2013 产芽胞
    Melghirimyces thermohalophilus 嗜热嗜盐迈勒吉尔霉菌 Addou et al. 2013 产芽胞
    [87] Paludifilum 湿地丝菌属 Frikha-Dammak et al. 2016 1种
    Paludifilum halophilum 嗜盐湿地丝菌 Frikha-Dammak et al. 2016 模式种,产芽胞
    [88] Planifilum 平螺纹丝菌属 Hatayama et al. 2005 5种
    Planifilum caeni 淤泥平螺纹丝菌 Yu et al. 2015 产芽胞
    Planifilum composti 堆肥平螺纹丝菌 Han et al. 2013 产芽胞
    Planifilum fimeticola 居堆肥平螺纹丝菌 Hatayama et al. 2005 模式种,产芽胞
    Planifilum fulgidum 光亮平螺纹丝菌 Hatayama et al. 2005 产芽胞
    Planifilum yunnanense云南平螺纹丝菌 Zhang et al. 2007 产芽胞
    [89] Polycladomyces多枝霉菌属 Tsubouchi et al. 2013 1种
    Polycladomyces abyssicola居深海多枝霉菌 Tsubouchi et al. 2013 模式种,产芽胞
    [90] Risungbinella李城彬菌属 Kim et al. 2015 1种
    Risungbinella pyongyangensis平壤李城彬菌 Kim et al. 2015 模式种,产芽胞
    [91] Salinithrix盐丝菌属 Zarparvar et al. 2012 1种
    Salinithrix halophila嗜盐盐丝菌 Zarparvar et al. 2012 模式种,产芽胞
    [92] Seinonella制野氏菌属 Yoon et al. 2005, gen. nov. 1种
    Seinonella peptonophila噬蛋白胨制野氏菌 (Nonomura and Ohara 1971) Yoon et al. 2005 模式种,产芽胞
    [93] Shimazuella岛津氏菌属 Park et al. 2007 1种
    Shimazuella kribbensis韩研所岛津氏菌 Park et al. 2007 模式种,产芽胞
    [94] Thermoactinomyces嗜热放线菌属 Tsilinsky 1899 模式属,5种
    Thermoactinomyces daqus大曲嗜热放线菌 Yao et al. 2014 产芽胞
    Thermoflavimicrobium dichotomicum双枝嗜热放线菌 (Krasil'nikov and Agre 1964) Yoon et al. 2005 产芽胞
    Thermoactinomyces guangxiensis广西嗜热放线菌 Wu et al. 2015 产芽胞
    Thermoactinomyces khenchelensis汉舍莱嗜热放线菌 Mokrane et al. 2016 产芽胞
    Thermoactinomyces vulgaris常见嗜热放线菌 Tsilinsky 1899 模式种,产芽胞
    [95] Thermoflavimicrobium嗜热黄微菌属 Yoon et al. 2005, gen. nov. 1种
    Thermoflavimicrobium dichotomicum双枝嗜热黄微菌属 (Krasil'nikov and Agre 1964) Yoon et al. 2005 模式种,产芽胞
    Family Bacillaceae芽胞杆菌科
    [96] Alkalicoccus碱球菌属 Zhao et al. 2016 2种
    Alkalicoccus halolimnae盐湖碱球菌 Zhao et al. 2016 模式种,产芽胞
    Alkalicoccus saliphilus嗜盐碱球菌 (Romano et al. 2005) Zhao et al. 2016 产芽胞,Bacillus saliphilus重分类
    [97] Pelagirhabdus海洋杆菌属 Sultanpuram et al. 2016 2种
    Pelagirhabdus alkalitolerans耐碱海洋杆菌 Sultanpuram et al. 2016 模式种,产芽胞
    Pelagirhabdus fermentum发酵海洋杆菌 (Zhilina et al. 2002) Sultanpuram et al. 2016 Bacillus fermentum重分类
    [98] Rubeoparvulum红发婴儿菌属 Tidjani Alou et al. 2016 1种
    Rubeoparvulum massiliense马赛红发婴儿菌 Tidjani Alou et al. 2016 模式种,产芽胞
    [99] Saccharococcus糖球菌属 Nystrand 1984 2种
    Saccharococcus caldoxylosilyticus热解木糖糖球菌 Ahmad et al. 2000 产芽胞
    Saccharococcus thermophilus嗜热糖球菌 Nystrand 1984 模式种,不产芽胞
    [100] Salirhabdus居盐杆菌属 Albuquerque et al. 2007 1种
    Salirhabdus euzebyi厄泽比氏居盐杆菌 Albuquerque et al. 2007 模式种,产芽胞
    [101] Salisediminibacterium盐沉积物杆菌属 Jiang et al. 2012 3种
    Salisediminibacterium halotolerans耐盐盐沉积物杆菌 Jiang et al. 2012 模式种,不产芽胞
    Salisediminibacterium haloalkalitolerans耐盐碱盐沉积物杆菌 Sultanpuram et al. 2015 不产芽胞
    Salisediminibacterium locisalis盐田盐沉积物杆菌 (Márquez et al. 2011) Sultanpuram et al. 2015 产芽胞,Bacillus locisalis重分类
    Family “Alicyclobacillaceae”脂环酸芽胞杆菌科
    [102] Kyrpidia科鲁比蒂斯菌属 Klenk et al. 2011 1种
    Kyrpidia tusciae托斯卡纳科鲁比蒂斯菌 (Bonjour and Aragno 1985) Klenk et al. 2012 Bacillus tusciae重分类
    Family “Paenibacillaceae”类芽胞杆菌科
    [103] Ammoniphilus嗜氨菌属 Zaitsev et al. 1998 3种
    Ammoniphilus oxalaticus草酸嗜氨菌 Zaitsev et al. 1998 模式种,产芽胞
    Ammoniphilus oxalivorans食草酸嗜氨菌 Zaitsev et al. 1998 产芽胞
    Ammoniphilus resinae树脂嗜氨菌 Lin et al. 2015 产芽胞
    [104] Cohnella科恩氏菌属 Kämpfer et al. 2006 29种
    Cohnella arctica北极科恩氏菌 Jiang et al. 2012 产芽胞
    Cohnella boryungensis保宁科恩氏菌 Yoon and Jung 2012 产芽胞
    Cohnella capsici灯笼椒科恩氏菌 Wang et al. 2015 产芽胞
    Cohnella cellulosilytica解纤维素科恩氏菌 Khianngam et al. 2012 产芽胞
    Cohnella collisoli山土科恩氏菌 Lee et al. 2015 产芽胞
    Cohnella damuensis corrig.达姆科恩氏菌 Luo et al. 2010 产芽胞
    Cohnella ferri赤铁科恩氏菌 Mayilraj et al. 2013 产芽胞
    Cohnella fontinalis喷泉科恩氏菌 Shiratori et al. 2010 产芽胞
    Cohnella formosensis台湾科恩氏菌 Hameed et al. 2013 产芽胞
    Cohnella ginsengisoli人参土科恩氏菌 Kim et al. 2010 产芽胞
    Cohnella hongkongensis香港科恩氏菌 Kämpfer et al. 2006 Paenibacillus hongkongensis重分类
    Cohnella humi土科恩氏菌 Nguyen and Lee et al. 2014 产芽胞
    Cohnella laeviribosi左旋核糖科恩氏菌 Cho et al. 2007 产芽胞
    Cohnella lubricantis润滑油科恩氏菌 Kämpfer et al. 2016 不产芽胞
    Cohnella luojiensis珞珈山科恩氏菌 Cai et al. 2010 产芽胞
    Cohnella lupini羽扇豆科恩氏菌 Flores-Félix et al. 2014 产芽胞
    Cohnella nanjingensis南京科恩氏菌 Huang et al. 2014 产芽胞
    Cohnella panacarvi人参田科恩氏菌 Yoon et al. 2011 产芽胞
    Cohnella phaseoli菜豆科恩氏菌 García-Fraile et al. 2008 产芽胞
    Cohnella plantaginis车前草科恩氏菌 Wang et al. 2012 产芽胞
    Cohnella rhizosphaerae根际科恩氏菌 Kämpfer et al. 2014 未观察到芽胞
    Cohnella saccharovorans噬糖科恩氏菌 Choi et al. 2016 产芽胞
    Cohnella soli土壤科恩氏菌 Kim et al. 2012 产芽胞
    Cohnella suwonensis水原科恩氏菌 Kim et al. 2012 产芽胞
    Cohnella terrae土地科恩氏菌 Khianngam et al. 2010 产芽胞
    Cohnella thailandensis泰国科恩氏菌 Khianngam et al. 2010 产芽胞
    Cohnella thermotolerans耐热科恩氏菌 Kämpfer et al. 2006 模式种,产芽胞
    Cohnella xylanilytica解木聚糖科恩氏菌 Khianngam et al. 2010 产芽胞
    Cohnella yongneupensis龙沼科恩氏菌 Kim et al. 2010 产芽胞
    [105] Oxalophagus食草酸菌属 Collins et al. 1994 1种
    Oxalophagus oxalicus草酸食草酸菌 (Dehning and Schink 1990) Collins et al. 1994 模式种,Clostridium oxalicus重分类
    FamilyPasteuriaceae巴斯德氏柄菌科
    [106] Pasteuria巴斯德氏柄菌属 Metchnikoff 1888, genus. 模式属,4种
    Pasteuria nishizawae西泽巴斯德氏柄菌 Sayre et al. 1992 产芽胞,寄生于胞囊线虫
    Pasteuria penetrans穿刺巴斯德氏柄菌 (ex Thorne 1940) Sayre and Starr 1986 产芽胞,寄生于根结线虫
    Pasteuria ramosa多枝巴斯德氏柄菌 Metchnikoff 1888 模式种,产芽胞,寄生于水蚤
    Pasteuria thornei索恩巴斯德氏柄菌 Starr and Sayre 1988 产芽胞,寄生于根腐线虫
    FamilyPlanococcaceae动球菌科
    [107] Bhargavaea哈格瓦氏菌属 Manorama et al. 2009 5种
    Bhargavaea beijingensis北京哈格瓦氏菌 (Qiu et al. 2009) Verma et al. 2012 Bacillus beijingensis重分类
    Bhargavaea cecembensis科研中心哈格瓦氏菌 Manorama et al. 2009 模式种,产芽胞
    Bhargavaea ginsengi人参哈格瓦氏菌 (Qiu et al. 2009) Verma et al. 2012 Bacillus ginsengi重分类
    Bhargavaea indica印度哈格瓦氏菌 Verma et al. 2013 不产芽胞
    Bhargavaea ullalensis乌拉尔哈格瓦氏菌 Glaeser et al. 2013 不产芽胞
    [108] Paenisporosarcina类芽胞束菌属 Krishnamurthi et al. 2009 4种
    Paenisporosarcina antarctica南极类芽胞束菌 (Wu et al. 2008) Reddy et al. 2013 产芽胞,Sporosarcina antarctica重分类
    Paenisporosarcina indica印度类芽胞束菌 Reddy et al. 2013 产芽胞
    Paenisporosarcina macmurdoensis麦克默多类芽胞束菌 (Reddy et al. 2003) Krishnamurthi et al. 2009 产芽胞,Sporosarcina macmurdoensis重分类
    Paenisporosarcina quisquiliarum栖水类芽胞束菌 Krishnamurthi et al. 2009 模式种,产芽胞
    [109] Sporosarcina芽胞束菌属 Kluyver and van Niel 1936 14种
    Sporosarcina aquimarina海水芽胞束菌 Yoon et al. 2001 产芽胞
    Sporosarcina contaminans污染芽胞束菌 Kämpfer et al. 2010 产芽胞
    Sporosarcina globispora球胞芽胞束菌 (Larkin and Stokes 1967) Yoon et al. 2001 产芽胞,Bacillus globisporus重分类
    Sporosarcina halophila嗜盐芽胞束菌 Claus et al. 1984 转移至Halobacillus halophilus (Claus et al. 1984) Spring et al. 1996
    Sporosarcina koreensis韩国芽胞束菌 Kwon et al. 2007 产芽胞
    Sporosarcina luteola黄色芽胞束菌 Tominaga et al. 2009 产芽胞
    Sporosarcina newyorkensis纽约芽胞束菌 Wolfgang et al. 2012 产芽胞
    Sporosarcina pasteurii巴氏芽胞束菌 (Miquel 1889) Yoon et al. 2001 产芽胞,Bacillus pasteurii重分类
    Sporosarcina psychrophila嗜冷芽胞束菌 (Nakamura 1984) Yoon et al. 2001 产芽胞,Bacillus psychrophilus重分类
    Sporosarcina saromensis佐吕间芽胞束菌 An et al. 2007 产芽胞
    Sporosarcina siberiensis西伯利亚芽胞束菌 Zhang et al. 2015 产芽胞
    Sporosarcina soli土壤芽胞束菌 Kwon et al. 2007 产芽胞
    Sporosarcina thermotolerans耐热芽胞束菌 Kämpfer et al. 2010 产芽胞
    Sporosarcina ureae尿素芽胞束菌 (Beijerinck 1901) Kluyver and van Niel 1936 模式种
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    表 2  学名含“bacillus”词尾的非芽胞杆菌的分类地位

    Table 2  Taxonomy of non-Bacillus-like species with suffix "bacillus"

    属学名 中文译名 分类地位描述
    Acidithiobacillus嗜酸硫杆菌属 变形菌门,嗜酸硫杆菌科
    Anaeromassilibacillus厌氧马赛杆菌属 厚壁菌门,梭菌科,非合格化发表
    Coprobacillus粪便杆菌属 厚壁菌门梭菌亚门
    Flectobacillus弯曲杆菌属 拟杆菌门,屈挠杆菌科
    Halothiobacillus盐硫杆菌属 变形菌门,盐硫杆菌科,紫硫细菌
    Heliobacillus太阳杆菌属 厚壁菌门,太阳杆菌科
    Lascolabacillus拉斯科拉杆菌属 拟杆菌门,紫单胞菌科,非合格化发表
    Limibacillus泥杆菌属 变形菌门,红螺菌科
    Mageeibacillus马吉氏杆菌属 厚壁菌门,瘤胃球菌科,非合格化发表
    Methylobacillus 甲基杆菌属 变形菌门,嗜甲基菌科
    Roseibacillus 玫瑰色杆菌属 疣微菌门,疣微菌科
    Spirobacillus 螺旋杆菌属 变形菌门,δ变形菌纲,非合格化发表
    Thermithiobacillus 热硫杆菌属 变形菌门,热硫杆菌科
    Actinobacillus放线杆菌属 厚壁菌门,巴斯德氏菌科,不产芽胞
    Cloacibacillus污水管杆菌属 互养菌门,互养菌科
    Enterobacillus肠杆菌属 变形菌门,肠杆菌科
    Fructobacillus果糖杆菌属 与乳酸杆菌属关系近
    Helcobacillus伤口杆菌属 放线菌门,皮杆菌科
    Humibacillus土壤杆菌属 放线菌门,间孢囊菌科
    Lactobacillus 乳杆菌属 厚壁菌门,乳杆菌科
    Litoribacillus 海滨杆菌属 变形菌门,γ变形菌纲
    Marinilactibacillus海洋乳杆菌属 厚壁菌门,肉杆菌科,乳酸菌
    Paralactobacillus副乳杆菌属 厚壁菌门,乳杆菌科
    Ruminobacillus瘤胃杆菌属 厚壁菌门,葡萄球菌科
    Streptobacillus扭曲杆菌属 梭杆菌门,纤毛菌科
    Thiobacillus硫杆菌属 变形菌门,嗜氢菌科
    下载: 导出CSV
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出版历程
    收稿日期: 
  • 初稿:  2016-12-12
  • 修改稿:  2017-01-14

芽胞杆菌系统分类研究最新进展

    通讯作者: 刘波, fzliubo@163.com
    作者简介: 王阶平(1973-), 男, 博士, 研究员, 研究方向:微生物学(E-mail:wangjieping2011@163.com)
  • 1. 福建省农业科学院农业生物资源研究所, 福建 福州 350003
  • 2. 华中农业大学生命科学技术学院, 湖北 武汉 430070
  • 3. 武汉大学生命科学学院, 湖北 武汉 430070
基金项目:  福建省农业科学院科技创新团队PI建设项目 2016PI-43福建省农业科学院引进人才科研启动基金 YJRC2014-1福建省农业科技重大专项 2015NZ0003-1

摘要: 刘波等在"芽胞杆菌属及其近源属种名目录"中整理了截至2014年12月底已报道的芽胞杆菌种类,共计多达71属752种,但是,只收录了属名带"bacillus"词尾的5个科的相关属、种。在此基础上,本文对芽胞杆菌系统分类进行了扩展、补充和更新,突出了2015-2016年的最新研究进展:(1)整理了能形成芽胞并且带"bacillus"词尾的各属已报道的种的数量、分类地位变动情况、2015-2016年新发表的种类等;(2)补充了7科中能形成芽胞但是无"bacillus"词尾的属的分类情况;(3)整理了带"bacillus"词尾但不属于芽胞杆菌的属的分类地位。截至2016年12月底,芽胞杆菌目至少包括8科,即芽胞杆菌科(69属604种)、脂环酸芽胞杆菌科(6属46种)、类芽胞杆菌科(10属321种)、巴斯德代柄菌科(1属4种)、动球菌科(15属49种)、芽胞乳杆菌科(6属20种)、嗜热放线菌科(17属36种)和1个待建立的科(1属2种)。其中,有13个属的种类不能形成芽胞。因此,芽胞杆菌目中能形成芽胞的种类,共计8科,112属,1 078种。

English Abstract

  • 本文所指的芽胞杆菌(Bacillus-like)是一大类好氧或兼性厌氧(极少数种类严格厌氧)、革兰氏染色阳性(部分种类染色反应可变,极少数种类为阴性),能形成芽胞(endospore)(少数种类未观察到芽胞)的化能异养细菌。芽胞杆菌的突出特性是在一定条件下形成具有很强抗逆性的休眠体——芽胞[1]。芽胞杆菌广泛分布于淡水、咸水、土壤、动植物体、空气等环境,特别是在一些高温、低温、高盐、极碱、极酸、高辐射等极端环境中常有芽胞杆菌的存在,而且它们在食品、农林业、工业、生物技术、医学、冶金、环保、军事等领域有广泛的应用或理想的应用前景。因此,芽胞杆菌是具有悠久研究历史和广受关注的微生物类群[2]

    在分类地位上,芽胞杆菌隶属于厚壁菌门Phylum Firmicutes芽胞杆菌纲Class Bacilli芽胞杆菌目Order Bacillales的7个科,即芽胞杆菌科Family Bacillaceae、脂环酸芽胞杆菌科Family Alicyclobacillaceae、类芽胞杆菌科Family Paenibacillaceae、巴斯德代柄菌科Family Pasteuriaceae、动球菌科Family Planococcaceae、芽胞乳杆菌科Family Sporolactobacillaceae、嗜热放线菌科Family Thermoactinomycetaceae[3-6]

    早在1835年,Ehrenberg就发现并描述了第一个芽胞杆菌——枯草芽胞杆菌,只不过当时把它归为纤毛虫纲的弧菌,命名为Vibrio subtilis。1872年,Cohn建立了芽胞杆菌属Bacillus,并将枯草芽胞杆菌重新命名为Bacillus subtilis,当时还包括炭疽芽胞杆菌Bacillus anthracis[7]。随着实验技术和研究方法的改进,越来越多的芽胞杆菌种类被发现,20世纪90年代开始有许多新的芽胞杆菌近缘属被建立,特别是2000年之后,被鉴定的新种和新属的数量显著增多。2001年,韩延平和杨瑞馥的综述中报道了13个属,130余种[8];2004年出版的第九版《伯杰氏系统细菌学手册:原核生物分类纲要》将芽胞杆菌类细菌分为35个属,记述了芽胞杆菌属及其近缘属在内的芽胞杆菌共409种;2009年,Logan等报道的芽胞杆菌包括49个属,447种[9]

    刘波等整理了截止2014年12月底已报道的芽胞杆菌种类,共计多达71属752种,并发表了“芽胞杆菌属及其近源属种名目录”和出版了《芽胞杆菌第二卷芽胞杆菌分类学》,详细描述了各属、种的基本特征,为各属、种的学名提供了中文译名,但是,只收录了带“bacillus”词尾的5个科的相关属、种[10-11]。在此基础上,本文进一步整理了能形成芽胞并且带“bacillus”词尾的各属已报道的种的数量、分类地位变动情况、2015-2016年新发表的种类等信息,补充讨论了7科中能形成芽胞但是无“bacillus”词尾的属的分类情况,以及带“bacillus”词尾但不属于芽胞杆菌的属的分类地位,以期为芽胞杆菌分类提供更加全面、完整的参考依据。

    • 芽胞杆菌科Bacillaceae Fischer 1895 (Approved Lists 1980), familia.建立于1895年,是芽胞杆菌中属、种最多的科。目前,该科至少有69属(有些属已建立,但以非英文发表或在非分类相关的杂志上发表,尚未得到合格化;有些只建立了属名,没有相关分类学文献),除了居热土菌属Calditerricola、地微菌属Geomicrobium、海洋球菌属Marinococcus、微好氧杆菌属Microaerobacter、糖球菌属Saccharococcus、盐微菌属Salinimicrobium、盐沉积物杆菌属Salisediminibacterium 7个属外,其他属的种类绝大多数能形成芽胞,至少有604种[4, 6]。芽胞杆菌科中能形成芽胞并且带“bacillus”词尾的55属的分类进展,包括各属已报道的种的数量、2015-2016年新发表的种类、分类地位变动情况等总结如下。2015-2016年,芽胞杆菌科新增5属,共增加新种110种,其中,中国学者报道了46个新种,占全部新种的41.8%,而福建省农业科学院农业微生物研究团队报道了6种,占我国新种的13%。

      [1]芽胞杆菌属Bacillus Cohn 1872 (Approved Lists 1980), genus.,该科的模式属,有275种,占该科种类的45.5%。

      新增:在2015-2016年增加了56新种,其具体信息和中文译名如下。

      1)Bacillus andreraoultii Traore et al. 2015, sp. nov.安德烈拉乌尔芽胞杆菌

      2)Bacillus australimaris Liu et al. 2015, sp. nov.澳大利亚海芽胞杆菌

      3)Bacillus campisalis Kumar et al.2015, sp.nov.晒盐场芽胞杆菌

      4)Bacillus capparidis Wang et al.2016, sp.nov.刺山柑芽胞杆菌

      5)Bacillus caseinilyticus Vishnuvardhan Reddy et al. 2015, sp. nov.解酪蛋白芽胞杆菌

      6)Bacillus cavernae Feng et al. 2015, sp. nov.洞穴芽胞杆菌

      7)Bacillus cellulasensis Mawlankar et al. 2016, sp. nov.纤维素酶芽胞杆菌

      8)Bacillus coreaensis Chi et al. 2015, sp. nov.大韩芽胞杆菌

      9)Bacillus crassostreae Chen et al.2015, sp. nov.香港巨蛎芽胞杆菌

      10)Bacillus crescens Shivani et al. 2015, sp. nov.新月芽胞杆菌

      11)Bacillus cucumis Kämpfer et al.2015, sp.nov.黄瓜芽胞杆菌

      12)Bacillus dabaoshanensis Cui et al. 2015, sp. nov.大宝山芽胞杆菌

      13)Bacillus depressus Wei et al. 2016, sp. nov.平扁芽胞杆菌

      14)Bacillus dielmoensis Lo et al. 2015, sp. nov.迪埃尔莫芽胞杆菌

      15)Bacillus ectoiniformans Zhu et al. 2015, sp. nov.产四氢嘧啶芽胞杆菌

      16)Bacillus encimensis Dastager et al. 2015, sp. nov.资源中心芽胞杆菌

      17)Bacillus endolithicus Parag et al. 2015, sp. nov.石内生芽胞杆菌

      18)Bacillus formosensis Lin et al. 2015, sp. nov.福尔摩沙芽胞杆菌

      19)Bacillus glycinifermentans Kim et al. 2015, sp. nov.大豆发酵芽胞杆菌

      20)Bacillus gobiensis Liu et al. 2016, sp. nov.戈壁芽胞杆菌

      21)Bacillus gossypii Kämpfer et al. 2015, sp. nov.陆地棉芽胞杆菌

      22)Bacillus hisashii Nishida et al. 2015, sp. nov.外村尚芽胞杆菌

      23)Bacillus jeddahensis Bittar et al. 2015, sp. nov.吉达芽胞杆菌

      24)Bacillus lindianensis Dou et al. 2016, sp. nov.林甸芽胞杆菌

      25)Bacillus loiseleuriae Liu et al. 2016, sp. nov.高山杜鹃芽胞杆菌

      26)Bacillus lycopersici Lin et al. 2015, sp. nov.圣女果芽胞杆菌

      27)Bacillus malikii Abbas et al. 2015, sp. nov.酋长芽胞杆菌

      28)Bacillus maritimus Pal et al. 2016, sp. nov.海洋沉积物芽胞杆菌

      29)Bacillus mesophilus Zhou et al. 2016, sp. nov.嗜中温芽胞杆菌

      30)Bacillus nakamurai Dunlap et al. 2016, sp. nov.中村氏芽胞杆菌

      31)Bacillus ndiopicus Lo et al. 2015, sp. nov.迪奥普芽胞杆菌

      32)Bacillus niameyensis Tidjani Alou et al. 2015, sp. nov.尼亚美芽胞杆菌

      33)Bacillus nitroreducens Guo et al. 2016, sp. nov.硝酸还原芽胞杆菌

      34)Bacillus oceani Song et al. 2015, sp. nov.海洋芽胞杆菌

      35)Bacillus oleivorans Azmatunnisa et al. 2015, sp. nov.噬柴油芽胞杆菌

      36)Bacillus oryzicola Chung et al. 2015, sp. nov.居水稻芽胞杆菌

      37)Bacillus oryzisoli Zhang et al. 2016, sp. nov.稻田土壤芽胞杆菌

      38)Bacillus oryziterrae Bao et al. 2016, sp. nov.稻田土芽胞杆菌

      39)Bacillus paralicheniformis Dunlap et al. 2015, sp. nov.副地衣芽胞杆菌

      40)Bacillus piscicola Daroonpunt et al. 2015, sp.nov.居鱼芽胞杆菌

      41)Bacillus piscis Lee et al. 2016, sp. nov.鱼芽胞杆菌

      42)Bacillus polymachus Nguyen et al. 2015, sp. nov.多拮抗芽胞杆菌

      43)Bacillus radicibacter Wei et al. 2015, sp. nov.根结芽胞杆菌

      44)Bacillus rigiliprofundi Sylvan et al. 2015, sp. nov.里吉深海床芽胞杆菌

      45)Bacillus rubiinfantis Tidjiani Alou et al. 2015, sp. nov.鲁比婴儿芽胞杆菌

      46)Bacillus salitolerans Zhang et al. 2015, sp. nov.耐盐芽胞杆菌

      47)Bacillus solani Liu et al. 2015, sp. nov.茄属芽胞杆菌

      48)Bacillus stamsii Müller et al. 2016, sp. nov.施塔姆斯氏芽胞杆菌

      49)Bacillus taiwanensis Liu et al. 2015, sp. nov.台湾芽胞杆菌

      50)Bacillus terrae Díez-Méndez et al. 2016, sp. nov.土地芽胞杆菌

      51)Bacillus testis Cimmino et al. 2016, sp. nov.睾丸芽胞杆菌

      52)Bacillus vini Ma et al. 2016, sp. nov酒窖泥芽胞杆菌

      53)Bacillus wiedmannii Miller et al. 2016, sp. nov.维德曼氏芽胞杆菌

      54)Bacillus wurumqiensis Zhang et al. 2016, sp. nov.乌鲁木齐芽胞杆菌

      55)Bacillus wuyishanensis Liu et al. 2015, sp. nov.武夷山芽胞杆菌

      56)Bacillus zhangzhouensis Liu et al. 2015, sp. nov.漳州芽胞杆菌

      变动:芽胞杆菌属有104种的分类地位发生了变动,分别转移至AeribacillusAlicyclobacillusAlkalibacillusAlteribacillusAnaerobacillusAneurinibacillusBhargavaeaBrevibacillusFalsibacillusFictibacillusGeobacillusGracilibacillusHydrogenibacillusJeotgalibacillusKyrpidiaLysinibacillusMarinibacillusPaenibacillusPsychrobacillusPullulanibacillus、RummeliibacillusSalibacillusSalibacteriumSalimicrobiumSalipaludibacillusSalisediminibacteriumSporolactobacillusSporosarcinaUreibacillusVirgibacillus、Viridibacillus等31个新属,其中,2015-2016年有7种转移至其他属。此外,有4种为其他种的同种异名而被合并。具体信息如下。

      1)Bacillus acidocaldarius Darland and Brock 1971, species. → Alicyclobacillus acidocaldarius (Darland and Brock 1971) Wisotzkey et al. 1992, comb. nov.

      2)Bacillus acidoterrestris Deinhard et al. 1988, sp. nov. → Alicyclobacillus acidoterrestris (Deinhard et al. 1988) Wisotzkey et al. 1992, comb. nov.

      3)Bacillus agaradhaerens Nielsen et al. 1995, sp. nov. → Salipaludibacillus agaradhaerens (Nielsen et al. 1995) Sultanpuram and Mothe, 2016, comb. nov.

      4)Bacillus agri (ex Laubach and Rice 1916) Nakamura 1993, sp. nov., nom. rev. → Brevibacillus agri (Nakamura 1993) Shida et al. 1996, comb. nov.

      5)Bacillus alginolyticus Nakamura 1987, sp. nov. → Paenibacillus alginolyticus (Nakamura 1987) Shida et al. 1997, comb. nov.

      6)Bacillus alkalidiazotrophicus Sorokin et al. 2008, sp. nov. → Anaerobacillus alkalidiazotrophicus (Sorokin et al. 2008) Zavarzina et al. 2010, comb. nov.

      7)Bacillus alvei Cheshire and Cheyne 1885, species. → Paenibacillus alvei (Cheshire and Cheyne 1885) Ash et al. 1994, comb. nov.

      8)Bacillus amylolyticus (ex Choukévitch 1911) Nakamura 1984, sp. nov., nom. rev. → Paenibacillus amylolyticus (Nakamura 1984) Ash et al. 1994, comb. nov.

      9)Bacillus aneurinilyticus corrig. (ex Kimura and Aoyama 1952) Shida et al. 1994, sp. nov., nom. rev. → Aneurinibacillus aneurinilyticus corrig. (Shida et al. 1994) Shida et al. 1996, comb. nov.

      10)Bacillus arenosi Heyrman et al. 2005, sp. nov. → Viridibacillus arenosi (Heyrman et al. 2005) Albert et al. 2007, comb. nov.

      11)Bacillus arseniciselenatis corrig. Switzer Blum et al. 2001, sp. nov. → Anaerobacillus arseniciselenatis (Switzer Blum et al. 2001) Zavarzina et al. 2010, comb. nov.

      12)Bacillus arsenicus Shivaji et al. 2005, sp. nov. → Fictibacillus arsenicus (Shivaji et al. 2005) Glaeser et al. 2013, comb. nov.

      13)Bacillus arvi Heyrman et al. 2005, sp. nov. → Viridibacillus arvi (Heyrman et al. 2005) Albert et al. 2007, comb. nov.

      14)Bacillus axarquiensis Ruiz-García et al. 2005, sp. nov.阿萨尔基亚芽胞杆菌→ Bacillus mojavensis Roberts et al. 1994.同种异名

      15)Bacillus azotofixans Seldin et al. 1984, sp. nov. → Paenibacillus azotofixans (Seldin et al. 1984) Ash et al. 1994, comb. nov.

      16)Bacillus barbaricus Täubel et al. 2003, sp. nov. → Fictibacillus barbaricus (Täubel et al. 2003) Glaeser et al. 2013, comb. nov.

      17)Bacillus beijingensis Qiu et al. 2009, sp. nov. → Bhargavaea beijingensis (Qiu et al. 2009) Verma et al. 2012, comb. nov.

      18)Bacillus borstelensis (ex Porter) Shida et al. 1995, sp. nov., nom. rev. → Brevibacillus borstelensis (Shida et al. 1995) Shida et al. 1996, comb. nov.

      19)Bacillus brevis Migula 1900, species. → Brevibacillus brevis (Migula 1900) Shida et al. 1996, comb. nov.

      20)Bacillus centrosporus (ex Ford 1916) Nakamura 1993, sp. nov., nom. rev. → Brevibacillus centrosporus (Nakamura 1993) Shida et al. 1996, comb. nov.

      21)Bacillus chitinolyticus Kuroshima et al. 1996, sp. nov. → Paenibacillus chitinolyticus (Kuroshima et al. 1996) Lee et al. 2004, comb. nov.

      22)Bacillus chondroitinus Nakamura 1987, sp. nov. → Paenibacillus chondroitinus (Nakamura 1987) Shida et al. 1997, comb. nov.

      23)Bacillus choshinensis Takagi et al. 1993, sp. nov. → Brevibacillus choshinensis (Takagi et al. 1993) Shida et al. 1996, comb. nov.

      24)Bacillus curdlanolyticus Kanzawa et al. 1995, sp. nov. → Paenibacillus curdlanolyticus (Kanzawa et al. 1995) Shida et al. 1997, comb. nov.

      25)Bacillus cycloheptanicus Deinhard et al. 1988, sp. nov. → Alicyclobacillus cycloheptanicus (Deinhard et al. 1988) Wisotzkey et al. 1992, comb. nov.

      26)Bacillus dipsosauri Lawson et al. 1996, sp. nov. → Gracilibacillus dipsosauri (Lawson et al. 1996) Wain et al. 1999, comb. nov.

      27)Bacillus edaphicus Shelobolina et al. 1998, sp. nov. → Paenibacillus edaphicus (Shelobolina et al. 1998) Hu et al. 2010, comb. nov.

      28)Bacillus ehimensis Kuroshima et al. 1996, sp. nov. → Paenibacillus ehimensis (Kuroshima et al. 1996) Lee et al. 2004, comb. nov.

      29)Bacillus formosus (ex Porter) Shida et al. 1995, sp. nov., nom. rev. → Brevibacillus formosus (Shida et al. 1995) Shida et al. 1996, comb. nov.

      30)Bacillus fusiformis (ex Meyer and Gottheil 1901) Priest et al. 1989, sp. nov., nom. rev. → Lysinibacillus fusiformis (Priest et al. 1989) Ahmed et al. 2007, comb. nov.

      31)Bacillus galactophilus Takagi et al. 1993, sp. nov. → Bacillus agri (ex Laubach and Rice 1916) Nakamura 1993.同种异名→ Brevibacillus agri (Nakamura 1993) Shida et al. 1996, comb. nov.

      32)Bacillus gelatini De Clerck et al. 2004, sp. nov. → Fictibacillus gelatini (De Clerck et al. 2004) Glaeser et al. 2013, comb. nov.

      33)Bacillus ginsengi Qiu et al. 2009, sp. nov. → Bhargavaea ginsengi (Qiu et al. 2009) Verma et al. 2012, comb. nov.

      34)Bacillus globisporus Larkin and Stokes 1967, species. → Sporosarcina globispora (Larkin and Stokes 1967) Yoon et al. 2001, comb. nov.

      35)Bacillus globisporus subsp. marinus Rüger and Richter 1979, subspecies. → Bacillus marinus (Rüger and Richter 1979) Rüger 1983, comb. nov. → Marinibacillus marinus (Rüger and Richter 1979) Yoon et al. 2001, comb. nov. → Jeotgalibacillus marinus (Rüger and Richter 1979) Yoon et al. 2010, comb. nov.

      36)Bacillus glucanolyticus Alexander and Priest 1989, sp. nov. → Paenibacillus glucanolyticus (Alexander and Priest 1989) Shida et al. 1997, comb. nov.

      37)Bacillus gordonae Pichinoty et al. 1987, sp. nov. → Paenibacillus gordonae (Pichinoty et al. 1987) Ash et al. 1994, comb. nov.

      38)Bacillus haloalkaliphilus Fritze 1996, sp. nov. → Alkalibacillus haloalkaliphilus (Fritze 1996) Jeon et al. 2005, comb. nov.

      39)Bacillus halochares Pappa et al. 2010, sp. nov. → Salibacterium halochares (Pappa et al. 2010) Vishnuvardhan et al. 2015, sp. nov.

      40)Bacillus halodenitrificans Denariaz et al. 1989, sp. nov. → Virgibacillus halodenitrificans (Denariaz et al. 1989) Yoon et al. 2004, comb. nov.

      41)Bacillus halophilus Ventosa et al. 1990, sp. nov. → Salimicrobium halophilum (Ventosa et al. 1990) Yoon et al. 2007, comb. nov.

      42)Bacillus insolitus Larkin and Stokes 1967, species. → Psychrobacillus insolitus (Larkin and Stokes 1967) Krishnamurthi et al. 2011, comb. nov.

      43)Bacillusiranensis Bagheri et al. 2012, sp. nov. →Alteribacillus iranensis (Bagheri et al. 2012) Azmatunnisa Begum et al. 2016, comb. nov.

      44)Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009, sp. nov. →Solibacillus isronensis (Shivaji et al. 2009) Mual et al. 2016, comb. nov.

      45)Bacillus kaustophilus (ex Prickett 1928) Priest et al. 1989, sp. nov., nom. rev. → Geobacillus kaustophilus (Priest et al. 1989) Nazina et al. 2001, comb. nov.

      46)Bacillus kobensis Kanzawa et al. 1995, sp. nov. → Paenibacillus kobensis (Kanzawa et al. 1995) Shida et al. 1997, comb. nov.

      47)Bacillus laevolacticus (ex Nakayama and Yanoshi 1967) Andersch et al. 1994, sp. nov., nom. rev. → Sporolactobacillus laevolacticus (Andersch et al. 1994) Hatayama et al. 2006, comb. nov.

      48)Bacillus larvae White 1906, species. → Paenibacillus larvae (White 1906) Ash et al. 1994, comb. nov.

      49)Bacillus laterosporus Laubach 1916, species. → Brevibacillus laterosporus (Laubach 1916) Shida et al. 1996, comb. nov.

      50)Bacillus lautus (ex Batchelor 1919) Nakamura 1984, sp. nov., nom. rev. → Paenibacillus lautus (Nakamura 1984) Heyndrickx et al. 1996, comb. nov.

      51)Bacillus lentimorbus Dutky 1940, species. → Paenibacillus lentimorbus (Dutky 1940) Pettersson et al. 1999, comb. nov.

      52)Bacillus locisalis Márquez et al. 2011, sp. nov.→ Salisediminibacterium locisalis (Márquez et al. 2011) Sultanpuram et al. 2015, comb. nov.

      53)Bacillus macauensis Zhang et al. 2006, sp. nov. → Fictibacillus macauensis Zhang et al. 2006, Glaeser et al. 2013, comb. nov.

      54)Bacillus macerans Schardinger 1905, species. → Paenibacillus macerans (Schardinger 1905) Ash et al. 1994, comb. nov.

      55)Bacillus macquariensis Marshall and Ohye 1966, species. → Paenibacillus macquariensis (Marshall and Ohye 1966) Ash et al. 1994, comb. nov.

      56)Bacillus macyae Santini et al. 2004, sp. nov. → Anaerobacillus macyae (Santini et al. 2004) Zavarzina et al. 2010, comb. nov.

      57)Bacillus malacitensis Ruiz-García et al. 2005, sp. nov. → Bacillus mojavensis Roberts et al. 1994.同种异名

      58)Bacillus marismortui Arahal et al. 1999, sp. nov. → Salibacillus marismortui (Arahal et al. 1999) Arahal et al. 2000, comb. nov. → Virgibacillus marismortui (Arahal et al. 1999) Heyrman et al. 2003, comb. nov.

      59)Bacillus massiliensis Glazunova et al. 2006, sp. nov. → Lysinibacillus massiliensis (Glazunova et al. 2006) Jung et al. 2012, comb. nov.

      60)Bacillus migulanus Takagi et al. 1993, sp. nov. → Aneurinibacillus migulanus (Takagi et al. 1993) Shida et al. 1996, comb. nov.

      61)Bacillus mucilaginosus Avakyan et al. 1998, sp. nov. → Paenibacillus mucilaginosus (Avakyan et al. 1998) Hu et al. 2010, comb. nov.

      62)Bacillus naganoensis Tomimura et al. 1990, sp. nov. → Pullulanibacillus naganoensis (Tomimura et al. 1990) Hatayama et al. 2006, comb. nov.

      63)Bacillus nanhaiensis Chen et al. 2011, sp. nov. → Fictibacillus nanhaiensis (Chen et al. 2011) Glaeser et al. 2013, comb. nov.

      64)Bacillus neidei Nakamura et al. 2002, sp. nov. → Viridibacillus neidei (Nakamura et al. 2002) Albert et al. 2007, comb. nov.

      65)Bacillus neizhouensis Chen et al. 2009, sp. nov. → Salipaludibacillus neizhouensis (Chen et al. 2009) Sultanpuram and Mothe, 2016, comb. nov.

      66)Bacillus odysseyi La Duc et al. 2004, sp. nov. → Lysinibacillus odysseyi (La Duc et al. 2004) Jung et al. 2012, comb. nov.

      67)Bacillus pabuli (ex Schieblich 1923) Nakamura 1984, sp. nov., nom. rev. → Paenibacillus pabuli (Nakamura 1984) Ash et al. 1994, comb. nov.

      68)Bacillus pallidus Scholz et al. 1988, sp. nov. → Geobacillus pallidus (Scholz et al. 1988) Banat et al. 2004, comb. nov. → Aeribacillus pallidus (Scholz et al. 1988) Miana-Galbis et al. 2010, comb. nov.

      69)Bacillus pallidus Zhou et al. 2008, sp. nov. → Falsibacillus pallidus (Zhou et al. 2008) Zhou et al. 2009, comb. nov.

      70)Bacillus pantothenticus Proom and Knight 1950, species. → Virgibacillus pantothenticus (Proom and Knight 1950) Heyndrickx et al. 1998, comb. nov.

      71)Bacillus parabrevis Takagi et al. 1993, sp. nov. → Brevibacillus parabrevis (Takagi et al. 1993) Shida et al. 1996, comb. nov.

      72)Bacillus pasteurii (Miquel 1889) Chester 1898, species. → Sporosarcina pasteurii (Miquel 1889) Yoon et al. 2001, comb. nov.

      73)Bacillus peoriae Montefusco et al. 1993, sp. nov. → Paenibacillus peoriae (Montefusco et al. 1993) Heyndrickx et al. 1996, comb. nov.

      74)Bacillus persepolensis Amoozegar et al. 2009, sp. nov. → Alteribacillus persepolensis (Amoozegar et al. 2009) Didari et al. 2012, comb. nov.

      75)Bacillus polymyxa (Prazmowski 1880) Macé 1889, species. → Paenibacillus polymyxa (Prazmowski 1880) Ash et al. 1994, comb. nov.

      76)Bacillus popilliae Dutky 1940, species. → Paenibacillus popilliae (Dutky 1940) Pettersson et al. 1999, comb. nov.

      77)Bacillus psychrodurans Abd El-Rahman et al. 2002, sp. nov. → Psychrobacillus psychrodurans (Abd El-Rahman et al. 2002) Krishnamurthi et al. 2011, comb. nov.

      78)Bacillus psychrophilus (ex Larkin and Stokes 1967) Nakamura 1984, sp. nov., nom. rev. → Sporosarcina psychrophila (Nakamura 1984) Yoon et al. 2001, comb. nov.

      79)Bacillus psychrotolerans Abd El-Rahman et al. 2002, sp. nov. → Psychrobacillus psychrotolerans (Abd El-Rahman et al. 2002) Krishnamurthi et al. 2011, comb. nov.

      80)Bacillus pulvifaciens (ex Katznelson 1950) Nakamura 1984, sp. nov., nom. rev. → Paenibacillus pulvifaciens (Nakamura 1984) Ash et al. 1994, comb. nov.→ Paenibacillus larvae subsp. pulvifaciens (Nakamura 1984) Heyndrickx et al. 1996, comb. nov.

      81)Bacillus pycnus Nakamura et al. 2002, sp. nov. → Rummeliibacillus pycnus (Nakamura et al. 2002) Vaishampayan et al. 2009, comb. nov.

      82)Bacillus qingdaonensis Wang et al. 2007, sp. nov. → Salibacterium qingdaonense (Wang et al. 2007) Vishnuvardhan et al. 2015, comb. nov.

      83)Bacillus reuszeri Shida et al. 1995, sp. nov. → Brevibacillus reuszeri (Shida et al. 1995) Shida et al. 1996, comb. nov.

      84)Bacillus rigui Baik et al. 2010, sp. nov. → Fictibacillus rigui (Baik et al. 2010) Glaeser et al. 2013, comb. nov.

      85)Bacillus salexigens Garabito et al. 1997, sp. nov. → Salibacillus salexigens (Garabito et al. 1997) Wain et al. 1999, comb. nov. → Virgibacillus salexigens (Garabito et al. 1997) Heyrman et al. 2003, comb. nov.

      86)Bacillus saliphilus Romano et al. 2005, sp. nov. → Alkalicoccus saliphilus(Romano et al. 2005) Zhao et al. 2015, comb. nov.

      87)Bacillus schlegelii Schenk and Aragno 1981, sp. nov. → Hydrogenibacillus schlegelii (Schenk and Aragno 1981) Kämpfer et al. 2013, comb. nov.

      88)Bacillus silvestris Rheims et al. 1999, sp. nov. → Solibacillus silvestris (Rheims et al. 1999) Krishnamurthi et al. 2009, comb. nov.

      89)Bacillus solisalsi Liu et al. 2009, sp. nov. → Fictibacillus solisalsi (Liu et al. 2009) Glaeser et al. 2013, comb. nov.

      90)Bacillus sphaericus Meyer and Neide 1904, species. → Lysinibacillus sphaericus (Meyer and Neide 1904) Ahmed et al. 2007, comb. nov.

      91)Bacillus stearothermophilus Donk 1920, species. → Geobacillus stearothermophilus (Donk 1920) Nazina et al. 2001, comb. nov.

      92)Bacillus thermantarcticus corrig. Nicolaus et al. 2002, sp. nov. → Geobacillus thermantarcticus (Nicolaus et al. 2002) Coorevits et al. 2012, comb. nov.

      93)Bacillus thermoaerophilus Meier-Stauffer et al. 1996, sp. nov. → Aneurinibacillus thermoaerophilus (Meier-Stauffer et al. 1996) Heyndrickx et al. 1997, comb. nov.

      94)Bacillus thermocatenulatus Golovacheva et al. 1991, sp. nov. → Geobacillus thermocatenulatus (Golovacheva et al. 1991) Nazina et al. 2001, comb. nov.

      95)Bacillus thermodenitrificans (ex Klaushofer and Hollaus 1970) Manachini et al. 2000, sp. nov., nom. rev. → Geobacillus thermodenitrificans (Manachini et al. 2000) Nazina et al. 2001, comb. nov.

      96)Bacillus thermoglucosidasius Suzuki et al. 1984, sp. nov. → Geobacillus thermoglucosidasius (Suzuki et al. 1984) Nazina et al. 2001, comb. nov.

      97)Bacillus thermoleovorans Zarilla and Perry 1988, sp. nov. → Geobacillus thermoleovorans (Zarilla and Perry 1988) Nazina et al. 2001, comb. nov.

      98)Bacillus thermoruber (ex Guicciardi et al. 1968) Manachini et al. 1985, sp. nov., nom. rev. → Brevibacillus thermoruber (Manachini et al. 1985) Shida et al. 1996, comb. nov.

      99)Bacillus thermosphaericus Andersson et al. 1996, sp. nov. → Ureibacillus thermosphaericus (Andersson et al. 1996) Fortina et al. 2001, comb. nov.

      100)Bacillus thiaminolyticus (ex Kuno 1951) Nakamura 1990, sp. nov., nom. rev. → Paenibacillus thiaminolyticus (Nakamura 1990) Shida et al. 1997, comb. nov.

      101)Bacillus tusciae Bonjour and Aragno 1985, sp. nov. → Kyrpidia tusciae (Bonjour and Aragno 1985) Klenk et al. 2012, comb. nov.

      102)Bacillus validus (ex Bredemann and Heigener 1935) Nakamura 1984, sp. nov., nom. rev. → Paenibacillus validus (Nakamura 1984) Ash et al. 1994, comb. nov.

      103)Bacillus velezensis Ruiz-García et al. 2005, sp. nov. → Bacillus amyloliquefaciens (ex Fukumoto 1943) Priest et al. 1987.同种异名

      104)Bacillus vulcani Caccamo et al. 2000, sp. nov. → Geobacillus vulcani (Caccamo et al. 2000) Nazina et al. 2004, comb. nov.

      更正:Bacillus megaterium de Bary 1884, species.巨兽芽胞杆菌→巨大芽胞杆菌

      无效种:Bacillus bombysepticus Hartman 1931.家蚕败血芽胞杆菌

      未核准种:“Bacillus massiliogabonensis” Mourembou et al. 2016, sp. nov.加蓬芽胞杆菌

      [2]好氧芽胞杆菌属(Aeribacillus Miana-Galbis et al. 2010, gen. nov.),仅1种

      [3]碱芽胞杆菌属(Alkalibacillus Jeon et al. 2005, gen. nov.),7种

      [4]别样芽胞杆菌属(Allobacillus Sheu et al. 2011, gen. nov.),仅1种

      [5]交替芽胞杆菌属(Alteribacillus Didari et al. 2012, gen. nov.),4种

      新增:2新种

      1)Alteribacillus alkaliphilus Azmatunnisa Begum et al. 2016, sp. nov.嗜碱交替芽胞杆菌

      2)Alteribacillus iranensis (Bagheri et al. 2012) Azmatunnisa Begum et al. 2016, comb. nov.伊朗交替芽胞杆菌,Bacillus iranensis重分类

      [6]兼性芽胞杆菌属(Amphibacillus Niimura et al. 1990, gen. nov.),9种

      变动:Amphibacillus fermentum Zhilina et al. 2002, sp. nov.发酵兼性芽胞杆菌→ Pelagirhabdus fermentum (Zhilina et al. 2001) Sultanpuram et al. 2016, comb. nov.发酵海洋芽胞杆菌

      [7]厌氧芽胞杆菌属(Anaerobacillus Zavarzina et al. 2010, gen. nov.),3种

      [8]无氧芽胞杆菌属(Anoxybacillus Pikuta et al. 2000, gen. nov.),23种

      新增:Anoxybacillus geothermalis Filippidou et al. 2016, sp. nov.地热无氧芽胞杆菌

      [9]中盐芽胞杆菌属(Aquibacillus Amoozegar et al. 2014, gen. nov.),4种

      更正:Aquibacillus salifodinae Zhang et al. 2014, sp. nov.岩矿中盐芽胞杆菌→Aquibacillus salifodinae Zhang et al. 2015, sp. nov.盐矿中盐芽胞杆菌。

      [10]居盐水芽胞杆菌属(Aquisalibacillus Márquez et al. 2008, gen. nov.),仅1种

      [11]金色芽胞杆菌属(Aureibacillus Liu et al. 2015, gen. nov.),新建立属,1种

      Aureibacillus halotolerans Liu et al. 2015, sp. nov.耐盐金色芽胞杆菌,为该属模式种。

      [12]热碱芽胞杆菌属(Caldalkalibacillus Xue et al. 2006, gen. nov.),2种

      [13]热芽胞杆菌属(Caldibacillus Coorevits et al. 2012, gen. nov.),仅1种

      未核准种:'Caldibacillus cellulovorans'食纤维素热芽胞杆菌

      [14]樱桃样芽胞杆菌属(Cerasibacillus Nakamura et al. 2004, gen. nov.),仅1种

      [15]堆肥芽胞杆菌属(Compostibacillus Yu et al. 2015, gen. nov.),仅1种

      [16]房间芽胞杆菌属(Domibacillus Seiler et al. 2013, gen. nov.),6种

      新增:3新种

      1)Domibacillus antri Xu et al. 2016, sp. nov.洞窟房间芽胞杆菌

      2)Domibacillus iocasae Sun and Sun 2015, sp. nov.中科海洋所房间芽胞杆菌

      3)Domibacillus tundrae Gyeong et al. 2015, sp. nov.苔原房间芽胞杆菌

      [17]假芽胞杆菌属(Falsibacillus Zhou et al. 2009, gen. nov.),仅1种

      [18]发酵芽胞杆菌属(Fermentibacillus Hirota et al. 2016, gen. nov.),新建立的属,1种

      Fermentibacillus polygoni Hirota et al. 2016, gen. nov., sp. nov.蓼属发酵芽胞杆菌

      [19]虚构芽胞杆菌属(Fictibacillus (Zhang et al. 2006) Glaeser et al. 2013, gen. nov.),10种

      新增:Fictibacillus halophilus Sharma et al. 2016, sp. nov.嗜盐虚构芽胞杆菌

      [20]线芽胞杆菌属(Filobacillus Schlesner et al. 2001, gen. nov.),仅1种

      [21]地芽胞杆菌属(Geobacillus Nazina et al. 2001, gen. nov.),18种

      新增:Geobacillus icigianus Bryanskaya et al. 2015, sp. nov.研究所地芽胞杆菌

      [22]纤细芽胞杆菌属(Gracilibacillus Wain et al. 1999, gen. nov.),17种

      新增:2新种

      1)Gracilibacillus kimchii Oh et al. 2016, sp. nov.泡菜纤细芽胞杆菌

      2)Gracilibacillus massiliensis Diop et al. 2016, sp. nov.马赛纤细芽胞杆菌

      [23]喜盐碱芽胞杆菌属(Halalkalibacillus Echigo et al. 2007, gen. nov.),仅1种

      [24]喜盐芽胞杆菌属(Halobacillus Spring et al. 1996, gen. nov.),23种

      新增:3新种

      1)Halobacillus andaensis Wang et al. 2015, sp. nov.安达喜盐芽胞杆菌

      2)Halobacillus salicampi Kim et al. 2016, sp. nov.晒盐场喜盐芽胞杆菌

      3)Halobacillus sediminis Kim et al. 2015, sp. nov.沉积物喜盐芽胞杆菌

      [25]盐乳芽胞杆菌属(Halolactibacillus Ishikawa et al. 2005, gen. nov.),3种

      [26]解氢芽胞杆菌属(Hydrogenibacillus Kämpfer et al. 2013, gen. nov.),仅1种

      [27]吉林芽胞杆菌属(Jilinibacillus Liu et al. 2015, gen. nov.),仅1种

      [28]慢生芽胞杆菌属(Lentibacillus Yoon et al. 2002, gen. nov.),15种

      新增:4新种

      1)Lentibacillus amyloliquefaciens Wang et al. 2016, sp. nov.解淀粉慢生芽胞杆菌

      2)Lentibacillus garicola Jung et al. 2015, sp. nov.鱼酱油慢生芽胞杆菌

      3)Lentibacillus kimchii Oh et al. 2016, sp. nov.泡菜慢生芽胞杆菌

      4)Lentibacillus populi Sun et al. 2016, sp. nov.杨树慢生芽胞杆菌

      [29]赖氨酸芽胞杆菌属(Lysinibacillus Ahmed et al. 2007, gen. nov.),28种

      新增:9新种

      1)Lysinibacillus acetophenoni Azmatunnisa et al. 2015, sp. nov.苯乙酮赖氨酸芽胞杆菌

      2)Lysinibacillus alkaliphilus Zhao et al. 2015, sp. nov.嗜碱赖氨酸芽胞杆菌

      3)Lysinibacillus alkalisoli Sun et al. 2016, sp. nov.碱土赖氨酸芽胞杆菌

      4)Lysinibacillus composti Hayat et al. 2014, sp. nov.堆肥赖氨酸芽胞杆菌

      5)Lysinibacillus cresolivorans Ren et al. 2015, sp. nov.食甲酚赖氨酸芽胞杆菌

      6)Lysinibacillus endophyticus Yu et al. 2016, sp. nov.内生赖氨酸芽胞杆菌

      7)Lysinibacillus fluoroglycofenilyticus Cheng et al. 2015, sp. nov.解乙羧氟草醚赖氨酸芽胞杆菌

      8)Lysinibacillus louembei Ouoba et al. 2015, sp. nov.卢恩贝氏赖氨酸芽胞杆菌

      9)Lysinibacillus xyleni Begum et al. 2016, sp. nov.二甲苯赖氨酸芽胞杆菌

      未核准种:“Lysinibacillus saudimassiliensis” Papadioti et al. 2016, sp. nov.沙特马赛赖氨酸芽胞杆菌

      [30]迈勒吉尔芽胞杆菌属(Melghiribacillus Addou et al. 2015, gen. nov.),新建立的属,1种

      Melghiribacillus thermohalophilus Addou et al. 2015, sp. nov.热嗜盐迈勒吉尔芽胞杆菌,为该属模式种

      [31]高钠芽胞杆菌属(Natribacillus Echigo et al. 2012, gen. nov.),仅1种

      [32]嗜碱芽胞杆菌属(Natronobacillus Sorokin et al. 2009, gen. nov.),仅1种

      [33]大洋芽胞杆菌属(Oceanobacillus Lu et al. 2002, gen. nov.),29种

      新增:8新种

      1)Oceanobacillus arenosus Kim et al. 2015, sp. nov.海沙大洋芽胞杆菌

      2)Oceanobacillus bengalensis Ouyang et al. 2016, sp. nov.孟加拉湾大洋芽胞杆菌

      3)Oceanobacillus damuensis Long et al. 2015, sp. nov.达木斯乡大洋芽胞杆菌

      4)Oceanobacillus endoradicis Yang et al. 2016, sp. nov.根内生大洋芽胞杆菌

      5)Oceanobacillus halophilus Amoozegar et al. 2016, sp. nov.好盐大洋芽胞杆菌

      6)Oceanobacillus jeddahense Khelaifia et al. 2016, sp. nov.吉达大洋芽胞杆菌

      7)Oceanobacillus longus Amoozegar et al. 2016, sp. nov.长杆大洋芽胞杆菌

      8)Oceanobacillus rekensis Long et al. 2015, sp. nov.恰热克镇大洋芽胞杆菌

      [34]鸟氨酸芽胞杆菌属(Ornithinibacillus Mayr et al. 2006, gen. nov.),8种

      新增:Ornithinibacillus composti Lu et al. 2015, sp. nov.堆肥鸟氨酸芽胞杆菌

      [35]海境芽胞杆菌属(Paraliobacillus Ishikawa et al. 2003, gen. nov.),3种

      新增:Paraliobacillus sediminis Cao et al. 2016, sp. nov.沉积物海境芽胞杆菌

      [36]少盐芽胞杆菌属(Paucisalibacillus Nunes et al. 2006, gen. nov.),2种

      [37]鱼芽胞杆菌属(Piscibacillus Tanasupawat et al. 2007, gen. nov.),2种

      [38]蓼芽胞杆菌属(Polygonibacillus Hirota et al. 2016, gen. nov.),新建立的属,1种

      Polygonibacillus indicireducens Hirota et al. 2016, sp. nov., 靛蓝还原蓼芽胞杆菌,为该属模式种

      [39]海芽胞杆菌属(Pontibacillus Lim et al. 2005, gen. nov.),7种

      新增:2新种

      1)Pontibacillus salicampi Lee et al. 2015, sp. nov.盐田海芽胞杆菌

      2)Pontibacillus salipaludis Sultanpuram et al. 2016, sp. nov.盐池海芽胞杆菌

      [40]假纤细芽胞杆菌属(Pseudogracilibacillus Glaeser et al. 2014, gen. nov.),2种

      新增:Pseudogracilibacillus marinus Verma et al. 2016, sp. nov.海洋假纤细芽胞杆菌

      [41]盐渍芽胞杆菌属(Salinibacillus Ren and Zhou 2005, gen. nov.),3种

      [42]盐沼芽胞杆菌属(Salipaludibacillus Sultanpuram and Mothe, 2016, gen. nov.),新建立的属,3种

      1)Salipaludibacillus aurantiacus Sultanpuram and Mothe, 2016, sp. nov.橘色盐沼芽胞杆菌,模式种

      2)Salipaludibacillus agaradhaerens (Nielsen et al. 1995) Sultanpuram and Mothe, 2016, comb. nov.黏琼脂盐沼芽胞杆菌←Bacillus agaradhaerens重分类

      3)Salipaludibacillus neizhouensis (Chen et al. 2009) Sultanpuram and Mothe, 2016, comb. nov.雷州盐沼芽胞杆菌←Bacillus neizhouensis重分类

      [43]居盐土芽胞杆菌属(Saliterribacillus Amoozegar et al. 2013, gen. nov.),仅1种

      [44]栖盐水芽胞杆菌属(Salsuginibacillus Carrasco et al. 2007, gen. nov.),2种

      [45]沉积物芽胞杆菌属(Sediminibacillus Carrasco et al. 2008, gen. nov.),2种

      [46]中华芽胞杆菌属(Sinibacillus Yang and Zhou 2014, gen. nov.),仅1种

      [47]链喜盐芽胞杆菌属(Streptohalobacillus Wang et al. 2011, gen. nov.),仅1种

      [48]细纤芽胞杆菌属(Tenuibacillus Ren and Zhou 2005, gen. nov.),2种

      [49]微温芽胞杆菌属(Tepidibacillus Slobodkina et al. 2014, gen. nov.),2种

      新增:Tepidibacillus decaturensis Dong et al. 2016, sp. nov.迪凯特微温芽胞杆菌

      [50]土地芽胞杆菌属(Terribacillus An et al. 2007, gen. nov.),4种

      [51]德斯科科芽胞杆菌属(Texcoconibacillus Ruiz-Romero et al. 2013, gen. nov.),仅1种

      [52]深海芽胞杆菌属(Thalassobacillus García et al. 2005, gen. nov.),4种

      [53]高温长型芽胞杆菌属(Thermolongibacillus Cihan et al. 2014, gen. nov.),2种

      [54]枝芽胞杆菌属(Virgibacillus Heyndrickx et al. 1998, gen. nov.),34种

      新增:7新种

      1)Virgibacillus ainsalahensis Amziane et al. 2016, sp. nov.萨拉赫枝芽胞杆菌

      2)Virgibacillus flavescens Zhang et al. 2015, sp. nov.变黄色枝芽胞杆菌

      3)Virgibacillus jeotgali Sundararaman et al. 2016, sp. nov.咸海鲜枝芽胞杆菌

      4)Virgibacillus kapii Daroonpunt et al. 2016, sp. nov.鱼酱枝芽胞杆菌

      5)Virgibacillus massiliensis Khelaifia et al. 2015, sp. nov.马赛枝芽胞杆菌

      6)Virgibacillus oceani Yin et al. 2015, sp. nov.海洋枝芽胞杆菌

      7)Virgibacillus senegalensis Seck et al. 2015, sp. nov.塞内加尔枝芽胞杆菌

      变动:2种转移至中盐芽胞杆菌属(Aquibacillus),1种转移至大洋芽胞杆菌属(Oceanobacillus)。

      1)Virgibacillus albus Zhang et al. 2013, sp. nov. → Aquibacillus albus (Zhang et al. 2012) Amoozegar et al. 2014, comb. nov.

      2)Virgibacillus koreensis Lee et al. 2006, sp. nov. → Aquibacillus koreensis (Lee et al. 2006) Amoozegar et al. 2014, comb. nov.

      3)Virgibacillus picturae Heyrman et al. 2003, sp. nov. → Oceanobacillus picturae (Heyrman et al. 2003) Lee et al. 2006, comb. nov.

      [55]火山芽胞杆菌属(Vulcanibacillus L'Haridon et al. 2006, gen. nov.),仅1种

    • 脂环酸芽胞杆菌科Alicyclobacillaceae da Costa and Rainey 2010, fam. nov.是2010年新建立的科,目前,该科至少有6属,43种[4, 6, 12]。此处分别描述脂环酸芽胞杆菌科中名称带“bacillus”词尾的4属的分类进展,包括各属已报道的种的数量、2015-2016年新发表的种类、分类地位变动情况等。2015-2016年增加6新种,其中,中国学者报道了2个新种,占全部新种的33.3%。

      [56]脂环酸芽胞杆菌属(Alicyclobacillus Wisotzkey et al. 1992, gen. nov.),该科模式属,25种

      新增:2新种

      1)Alicyclobacillus dauci Nakano et al. 2015, sp. nov.胡萝卜脂环酸芽胞杆菌

      2)Alicyclobacillus fodiniaquatilis Zhang et al. 2015, sp. nov.酸矿水脂环酸芽胞杆菌

      变动:2种转移至多变芽胞杆菌属(Effusibacillus)。

      3)Alicyclobacillus consociatus Glaeser et al. 2013, sp. nov. → Effusibacillus consociatus (Glaeser et al. 2013) Watanabe et al. 2014, comb. nov.

      4)Alicyclobacillus pohliae Imperio et al. 2008, sp. nov. → Effusibacillus pohliae (Imperio et al. 2008) Watanabe et al. 2014, comb. nov.

      未核准种:“Alicyclobacillus mali”玛丽脂环酸芽胞杆菌

      [57]多变芽胞杆菌属(Effusibacillus Watanabe et al. 2014, gen. nov.),3种

      [58]硫化芽胞杆菌属(Sulfobacillus Golovacheva and Karavaiko 1991, gen. nov.),5种

      变动:Sulfobacillus disulfidooxidans Dufresne et al. 1996, sp. nov. → Alicyclobacillus disulfidooxidans (Dufresne et al. 1996) Karavaiko et al. 2005.

      [59]膨胀芽胞杆菌属(Tumebacillus Steven et al. 2008, gen. nov.),7种

      新增:4新种

      1)Tumebacillus algifaecis Wu et al. 2015, sp. nov.海藻浮渣膨胀芽胞杆菌

      2)Tumebacillus lipolyticus Prasad et al. 2015, sp. nov.解脂膨胀芽胞杆菌

      3)Tumebacillus luteolus Her et al. 2015, sp. nov.黄色膨胀芽胞杆菌

      4)Tumebacillus soli Kim and Kim et al. 2015, sp. nov.土壤膨胀芽胞杆菌

      概念属:酸芽胞杆菌属(Acidibacillus),2种

    • 类芽胞杆菌科Paenibacillaceae De Vos et al. 2010, fam. nov.也是2010年新建立的科,目前,该科至少有10属,321种[4, 6, 13]。此处分别描述类芽胞杆菌科中名称带“bacillus”词尾的7属的分类进展,包括各属已报道的种的数量、2015-2016年新发表的种类、分类地位变动情况等。2015-2016年增加72新种,其中,中国学者报道了36个新种,占全部新种的50%。

      [60]氨芽胞杆菌属(Ammoniibacillus Sakai et al. 2015, gen. nov.),1种

      [61]解硫胺素芽胞杆菌属(Aneurinibacillus Shida et al. 1996, gen. nov.),8种,

      新增:2新种

      1)Aneurinibacillus humi Lee and Lee et al. 2016, sp. nov.土地解硫胺素芽胞杆菌

      2)Aneurinibacillus tyrosinisolvens Tsubouchi et al. 2015, sp. nov.解酪氨酸解硫胺素芽胞杆菌

      [62]短芽胞杆菌属(Brevibacillus Shida et al. 1996, gen. nov.),23种

      新增:3新种

      1)Brevibacillus gelatini Inan et al. 2015, sp.nov.杰氏短芽胞杆菌

      2)Brevibacillus sediminis Xian et al. 2015, sp. nov.沉积物短芽胞杆菌

      3)Brevibacillus halotolerans Song et al. 2016, sp. nov.耐盐短芽胞杆菌

      [63]溪苔芽胞杆菌属(Fontibacillus Saha et al. 2010, gen. nov.),4种

      新增:2新种

      1)Fontibacillus pullulanilyticus Bektas et al. 2016, sp.nov.解支链淀粉溪苔芽胞杆菌

      2)Fontibacillus solani Ramírez-Bahena et al. 2015, sp. nov.茄属溪苔芽胞杆菌

      [64]类芽胞杆菌属(Paenibacillus Ash et al. 1994, gen. nov.),是该科模式属,也是该科种类最多的属,目前至少有244种。

      新增:2015-2016年增加62新种,中国学者发表32个新种,占该属全部新种的51.6%,具体信息如下。

      1)Paenibacillus aceris Hwang and Ghim et al. 2016, sp. nov.槭属类芽胞杆菌

      2)Paenibacillus aceti Li et al. 2016, sp. nov.乙酸类芽胞杆菌

      3)Paenibacillus alba Kim et al. 2015, sp. nov.白色类芽胞杆菌

      4)Paenibacillus antibioticophila Dubourg et al. 2015, sp. nov.多药抗类芽胞杆菌

      5)Paenibacillus arachidis Sadaf et al. 2015, sp. nov.花生类芽胞杆菌

      6)Paenibacillus baekrokdamisoli Lee et al. 2016, sp. nov.白鹿潭类芽胞杆菌

      7)Paenibacillus bovis Gao et al. 2016, sp. nov.牦牛奶类芽胞杆菌

      8)Paenibacillus camerounensis Keita et al. 2016, sp. nov.喀麦隆类芽胞杆菌

      9)Paenibacillus cathormii Sitdhipol et al. 2015, sp. nov.卡氏类芽胞杆菌

      10)Paenibacillus cavernae Lee 2015, sp. nov.洞穴类芽胞杆菌

      11)Paenibacillus chinensis Liu et al. 2016, sp. nov.中华类芽胞杆菌

      12)Paenibacillus cisolokensis Yokota et al. 2016, sp. nov.西索洛芽胞杆菌

      13)Paenibacillus cucumis Kämpfer et al. 2016, sp. nov.黄瓜类芽胞杆菌

      14)Paenibacillus dakarensis Lo et al. 2016, sp. nov.达喀尔类芽胞杆菌

      15)Paenibacillus dauci Zhu et al. 2015, sp. nov.胡萝卜类芽胞杆菌

      16)Paenibacillus enshidis Yin et al. 2015, sp. nov.恩施类芽胞杆菌

      17)Paenibacillus etheri Guisado et al. 2015, sp. nov.食醚类芽胞杆菌

      18)Paenibacillus eucommiae Fang et al. 2016, sp. nov.杜仲类芽胞杆菌

      19)Paenibacillus faecis Clermont et al. 2015, sp. nov.粪便类芽胞杆菌

      20)Paenibacillus gelatinilyticus Padakandla et al. 2015, sp. nov.解明胶类芽胞杆菌

      21)Paenibacillus ginsengiterrae Huq et al. 2015, sp. nov.参土类芽胞杆菌

      22)Paenibacillus hemerocallicola Kim et al. 2015, sp. nov.居萱草类芽胞杆菌

      23)Paenibacillus herberti Guo et al. 2015, sp. nov.短叶剪叶苔类芽胞杆菌

      24)Paenibacillus hispanicus Menéndez et al. 2016, sp. nov.西班牙类芽胞杆菌

      25)Paenibacillus ihumii Togo et al. 2016, sp. nov.肥胖症类芽胞杆菌

      26)Paenibacillus insulae Cho et al. 2015, sp. nov.孤岛类芽胞杆菌

      27)Paenibacillus kyungheensis Siddiqi et al. 2015, sp. nov.庆熙类芽胞杆菌

      28)Paenibacillus liaoningensis Ai et al. 2016, sp. nov.辽宁类芽胞杆菌

      29)Paenibacillus marchantiophytorum Guo et al. 2015, sp. nov.地钱类芽胞杆菌

      30)Paenibacillus medicaginis Lai et al. 2015, sp. nov.苜蓿类芽胞杆菌

      31)Paenibacillus methanolicus Madhaiyan et al. 2016, sp. nov.食甲醇类芽胞杆菌

      32)Paenibacillus nasutitermitis Wang et al. 2016, sp. nov.鼻白蚁类芽胞杆菌

      33)Paenibacillus oenotherae Kim et al. 2015, sp. nov.月见草类芽胞杆菌

      34)Paenibacillus oryzae Zhang et al. 2016, sp. nov.水稻类芽胞杆菌

      35)Paenibacillus panaciterrae Nguyen et al. 2015, sp. nov.参地类芽胞杆菌

      36)Paenibacillus periandrae Menéndez et al. 2015, sp. nov.周生假雄蕊类芽胞杆菌

      37)Paenibacillus physcomitrellae Zhou et al. 2015, sp. nov.小立碗藓类芽胞杆菌

      38)Paenibacillus populi Han et al. 2015, sp. nov.杨树类芽胞杆菌

      39)Paenibacillus puernese Wang et al. 2016, sp. nov.普洱类芽胞杆菌

      40)Paenibacillus qingshengii Chen et al. 2015, sp. nov.庆笙类芽胞杆菌

      41)Paenibacillus qinlingensis Xin et al. 2016, sp. nov.秦岭类芽胞杆菌

      42)Paenibacillus radicis Gao et al. 2015, sp. nov.玉米根类芽胞杆菌

      43)Paenibacillus rhizoryzae Zhang et al. 2015, sp. nov.水稻根类芽胞杆菌

      44)Paenibacillus ripae Sun et al. 2015, sp. nov.河岸类芽胞杆菌

      45)Paenibacillus rubiinfantis Tidjani Alou et al. 2015, sp. nov.鲁比婴儿类芽胞杆菌

      46)Paenibacillus salinicaeni Guo et al. 2016, sp. nov.盐泥类芽胞杆菌

      47)Paenibacillus segetis Huang et al. 2016, sp. nov.瑟盖特类芽胞杆菌

      48)Paenibacillus senegalensis Mishra et al. 2015, sp. nov.塞内加尔类芽胞杆菌

      49)Paenibacillus silagei Tohno et al. 2016, sp. nov.青贮饲料类芽胞杆菌

      50)Paenibacillus silvae Huang et al. 2016, sp. nov.雨林土类芽胞杆菌

      51)Paenibacillus sinopodophylli Chen et al. 2016, sp. nov.桃儿七类芽胞杆菌

      52)Paenibacillus solani Liu et al. 2016, sp. nov.茄属类芽胞杆菌

      53)Paenibacillus terreus Huang et al. 2016, sp. nov.深林土类芽胞杆菌

      54)Paenibacillus tibetensis Han et al. 2015, sp. nov.西藏类芽胞杆菌

      55)Paenibacillus tumbae Huang et al. 2016, sp. nov.寺庙类芽胞杆菌

      56)Paenibacillus tyrfis Aw et al. 2016, sp. nov.泥炭土类芽胞杆菌

      57)Paenibacillus vini Chen et al. 2015, sp. nov.窖泥类芽胞杆菌

      58)Paenibacillus wenxiniae Gao et al. 2016, sp. nov.文新类芽胞杆菌

      59)Paenibacillus wulumuqiensis Zhu et al. 2015, sp. nov.乌鲁木齐类芽胞杆菌

      60)Paenibacillus xanthinilyticus Kim et al. 2015, sp. nov.解黄嘌呤类芽胞杆菌

      61)Paenibacillus yunnanensis Niu et al. 2016, sp. nov.云南类芽胞杆菌

      62)Paenibacillus zeae Liu et al. 2015, sp. nov.玉米类芽胞杆菌

      变动:Paenibacillus azotofixansPaenibacillus ginsen-gisoliPaenibacillus gordonae 3种因同种异名而分别被合并到Paenibacillus durusPaenibacillus anaericanusPaenibacillus validusPaenibacillus pulvifaciens降格为Paenibacillus larvae的亚种。

      1)Paenibacillus azotofixans (Seldin et al. 1984) Ash et al. 1994, comb. nov. → Paenibacillus durus corrig. (Smith and Cato 1974) Collins et al. 1994.同种异名

      2)Paenibacillus ginsengisoli Lee et al. 2007, sp. nov. → Paenibacillus anaericanus Horn et al. 2005.同种异名

      3)Paenibacillus gordonae (Pichinoty et al. 1987) Ash et al. 1994, comb. nov. → Paenibacillus validus (Nakamura 1984) Ash et al. 1994同种异名

      4)Paenibacillus pulvifaciens (Nakamura 1984) Ash et al. 1994, comb. nov. → Paenibacillus larvae subsp. pulvifaciens (Nakamura 1984) Heyndrickx et al. 1996, comb. nov.成为它种的亚种

      [65]糖芽胞杆菌属(Saccharibacillus Rivas et al. 2008, gen. nov.),2种

      新增:3新种

      1)Saccharibacillus deserti Sun et al. 2016, sp. nov.沙漠糖芽胞杆菌

      2)Saccharibacillus endophyticus Kämpfer et al. 2016, sp. nov.内生糖芽胞杆菌

      3)Saccharibacillus qingshengii Han et al. 2016, sp. nov.庆笙糖芽胞杆菌

      [66]热芽胞杆菌属(Thermobacillus Touzel et al. 2000, gen. nov.),2种

    • 动球菌科Planococcaceae Krasil'nikov 1949 (Approved Lists 1980), familia.早在1949年就建立了,目前该科至少包括15属,除了6个属名带“bacillus”词尾外,其他9个属分别为哈格瓦氏菌属Bhargavaea Manorama et al. 2009, gen. nov.,4种;显核菌属Caryophanon Peshkoff 1939, genus.,2种;金黄微菌属Chryseomicrobium Arora et al. 2011, gen. nov.,3种;线杆菌属Filibacter Maiden and Jones 1985, gen. nov.,1种;库特氏菌属Kurthia Trevisan 1885, genus.,6种;类芽胞束菌属Paenisporosarcina Krishna-murthi et al. 2009, gen. nov.,4种;动球菌属Planococcus Migula 1894, genus.,12种;动性微菌属Planomicrobium Yoon et al. 2001, gen. nov.,10种;芽胞束菌属Sporosarcina Kluyver and van Niel 1936 (Approved Lists 1980), genus.,14种[4, 6, 14]。其中,显核菌属Caryophanon、金黄微菌属Chryseomicrobium、线杆菌属Filibacter、库特氏菌属Kurthia、动球菌属Planococcus、动微菌属Planomicrobium 6属不能形成芽胞。该科至少有9属49种能形成芽胞,2015-2016年增加3个新种,新转入1种。此处分别描述动球菌科中属于芽胞杆菌的带“bacillus”词尾的6属分类进展。

      [67]咸海鲜芽胞杆菌属(Jeotgalibacillus Yoon et al. 2001, gen. nov.),7种

      新增:2新种

      1)Jeotgalibacillus alkaliphilus Srinivas et al. 2016, sp. nov.嗜碱咸海鲜芽胞杆菌

      2)Jeotgalibacillus malaysiensis Yaakop et al. 2015, sp. nov.马来西亚咸海鲜芽胞杆菌

      更名:Jeotgalibacillus soli Chen et al. 2010, sp. nov.(土咸海鲜芽胞杆菌)→Jeotgalibacillus terrae sp. nov.土咸海鲜芽胞杆菌

      [68]嗜冷芽胞杆菌属(Psychrobacillus Krishnamurthi et al. 2011, gen. nov.),4种

      新增:Psychrobacillus soli Pham et al. 2015, sp. nov.土壤嗜冷芽胞杆菌

      [69]鲁梅尔芽胞杆菌属(Rummeliibacillus Vaishampayan et al. 2009, gen. nov.),3种

      [70]土壤芽胞杆菌属(Solibacillus Krishnamurthi et al. 2009, gen. nov.),2种

      转移:Solibacillus isronensis (Shivaji et al. 2009) Mual et al. 2016, comb. nov.印空研土壤芽胞杆菌←Bacillus isronensis Shivaji et al. 2009, sp. nov.重分类

      [71]尿素芽胞杆菌属(Ureibacillus Fortina et al. 2001, gen. nov.),6种

      [72]绿芽胞杆菌属(Viridibacillus Albert et al. 2007, gen. nov.),3种

    • 芽胞乳杆菌科Sporolactobacillaceae Ludwig et al. 2010, fam. nov.是2010年建立的新科,目前,该科至少有6属,除中华球菌属Sinobaca外,其余5属20种均能形成芽胞[4, 6, 15]。2015-2016年建立1个新属,共增加7个新种,中国学者发表4个新种,占该科全部新种的57.1%。以下分别描述芽胞乳杆菌科5属的分类进展。

      [73]解支链淀粉芽胞杆菌属(Pullulanibacillus Hatayama et al. 2006, gen. nov.),4种

      新增:2新种

      1)Pullulanibacillus camelliae Niu et al. 2016, sp. nov.普洱茶树解支链淀粉芽胞杆菌

      2)Pullulanibacillus pueri Niu et al. 2015, sp. nov.普洱茶解支链淀粉芽胞杆菌

      [74]火山渣芽胞杆菌属(Scopulibacillus Lee and Lee 2015, gen. nov.),2种

      新增:Scopulibacillus daqui Yao et al. 2016, sp. nov.大曲火山渣芽胞杆菌

      [75]芽胞乳杆菌属Sporolactobacillus Kitahara and Suzuki 1963 (Approved Lists 1980), genus.,该科模式属,12种

      新增:3新种

      1)Sporolactobacillus pectinivorans Lan et al. 2016, sp. nov.食果胶芽胞乳杆菌

      2)Sporolactobacillus shoreae Thamacharoensuk et al. 2015, sp. nov.娑罗芽胞乳杆菌

      3)Sporolactobacillus spathodeae Thamacharoensuk et al. 2015, sp. nov.火焰树芽胞乳杆菌

      未核准种:“Sporolactobacillus cellulosolvens” 食纤维素芽胞乳杆菌

      [76]土壤乳酸芽胞杆菌(Terrilactibacillus Prasirtsak et al. 2016, gen. nov.),新建立的属,1种

      Terrilactibacillus laevilacticus Prasirtsak et al. 2016, gen. nov., sp. nov.产左旋乳酸土壤乳酸芽胞杆菌,模式种

      [77]肿块芽胞杆菌属(Tuberibacillus Hatayama et al. 2006, gen. nov.),1种

    • 嗜热放线菌科Thermoactinomycetaceae Matsuo et al. 2006, fam. nov.建立于2006年。早在1899年,Tsilinsky就描述并建立了该科的第一个属——嗜热放线菌属Thermoactinomyces[16]。由于其成员的革兰氏染色阳性、好氧、(尤其是)丝状生长的特征与放线菌Actinomycetes极其相似,因此,它们起初被认为是放线菌[17]。但是,它们在细胞发育分化、形成内生孢子——芽胞Endospore、抗逆性强等方面的特性与芽胞杆菌属Bacillus极为一致[18],而且,它们在系统发育关系上与放线菌存在较大差异,因此,Stackebrandt和Woese于1984年首次将它们划分到芽胞杆菌目Bacillales[19]

      后来,根据系统分类分析和化学分类学特征,从嗜热放线菌属划分出6个属:Thermoactinomycessensu strictoLaceyellaThermoflavimicrobiumSeinonella[20]Planifilum[17]Mechercharimyces[21]。在此基础上,Matsuo等于2006年建立了嗜热放线菌科Thermoactinomycetaceae[21],随后,Yassin等对该科的描述进行了修订[22]。嗜热放线菌科的特征描述为:形成气生菌丝体和基内菌丝体;气生菌丝体丰富,为白色或黄色;基内菌丝体发育良好、有分枝、具隔膜;形成固着的具有细菌芽胞结构和特性的孢子,单个孢子固着于气生菌丝和基内菌丝上,或固着于单个或分枝的子实体上;革兰氏染色阳性,化能有机营养型,好氧;细胞壁肽聚糖含有meso-DAP;主要呼吸醌为7或9个异戊二烯单位的不饱和醌类;G+C含量为40.0 mol%~60.3 mol%;16S rRNA基因的信号谱为:C-G 415:428位、C-G 441:493位、C-G 681:709位、G-C 682:708位和G 694位;模式属是Thermoactinomyces Tsilinsky 1899[21-22]

      目前,该科至少包括17属[4, 6, 23],只有新芽胞杆菌属Novibacillus Yang et al. 2015的名称带“bacillus”词尾,其他16属的名称菌无“bacillus”词尾,包括:芽胞链菌属Desmospora Yassin et al. 2009,2种;克罗彭施泰特氏菌属Kroppenstedtia von Jan et al. 2011,2种;莱西氏菌属Laceyella Yoon et al. 2005,4种;徐丽华菌属Lihuaxuella Yu et al. 2013,1种、海洋丝菌属Marininema Li et al. 2012,2种;马尔克岛霉菌属Mechercharimyces Matsuo et al. 2006,2种;迈勒吉尔霉菌属Melghirimyces Addou et al. 2012,3种;湿地丝菌属Paludifilum Frikha-Dammak et al. 2016, gen. nov.,1种;平螺纹菌属Planifilum Hatayama et al. 2005,5种;多枝霉菌属Polycladomyces Tsubouchi et al. 2013,1种;李城彬菌属Risungbinella Kim et al. 2015, gen. nov.,1种;盐丝菌属Salinithrix Zarparvar et al. 2012, gen. nov.,1种;制野氏菌属Seinonella Yoon et al. 2005,1种;岛津氏菌属Shimazuella Park et al. 2007,1种;嗜热放线菌属Thermoactinomyces Tsilinsky 1899,5种;嗜热黄微菌属Thermoflavimicrobium Yoon et al 2005,1种。2015-2016年建立3个新属,共增加9个新种,中国学者发表4个新种,占该科全部新种的44.4%。此处描述名称带“bacillus”词尾的1属分类进展。

      [78]新芽胞杆菌属(Novibacillus Yang et al. 2015, gen. nov.),1种

      1)Novibacillus thermophilus Yang et al. 2015, sp. nov.嗜热新芽胞杆菌[24]

    • [79]脱硫芽胞杆菌属(Desulfuribacillus Sorokin et al. 2014, gen. nov.),2种

      根据系统分类分析,该属的分类地位应归为芽胞杆菌目的一个新科(待建立)[25-26]

      1)Desulfuribacillus alkaliarsenatis Sorokin et al. 2014, sp. nov.盐碱砷脱硫芽胞杆菌,模式种

      2)Desulfuribacillus stibiiarsenatis Abin and Hollibaugh 2016, sp. nov.还原锑砷脱硫芽胞杆菌

    • 本文所指的芽胞杆菌Bacillus-like是指隶属于厚壁菌门芽胞杆菌纲芽胞杆菌目的芽胞杆菌科、脂环酸芽胞杆菌科、类芽胞杆菌科、巴斯德柄菌科、动球菌科、芽胞乳杆菌科、嗜热放线菌科,好氧或兼性厌氧(极少数种类严格厌氧)、革兰氏染色阳性(部分种类染色反应可变,极少数种类为阴性),能形成芽胞Endospore(少数种类未观察到芽胞)的细菌类群[3-6]。除了脂环酸芽胞杆菌科的5属、类芽胞杆菌科的10属、巴斯德柄菌科的1属、嗜热放线菌科的14属均能形成芽胞外,芽胞杆菌科、动球菌科、芽胞乳杆菌科都存在不能形成芽胞的属。

      芽胞杆菌科中,绝大多数属的种类能形成芽胞,为芽胞杆菌,也有7属的种类不能形成芽胞,为非芽胞杆菌,包括:居热土菌属Calditerricola Moriya et al. 2011, gen. nov.,2种;中央菌属Chungangia Kim et al. 2010, gen. nov.,1种;地微菌属Geomicrobium Echigo et al. 2010, gen. nov.,2种;海洋球菌属Marinococcus Hao et al. 1985, gen. nov.,5种;微好氧杆菌属Microaerobacter Khelifi et al. 2011, gen. nov.,1种;糖球菌属Saccharococcus Nystrand 1984, gen. nov.,2种;盐微菌属Salinimicrobium Lim et al. 2008, gen. nov.,7种;盐沉积物杆菌属Salisediminibacterium Jiang et al. 2012, gen. nov.,3种。

      动球菌科15属中,有9属均能形成芽胞,其余6属都不能形成芽胞,为非芽胞杆菌,包括:显核菌属Caryophanon Peshkoff 1939, genus.,2种;金黄微菌属Chryseomicrobium Arora et al. 2011, gen. nov.,3种;线杆菌属Filibacter Maiden and Jones 1985, gen. nov.,1种;库特氏菌属Kurthia Trevisan 1885, genus.,6种;动球菌属Planococcus Migula 1894, genus.,13种;动微菌属Planomicrobium Yoon et al. 2001, gen. nov.,10种。

      芽胞乳杆菌科的6属中,只有中华球菌属Sinobaca Li et al. 2008, gen. nov.不能形成芽胞,其余5属均为芽胞杆菌。

      此外,巴斯德氏柄菌科Pasteuriaceae Laurent 1890 (Approved Lists 1980), familia.易与巴斯德氏菌科Pasteurellaceae Pohl 1981, fam. nov.混淆,后者是变形菌门γ-变形菌纲的革兰氏阴性细菌。

    • 有些学名不含“bacillus”词尾的属,所包含的种类能形成芽胞,因此属于芽胞杆菌,但为了不引起混乱,没有在上述各科对它们进行描述。表 1中,分别补充了嗜热放线菌科、芽胞杆菌科、脂环酸芽胞杆菌科、类芽胞杆菌科、巴斯德氏柄菌科、动球菌科中学名不含“bacillus”词尾的属、种分类信息和学名的中文译名(表 1)。

      表 1  名称无“bacillus”词尾的芽胞杆菌种类

      Table 1.  Bacillus-like species without suffix "bacillus"

      学名 中文译名 命名者与年份 备注
      Family Thermoactinomycetaceae嗜热放线菌科
      [80] Desmospora 芽胞链菌属 Yassin et al. 2009 2种
      Desmospora activa 活性芽胞链菌 Yassin et al. 2009 模式种,产芽胞
      Desmospora profundinema 深海芽胞链菌 Zhang et al. 2015 产芽胞
      [81] Kroppenstedtia 克罗彭施泰特氏菌属 von Jan et al. 2011 4种
      Kroppenstedtia eburnea 象牙色克罗彭施泰特氏菌 von Jan et al. 2011 模式种,产芽胞
      Kroppenstedtia guangzhouensis 广州克罗彭施泰特氏菌 Yang et al. 2013 产芽胞
      Kroppenstedtia pulmonis 肺克罗彭施泰特氏菌 Bell et al. 2016 产芽胞
      Kroppenstedtia sanguinis 血液克罗彭施泰特氏菌 Bell et al. 2016 产芽胞
      [82] Laceyella 莱西氏菌属 Yoon et al. 2005, gen. nov. 4种
      Laceyella putida 恶臭莱西氏菌 (Lacey and Cross 1989) Yoon et al. 2005 产芽胞
      Laceyella sacchari 甘蔗莱西氏菌 (Lacey 1971) Yoon et al. 2005 模式种,产芽胞
      Laceyella sediminis 沉积物莱西氏菌 Chen et al. 2012 产芽胞
      Laceyella tengchongensis 腾冲莱西氏菌 Zhang et al. 2010 产芽胞
      [83] Lihuaxuella 徐丽华菌属 Yu et al. 2013 1种
      Lihuaxuella thermophila 嗜热徐丽华菌 Yu et al. 2013 模式种,产芽胞
      [84] Marininema 海洋丝菌属 Li et al. 2012 2种
      Marininema halotolerans 耐盐海洋丝菌 Zhang et al. 2013 产芽胞
      Marininema mesophilum 喜中温海洋丝菌 Li et al. 2012 模式种,产芽胞
      [85] Mechercharimyces 马尔克岛霉菌属 Matsuo et al. 2006 2种
      Mechercharimyces asporophorigenens 无芽胞马尔克岛霉菌 Matsuo et al. 2006 未观察到芽胞
      Mechercharimyces mesophilus 中温马尔克岛霉菌 Matsuo et al. 2006 模式种,产芽胞
      [86] Melghirimyces 迈勒吉尔霉菌属 Addou et al. 2012 3种
      Melghirimyces algeriensis 阿尔及利亚迈勒吉尔霉菌 Addou et al. 2012 模式种,产芽胞
      Melghirimyces profundicolus 居深海迈勒吉尔霉菌 Li et al. 2013 产芽胞
      Melghirimyces thermohalophilus 嗜热嗜盐迈勒吉尔霉菌 Addou et al. 2013 产芽胞
      [87] Paludifilum 湿地丝菌属 Frikha-Dammak et al. 2016 1种
      Paludifilum halophilum 嗜盐湿地丝菌 Frikha-Dammak et al. 2016 模式种,产芽胞
      [88] Planifilum 平螺纹丝菌属 Hatayama et al. 2005 5种
      Planifilum caeni 淤泥平螺纹丝菌 Yu et al. 2015 产芽胞
      Planifilum composti 堆肥平螺纹丝菌 Han et al. 2013 产芽胞
      Planifilum fimeticola 居堆肥平螺纹丝菌 Hatayama et al. 2005 模式种,产芽胞
      Planifilum fulgidum 光亮平螺纹丝菌 Hatayama et al. 2005 产芽胞
      Planifilum yunnanense云南平螺纹丝菌 Zhang et al. 2007 产芽胞
      [89] Polycladomyces多枝霉菌属 Tsubouchi et al. 2013 1种
      Polycladomyces abyssicola居深海多枝霉菌 Tsubouchi et al. 2013 模式种,产芽胞
      [90] Risungbinella李城彬菌属 Kim et al. 2015 1种
      Risungbinella pyongyangensis平壤李城彬菌 Kim et al. 2015 模式种,产芽胞
      [91] Salinithrix盐丝菌属 Zarparvar et al. 2012 1种
      Salinithrix halophila嗜盐盐丝菌 Zarparvar et al. 2012 模式种,产芽胞
      [92] Seinonella制野氏菌属 Yoon et al. 2005, gen. nov. 1种
      Seinonella peptonophila噬蛋白胨制野氏菌 (Nonomura and Ohara 1971) Yoon et al. 2005 模式种,产芽胞
      [93] Shimazuella岛津氏菌属 Park et al. 2007 1种
      Shimazuella kribbensis韩研所岛津氏菌 Park et al. 2007 模式种,产芽胞
      [94] Thermoactinomyces嗜热放线菌属 Tsilinsky 1899 模式属,5种
      Thermoactinomyces daqus大曲嗜热放线菌 Yao et al. 2014 产芽胞
      Thermoflavimicrobium dichotomicum双枝嗜热放线菌 (Krasil'nikov and Agre 1964) Yoon et al. 2005 产芽胞
      Thermoactinomyces guangxiensis广西嗜热放线菌 Wu et al. 2015 产芽胞
      Thermoactinomyces khenchelensis汉舍莱嗜热放线菌 Mokrane et al. 2016 产芽胞
      Thermoactinomyces vulgaris常见嗜热放线菌 Tsilinsky 1899 模式种,产芽胞
      [95] Thermoflavimicrobium嗜热黄微菌属 Yoon et al. 2005, gen. nov. 1种
      Thermoflavimicrobium dichotomicum双枝嗜热黄微菌属 (Krasil'nikov and Agre 1964) Yoon et al. 2005 模式种,产芽胞
      Family Bacillaceae芽胞杆菌科
      [96] Alkalicoccus碱球菌属 Zhao et al. 2016 2种
      Alkalicoccus halolimnae盐湖碱球菌 Zhao et al. 2016 模式种,产芽胞
      Alkalicoccus saliphilus嗜盐碱球菌 (Romano et al. 2005) Zhao et al. 2016 产芽胞,Bacillus saliphilus重分类
      [97] Pelagirhabdus海洋杆菌属 Sultanpuram et al. 2016 2种
      Pelagirhabdus alkalitolerans耐碱海洋杆菌 Sultanpuram et al. 2016 模式种,产芽胞
      Pelagirhabdus fermentum发酵海洋杆菌 (Zhilina et al. 2002) Sultanpuram et al. 2016 Bacillus fermentum重分类
      [98] Rubeoparvulum红发婴儿菌属 Tidjani Alou et al. 2016 1种
      Rubeoparvulum massiliense马赛红发婴儿菌 Tidjani Alou et al. 2016 模式种,产芽胞
      [99] Saccharococcus糖球菌属 Nystrand 1984 2种
      Saccharococcus caldoxylosilyticus热解木糖糖球菌 Ahmad et al. 2000 产芽胞
      Saccharococcus thermophilus嗜热糖球菌 Nystrand 1984 模式种,不产芽胞
      [100] Salirhabdus居盐杆菌属 Albuquerque et al. 2007 1种
      Salirhabdus euzebyi厄泽比氏居盐杆菌 Albuquerque et al. 2007 模式种,产芽胞
      [101] Salisediminibacterium盐沉积物杆菌属 Jiang et al. 2012 3种
      Salisediminibacterium halotolerans耐盐盐沉积物杆菌 Jiang et al. 2012 模式种,不产芽胞
      Salisediminibacterium haloalkalitolerans耐盐碱盐沉积物杆菌 Sultanpuram et al. 2015 不产芽胞
      Salisediminibacterium locisalis盐田盐沉积物杆菌 (Márquez et al. 2011) Sultanpuram et al. 2015 产芽胞,Bacillus locisalis重分类
      Family “Alicyclobacillaceae”脂环酸芽胞杆菌科
      [102] Kyrpidia科鲁比蒂斯菌属 Klenk et al. 2011 1种
      Kyrpidia tusciae托斯卡纳科鲁比蒂斯菌 (Bonjour and Aragno 1985) Klenk et al. 2012 Bacillus tusciae重分类
      Family “Paenibacillaceae”类芽胞杆菌科
      [103] Ammoniphilus嗜氨菌属 Zaitsev et al. 1998 3种
      Ammoniphilus oxalaticus草酸嗜氨菌 Zaitsev et al. 1998 模式种,产芽胞
      Ammoniphilus oxalivorans食草酸嗜氨菌 Zaitsev et al. 1998 产芽胞
      Ammoniphilus resinae树脂嗜氨菌 Lin et al. 2015 产芽胞
      [104] Cohnella科恩氏菌属 Kämpfer et al. 2006 29种
      Cohnella arctica北极科恩氏菌 Jiang et al. 2012 产芽胞
      Cohnella boryungensis保宁科恩氏菌 Yoon and Jung 2012 产芽胞
      Cohnella capsici灯笼椒科恩氏菌 Wang et al. 2015 产芽胞
      Cohnella cellulosilytica解纤维素科恩氏菌 Khianngam et al. 2012 产芽胞
      Cohnella collisoli山土科恩氏菌 Lee et al. 2015 产芽胞
      Cohnella damuensis corrig.达姆科恩氏菌 Luo et al. 2010 产芽胞
      Cohnella ferri赤铁科恩氏菌 Mayilraj et al. 2013 产芽胞
      Cohnella fontinalis喷泉科恩氏菌 Shiratori et al. 2010 产芽胞
      Cohnella formosensis台湾科恩氏菌 Hameed et al. 2013 产芽胞
      Cohnella ginsengisoli人参土科恩氏菌 Kim et al. 2010 产芽胞
      Cohnella hongkongensis香港科恩氏菌 Kämpfer et al. 2006 Paenibacillus hongkongensis重分类
      Cohnella humi土科恩氏菌 Nguyen and Lee et al. 2014 产芽胞
      Cohnella laeviribosi左旋核糖科恩氏菌 Cho et al. 2007 产芽胞
      Cohnella lubricantis润滑油科恩氏菌 Kämpfer et al. 2016 不产芽胞
      Cohnella luojiensis珞珈山科恩氏菌 Cai et al. 2010 产芽胞
      Cohnella lupini羽扇豆科恩氏菌 Flores-Félix et al. 2014 产芽胞
      Cohnella nanjingensis南京科恩氏菌 Huang et al. 2014 产芽胞
      Cohnella panacarvi人参田科恩氏菌 Yoon et al. 2011 产芽胞
      Cohnella phaseoli菜豆科恩氏菌 García-Fraile et al. 2008 产芽胞
      Cohnella plantaginis车前草科恩氏菌 Wang et al. 2012 产芽胞
      Cohnella rhizosphaerae根际科恩氏菌 Kämpfer et al. 2014 未观察到芽胞
      Cohnella saccharovorans噬糖科恩氏菌 Choi et al. 2016 产芽胞
      Cohnella soli土壤科恩氏菌 Kim et al. 2012 产芽胞
      Cohnella suwonensis水原科恩氏菌 Kim et al. 2012 产芽胞
      Cohnella terrae土地科恩氏菌 Khianngam et al. 2010 产芽胞
      Cohnella thailandensis泰国科恩氏菌 Khianngam et al. 2010 产芽胞
      Cohnella thermotolerans耐热科恩氏菌 Kämpfer et al. 2006 模式种,产芽胞
      Cohnella xylanilytica解木聚糖科恩氏菌 Khianngam et al. 2010 产芽胞
      Cohnella yongneupensis龙沼科恩氏菌 Kim et al. 2010 产芽胞
      [105] Oxalophagus食草酸菌属 Collins et al. 1994 1种
      Oxalophagus oxalicus草酸食草酸菌 (Dehning and Schink 1990) Collins et al. 1994 模式种,Clostridium oxalicus重分类
      FamilyPasteuriaceae巴斯德氏柄菌科
      [106] Pasteuria巴斯德氏柄菌属 Metchnikoff 1888, genus. 模式属,4种
      Pasteuria nishizawae西泽巴斯德氏柄菌 Sayre et al. 1992 产芽胞,寄生于胞囊线虫
      Pasteuria penetrans穿刺巴斯德氏柄菌 (ex Thorne 1940) Sayre and Starr 1986 产芽胞,寄生于根结线虫
      Pasteuria ramosa多枝巴斯德氏柄菌 Metchnikoff 1888 模式种,产芽胞,寄生于水蚤
      Pasteuria thornei索恩巴斯德氏柄菌 Starr and Sayre 1988 产芽胞,寄生于根腐线虫
      FamilyPlanococcaceae动球菌科
      [107] Bhargavaea哈格瓦氏菌属 Manorama et al. 2009 5种
      Bhargavaea beijingensis北京哈格瓦氏菌 (Qiu et al. 2009) Verma et al. 2012 Bacillus beijingensis重分类
      Bhargavaea cecembensis科研中心哈格瓦氏菌 Manorama et al. 2009 模式种,产芽胞
      Bhargavaea ginsengi人参哈格瓦氏菌 (Qiu et al. 2009) Verma et al. 2012 Bacillus ginsengi重分类
      Bhargavaea indica印度哈格瓦氏菌 Verma et al. 2013 不产芽胞
      Bhargavaea ullalensis乌拉尔哈格瓦氏菌 Glaeser et al. 2013 不产芽胞
      [108] Paenisporosarcina类芽胞束菌属 Krishnamurthi et al. 2009 4种
      Paenisporosarcina antarctica南极类芽胞束菌 (Wu et al. 2008) Reddy et al. 2013 产芽胞,Sporosarcina antarctica重分类
      Paenisporosarcina indica印度类芽胞束菌 Reddy et al. 2013 产芽胞
      Paenisporosarcina macmurdoensis麦克默多类芽胞束菌 (Reddy et al. 2003) Krishnamurthi et al. 2009 产芽胞,Sporosarcina macmurdoensis重分类
      Paenisporosarcina quisquiliarum栖水类芽胞束菌 Krishnamurthi et al. 2009 模式种,产芽胞
      [109] Sporosarcina芽胞束菌属 Kluyver and van Niel 1936 14种
      Sporosarcina aquimarina海水芽胞束菌 Yoon et al. 2001 产芽胞
      Sporosarcina contaminans污染芽胞束菌 Kämpfer et al. 2010 产芽胞
      Sporosarcina globispora球胞芽胞束菌 (Larkin and Stokes 1967) Yoon et al. 2001 产芽胞,Bacillus globisporus重分类
      Sporosarcina halophila嗜盐芽胞束菌 Claus et al. 1984 转移至Halobacillus halophilus (Claus et al. 1984) Spring et al. 1996
      Sporosarcina koreensis韩国芽胞束菌 Kwon et al. 2007 产芽胞
      Sporosarcina luteola黄色芽胞束菌 Tominaga et al. 2009 产芽胞
      Sporosarcina newyorkensis纽约芽胞束菌 Wolfgang et al. 2012 产芽胞
      Sporosarcina pasteurii巴氏芽胞束菌 (Miquel 1889) Yoon et al. 2001 产芽胞,Bacillus pasteurii重分类
      Sporosarcina psychrophila嗜冷芽胞束菌 (Nakamura 1984) Yoon et al. 2001 产芽胞,Bacillus psychrophilus重分类
      Sporosarcina saromensis佐吕间芽胞束菌 An et al. 2007 产芽胞
      Sporosarcina siberiensis西伯利亚芽胞束菌 Zhang et al. 2015 产芽胞
      Sporosarcina soli土壤芽胞束菌 Kwon et al. 2007 产芽胞
      Sporosarcina thermotolerans耐热芽胞束菌 Kämpfer et al. 2010 产芽胞
      Sporosarcina ureae尿素芽胞束菌 (Beijerinck 1901) Kluyver and van Niel 1936 模式种
    • 因为“bacillus”有杆状的意思,所以有些细菌属的名称包含了“bacillus”词尾,但它们不属于芽胞杆菌。从表 2可以看出,这些细菌分别属于不同的门(表 2)。

      表 2  学名含“bacillus”词尾的非芽胞杆菌的分类地位

      Table 2.  Taxonomy of non-Bacillus-like species with suffix "bacillus"

      属学名 中文译名 分类地位描述
      Acidithiobacillus嗜酸硫杆菌属 变形菌门,嗜酸硫杆菌科
      Anaeromassilibacillus厌氧马赛杆菌属 厚壁菌门,梭菌科,非合格化发表
      Coprobacillus粪便杆菌属 厚壁菌门梭菌亚门
      Flectobacillus弯曲杆菌属 拟杆菌门,屈挠杆菌科
      Halothiobacillus盐硫杆菌属 变形菌门,盐硫杆菌科,紫硫细菌
      Heliobacillus太阳杆菌属 厚壁菌门,太阳杆菌科
      Lascolabacillus拉斯科拉杆菌属 拟杆菌门,紫单胞菌科,非合格化发表
      Limibacillus泥杆菌属 变形菌门,红螺菌科
      Mageeibacillus马吉氏杆菌属 厚壁菌门,瘤胃球菌科,非合格化发表
      Methylobacillus 甲基杆菌属 变形菌门,嗜甲基菌科
      Roseibacillus 玫瑰色杆菌属 疣微菌门,疣微菌科
      Spirobacillus 螺旋杆菌属 变形菌门,δ变形菌纲,非合格化发表
      Thermithiobacillus 热硫杆菌属 变形菌门,热硫杆菌科
      Actinobacillus放线杆菌属 厚壁菌门,巴斯德氏菌科,不产芽胞
      Cloacibacillus污水管杆菌属 互养菌门,互养菌科
      Enterobacillus肠杆菌属 变形菌门,肠杆菌科
      Fructobacillus果糖杆菌属 与乳酸杆菌属关系近
      Helcobacillus伤口杆菌属 放线菌门,皮杆菌科
      Humibacillus土壤杆菌属 放线菌门,间孢囊菌科
      Lactobacillus 乳杆菌属 厚壁菌门,乳杆菌科
      Litoribacillus 海滨杆菌属 变形菌门,γ变形菌纲
      Marinilactibacillus海洋乳杆菌属 厚壁菌门,肉杆菌科,乳酸菌
      Paralactobacillus副乳杆菌属 厚壁菌门,乳杆菌科
      Ruminobacillus瘤胃杆菌属 厚壁菌门,葡萄球菌科
      Streptobacillus扭曲杆菌属 梭杆菌门,纤毛菌科
      Thiobacillus硫杆菌属 变形菌门,嗜氢菌科
    • 微生物新名称的有效发表是指在所有杂志或出版物上正式发表的新种,均为有效发表;合格审定发表是指在国际原核微生物系统分类学委员会的专业期刊“International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,简称IJSEM”上发表的新种自动成为合格审定发表,在IJSEM以外的杂志上发表的新种必须由命名者提供规定的相关信息,被认为合格审定后,在IJSEM杂志上定期公布核准目录(Approved Lists),命名日期从公布之日算起,否则不算合格发表,也不能取得国际同行的承认。

      1980年第一次公布核准目录,因此,所有在此之前发表的名称都包含了“Approved Lists 1980”。例如,Bacillus Cohn 1872 (Approved Lists 1980), genus.[27]。而在此之后发表的新名称均需要加上所属新分类等级的缩写词,例如,新目“ord. nov.”、新科“fam. Nov.”、新属“gen. nov.”、新种“sp. nov.”等。

      此外,在整理资料的过程中还发现了几个属的“概念”名称,如Acidibacillus[28]AmylobacillusIntestinibacillusParageobacillus等,但均没有分类学文献。Edaphobacillus[29]Alkalilactibacillus(在非英文杂志上发表)[30],尚未合格化。

参考文献 (30)

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