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不同种植模式七叶一枝花土壤芽胞杆菌多样性研究

苏海兰 郑梅霞 朱育菁 单寄坪

引用本文:
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不同种植模式七叶一枝花土壤芽胞杆菌多样性研究

    作者简介: 苏海兰(1980-), 女, 硕士, 农艺师, 研究方向:药用植物资源利用与栽培研究(E-mail:363801575@qq.com)
    通讯作者: 朱育菁(1972-), 女, 博士, 研究员, 研究方向:农业生物资源与生物防治的研究(E-mail:zyjingfz@163.com)
  • 基金项目:

    福建省科技计划项目——省属公益类科研院所基本科研专项(2019R11020019-9);福建省财政专项——福建省农业科学院创新团队建设项目(STIT2017-2-8);福建省农业科学院科技服务团队项目(kjfw20)

  • 中图分类号: Q938

Bacillus spp. in Soils at Paris polyphylla Cultivation Fields

  • 摘要:   目的  分析水稻田、山垅和林下3种种植模式七叶一枝花土壤中芽胞杆菌资源多样性,为七叶一枝花的栽培提供理论基础。  方法  采用五点采样法,分别采集水稻田、山垅田与林下种植模式七叶一枝花根际土壤与非根际土壤样本6份,采用涂布法分离芽胞杆菌,采用16S rRNA基因同源性将其鉴定。  结果  一共分离获得了87株芽胞杆菌,13个属、35个种,分别属于芽胞杆菌属Bacillus的16个种、赖氨酸芽胞杆菌属Lysinibacillus、类芽胞杆菌属Paenibacillus和假单胞菌属Pseudomonas的各3个种、Bhargavaea、短杆菌属BrevibacteriumBurkholderia、短芽胞杆菌属Brevibacillus、代夫特菌属DelftiaPaenarthrobacter、节杆菌属Arthrobacter、伯克氏菌属泛菌属Pantoea、假单胞菌属Pseudomonas的各1个种。根据分离频度分析得知,七叶一枝花土壤中的芽胞杆菌优势菌群为图瓦永芽胞杆菌B.toyonensis和假蕈状芽胞杆菌B.pseudomycoides。其中,水稻田种植模式土壤中的芽胞杆菌的数量最多,且Margalef、Shannon-Wiener、Pielou和Simpson多样性指数都最高。七叶一枝花根际土壤中的芽胞杆菌数量均大于非根际土壤。  结论  水稻田蕴藏着丰富的芽胞杆菌种类和数量,多样性高,在七叶一枝花的种植中具有很好的应用前景。
  • 图 1  芽胞杆菌的菌落形态

    Fig. 1  Colony morphology of Bacillus spp.

    图 2  基于16S rRNA基因序列的南平七叶一枝花不同种植模式土壤中芽胞杆菌系统发育树

    Fig. 2  Phylogenetic tree of Bacillus spp. isolated from soil at P. polyphylla cultivation fields in Nanping based on 16S rRNA gene sequences using neighbor-joining method

    图 3  不同种植模式七叶一枝花土壤芽胞杆菌的多样性指数

    Fig. 3  Diversity indices of Bacilus spp. isolated from soil at paddy field (SDT), mountain ridge (SLT) and understory (LX) growing P. polyphylla

    表 1  从七叶一枝花不同种植模式土壤中分离得到的细菌的种类

    Table 1  Bacillus spp. isolated from soil at P. polyphylla cultivation fields

    分离来源
    Reource
    类群
    Group
    代表菌株
    Strains
    最相近菌株
    Closest match
    相似性
    Sequence identify/%
    水稻田非根际土(SDF)
    Irrhizosphere soil in paddy field
    芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49195 高地芽胞杆菌 Bacillus altitudinis 100.00
    FJAT-49204 高地芽胞杆菌 Bacillus altitudinis 100.00
    FJAT-49198 钻特省芽胞杆菌 Bacillus drentensis 99.64
    FJAT-49200 太平洋芽胞杆菌 Bacillus pacificus 100.00
    FJAT-49201 阿氏芽胞杆菌 Bacillus aryabhattai 100.00
    FJAT-49211 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
    FJAT-49206 阿氏芽胞杆菌 Bacillus aryabhattai 100.00
    FJAT-49207 扁平芽胞杆菌 Bacillus depressus 99.15
    FJAT-49196 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 98.87
    FJAT-49208 Bacillus pseudomycoides 100.00
    FJAT-49209 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 97.95
    赖氨酸芽胞杆菌属 Lysinibacillus FJAT-49203 Lysinibacillus fusiformis 99.72
    FJAT-49202 Lysinibacillus fusiformis 99.72
    FJAT-49199 Lysinibacillus mangiferihumi 99.93
    短芽胞杆菌 Brevibacillus FJAT-49197 耐寒短杆菌 Brevibacterium frigoritolerans 99.79
    Paenarthrobacter FJAT-49205 Paenarthrobacter ilicis 99.57
    类芽胞杆菌属 Paenibacillus FJAT-49210 Paenibacillus silvae 99.50
    水稻田根际土
    (SDG)Rhizosphere soil in paddy field
    芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49212 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.79
    FJAT-49218 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 100.00
    FJAT-49223 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 100.00
    FJAT-49225 Bacillus pseudomycoides 100.00
    FJAT-49219 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 99.79
    FJAT-49214 阿氏芽胞杆菌 Bacillus aryabhattai 100.00
    FJAT-49215 高地芽胞杆菌 Bacillus altitudinis 100.00
    FJAT-49216 Bacillus albus 99.65
    FJAT-49213 泰门芽胞杆菌 Bacillus timonensis 98.94
    FJAT-49224 钻特省芽胞杆菌 Bacillus drentensis 99.49
    FJAT-49220 Bacillus mobilis 99.79
    FJAT-49227 Bacillus mobilis 100.00
    FJAT-49228 科研中心芽胞杆菌 Bacillus cecembensis 97.19
    FJAT-49229 扁平芽胞杆菌 Bacillus depressus 98.65
    类芽胞杆菌属 Paenibacillus FJAT-49222 乐金类芽胞杆菌 Paenibacillus elgii 99.64
    FJAT-49226 蜂房类芽胞杆菌 Paenibacillus alvei 99.09
    赖氨酸芽胞杆菌属 Lysinibacillus FJAT-49217 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 99.72
    FJAT-49221 纺锤形赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus fusiformis 100.00
    林下非根际土
    (LXF) Irrhizosphere soil in understory
    芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49230 Bacillus proteolyticus 99.93
    FJAT-49238 Bacillus proteolyticus 99.86
    FJAT-49237 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 100.00
    FJAT-49240 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
    FJAT-49231 Bacillus paramycoides 100.00
    代夫特菌 Delftia FJAT-49233 湖生代夫特菌 Delftia lacustris 99.86
    赖氨酸芽胞杆菌属 Lysinibacillus FJAT-49232 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 97.96
    FJAT-49234 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 99.58
    FJAT-49235 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 98.85
    类芽胞杆菌属 Paenibacillus FJAT-49236 蜂房类芽胞杆菌 Paenibacillus alvei 99.02
    短芽胞杆菌 Brevibacillus FJAT-49239 侧胞短芽胞杆菌 Brevibacillus laterosporus 99.57
    伯克霍尔德菌 Burkholderia FJAT-49241 稳定伯克霍尔德菌 Burkholderia stabilis 99.79
    林下根际土(LXG)
    Rhizosphere soil in understory
    芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49242 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
    FJAT-49243 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
    FJAT-49245 Bacillus paramycoides 100.00
    FJAT-49246 Bacillus paramycoides 100.00
    FJAT-49247 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 99.86
    赖氨酸芽胞杆菌属 Lysinibacillus FJAT-49248 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 99.58
    FJAT-49252 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 99.58
    FJAT-49244 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 99.58
    假单胞菌 Pseudomonas FJAT-49251 扁平假单胞菌 Pseudomonas koreensis 99.57
    FJAT-49249 霍氏假单胞菌 99.43
    Bhargavaea FJAT-49250 Bhargavaea ginsengi 99.72
    山垅非根际土(SLF)
    Irrhizosphere soil in mountain ridge
    芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49253 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
    FJAT-49263 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
    FJAT-49264 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 100.00
    FJAT-49262 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 98.87
    FJAT-49254 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 100.00
    FJAT-49256 赛门枝芽胞杆菌 Bacillus siamensis 99.65
    FJAT-49257 阿氏芽胞杆菌 Bacillus aryabhattai 100.00
    FJAT-49255 Bacillus albus 100.00
    FJAT-49259 维德曼芽胞杆菌 Bacillus wiedmannii 100.00
    假单胞菌 Pseudomonas FJAT-49258 Pseudomonas granadensis 99.43
    FJAT-49260 Pseudomonas granadensis 99.43
    泛菌属 Pantoea FJAT-49261 Pantoea rodasii 98.72
    山垅非根际土(SLF)
    Rhizosphere soil in mountain ridge
    芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49265 Bacillus proteolyticus 99.93
    FJAT-49266 Bacillus albus 100.00
    FJAT-49269 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.86
    FJAT-49270 维德曼芽胞杆菌 Bacillus wiedmannii 100.00
    FJAT-49271 高地芽胞杆菌 Bacillus altitudinis 100.00
    FJAT-49273 阿氏芽胞杆菌 Bacillus aryabhattai 100.00
    FJAT-49277 吉氏芽胞杆菌 Bacillus gibsonii 99.86
    FJAT-49280 扁平芽胞杆菌 Bacillus depressus 99.23
    FJAT-49281 扁平芽胞杆菌 Bacillus depressus 99.93
    FJAT-49267 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 99.93
    假单胞菌 Pseudomonas FJAT-49272 基尔假单胞菌 Pseudomonas koreensis 99.64
    FJAT-49268 基尔假单胞菌 Pseudomonas koreensis 99.64
    FJAT-49275 霍氏假单胞菌 Pseudomonas rhodesiae 99.43
    赖氨酸芽胞杆菌属 Lysinibacillus FJAT-49274 纺锤形赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus fusiformis 99.79
    代夫特菌属 Delftia FJAT-49278 食酸丛毛单胞菌 Delftia acidovorans 99.93
    绿芽胞杆菌 Viridibacillus FJAT-49279 田地绿芽胞杆菌 Viridibacillus arvi 100.00
    节杆菌 Arthrobacter FJAT-49276 Arthrobacter bambusae 99.35
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    表 2  不同种植模式七叶一枝花土壤芽胞杆菌的分离频度(%)和平均数量(×105 cfu·g-1)

    Table 2  Appearance frequency (%) and average quantity (×105cfu·g-1) of Bacillus spp. isolated from soil specimens

    芽胞杆菌种类
    Bacillus-like species
    SDG SDF SLG SLF LXG LXF 总体 Total
    分离频度 数量 分离频度 数量 分离频度 数量 分离频度 数量 分离频度 数量 分离频度 数量 分离频度 数量
    Bacillus altitudinis 50 18 50 9 50 3 0 0 0 0 0 0 50.00 30
    Bacillus pseudomycoides 50 45 50 16 50 4 50 20 50 7 0 0 83.33 92
    Brevibacterium frigoritolerans 0 0 50 4 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 4
    Bacillus drentensis 50 8 50 3 0 0 0 0 0 0 0 0 33.33 11
    Lysinibacillus mangiferihumi 0 0 50 2 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 2
    Bacillus pacificus 0 0 50 15 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 15
    Bacillus aryabhattai 50 32 50 17 50 10 50 6 0 0 0 0 66.67 65
    Lysinibacillus fusiformis 50 1 50 11 50 4 0 0 0 0 0 0 50.00 16
    Paenarthrobacter ilicis 0 0 50 1 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 1
    Bacillus depressus 50 4 50 4 50 10 0 0 0 0 0 0 50.00 18
    Paenibacillus silvae 0 0 50 3 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 3
    Bacillus toyonensis 50 24 50 7 50 15 50 7 50 92 50 23 100.00 168
    Bacillus timonensis 50 49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 49
    Bacillus albus 50 22 0 0 50 4 50 11 0 0 0 0 50.00 37
    Lysinibacillus xylanilyticus 50 13 0 0 0 0 0 0 50 44 50 17 50.00 74
    Bacillus mobilis 50 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 15
    Paenibacillus elgii 50 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 4
    Paenibacillus alvei 50 1 0 0 0 0 0 0 0 0 50 2 33.33 3
    Bacillus cecembensis 50 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 36
    Bacillus proteolyticus 0 0 0 0 50 1 0 0 0 0 50 31 33.33 32
    Bacillus paramycoides 0 0 0 0 0 0 0 0 50 11 50 3 33.33 14
    Delftia lacustris 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 1 16.67 1
    Brevibacillus laterosporus 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 1 16.67 1
    Burkholderia stabilis 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 11 16.67 11
    Pseudomonas rhodesiae 0 0 0 0 50 14 0 0 50 52 0 0 33.33 66
    Bhargavaea ginsengi 0 0 0 0 0 0 0 0 50 29 0 0 16.67 29
    Pseudomonas koreensis 0 0 0 0 50 10 0 0 50 1 0 0 33.33 11
    Bacillus siamensis 0 0 0 0 0 0 50 7 0 0 0 0 16.67 7
    Pseudomonas granadensis 0 0 0 0 0 0 50 12 0 0 0 0 16.67 12
    Bacillus wiedmannii 0 0 0 0 50 3 50 3 0 0 0 0 33.33 6
    Pantoea rodasii 0 0 0 0 0 0 50 8 0 0 0 0 16.67 8
    Arthrobacter bambusae 0 0 0 0 50 150 0 0 0 0 0 0 16.67 150
    Bacillus gibsonii 0 0 0 0 50 1 0 0 0 0 0 0 16.67 1
    Delftia acidovorans 0 0 0 0 50 32 0 0 0 0 0 0 16.67 32
    Viridibacillus arvi 0 0 0 0 50 2 0 0 0 0 0 0 16.67 2
    总计 Tatal - 272 - 92 - 263 - 74 - 236 - 89 - 1026
    注:分离频度 Separation frequency,数量 Amount。SDF:水稻田七叶一枝花非根际 Irrhizosphere soil of Paris polyphylla in paddy field; SDG:水稻田七叶一枝花根际土 Rhizosphere soil of P. polyphylla in paddy field; LXF:林下七叶一枝花非根际土 Irrhizosphere soil of P. polyphylla in understory; LXG:林下七叶一枝花根际土 Rhizosphere soil of P. polyphylla in understory; SLF:山垅七叶一枝花非根际土 Irrhizosphere soil of P. polyphylla in mountain ridge; SLG:山垅七叶一枝花根际土 Rhizosphere soil of P. polyphylla in mountain ridge.
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  • [1] 陈倩倩, 刘波, 刘国红, 等.华重楼根际土芽胞杆菌多样性研究[J].热带农业科学, 2015, 35(12):103-107. doi: 10.3969/j.issn.1009-2196.2015.12.020

    CHEN Q Q, LIU B, LIU G H, et al. Diversity of culturable Bacillus species from Paris Linnaeus rhizosphere soil[J]. Chinese Journal of Tropical Agriculture, 2015, 35(12):103-107.(in Chinese) doi: 10.3969/j.issn.1009-2196.2015.12.020
    [2] 梁娟, 郭泽宇, 叶漪.不同土壤水分条件对七叶一枝花光合特性及有效成分皂苷含量的影响[J].植物生理学报, 2014, 50(1):56-60.

    LIANG J, GUO Z Y, YE Y.Effects of different soil moisture conditions on photosynthetic characteristics and effective content of saponin of Paris polyphylla[J]. Plant Physiology Communications, 2014, 50(1):56-60.(in Chinese)
    [3] 张静, 肖国生, 周浓, 等.三峡库区栽培重楼属药用植物根际土壤微生物数量和酶活性的变化[J].中国中医药信息杂志, 2016, 23(10):95-99.

    ZHANG J, XIAO G S, ZHOU N, et al. Variation of rhizospheric microorganisms and soil enzyme activity of paridis rhizoma cultivated in three gorges reservoir Region[J]. Chinese Journal of Information on Traditional Chinese Medicine, 2014, 50(1):56-60.(in Chinese)
    [4] 欧洪, 郭冬琴, 林俊杰, 等. AM真菌对滇重楼根际土壤微生物数量及酶活性的影响[J].中药材, 2016, 39(5):948-955.

    OU H, GUO D Q, LIN J J, et al. Effects of different AM fungi on quantity and enzyme activity of rhizosphere soil microorganism of Paris polyphylla var. yunnanensis[J]. Journal of Chinese Medicinal Materials, 2016, 39(5):948-955.(in Chinese)
    [5] 张千和, 周立香, 郭荻.中药材根际和非根际土壤酶和微生物特征[J].西北农业学报, 2014, 23(12):189-196. doi: 10.7606/j.issn.1004-1389.2014.12.029

    ZHANG Q H, ZHOU L X, GUO D. Research on soil enzymes and microflora in rhizosphere and non-rhizosphere of traditional chinese medicinal herbs[J]. Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica, 2014, 23(12):189-196.(in Chinese) doi: 10.7606/j.issn.1004-1389.2014.12.029
    [6] 崔莹, 黄惠琴, 刘敏, 等.八门湾红树林土壤芽胞杆菌分离与多样性分析[J].微生物学通报, 2014, 41(2):229-235.

    CUI Y, HUANG H Q, LIU M, et al. Isolation and diversity analysis of Bacillus-like species from Bamen bay mangrove soil[J]. Microbiology China, 2014, 41(2):229-235.(in Chinese)
    [7] 周秋平, 黄惠琴, 崔莹, 等.尖峰岭热带雨林土壤中可培养芽胞杆菌多样性分析[J].广东农业科学, 2015, 42(2):59-63. doi: 10.3969/j.issn.1004-874X.2015.02.012

    ZHOU Q P, HUANG H Q, CUI Y, et al. Diversity analysis of culturable Bacillus-like species form Jianfengling tropical rain forest soil[J]. Guangdong Agricultural Sciences, 2015, 42(2):59-63.(in Chinese) doi: 10.3969/j.issn.1004-874X.2015.02.012
    [8] 葛慈斌, 郑榕, 刘波, 等.武夷山自然保护区土壤可培养芽胞杆菌的物种多样性及分布[J].生物多样性, 2016, 24(10):1164-1176. doi: 10.17520/biods.2016085

    GE C B, ZHENG R, LIU B, et al. Diversity and distribution of cultivable Bacillus-like species in soils col-lected from Wuyishan nature reserve[J]. Biodiversity Science, 2016, 24(10):1164-1176.(in Chinese) doi: 10.17520/biods.2016085
    [9] 郑梅霞, 朱育菁, 刘波, 等.云南苍山芽胞杆菌多样性研究[J].福建农业学报, 2019, 34(1):104-116.

    ZHENG M X, ZHU Y J, LIU B, et al. Microbial diversity of Bacillus community in soils at Cangshan Yunnan[J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences, 2019, 34(1):104-116.(in Chinese)
    [10]

    PISA G, MAGNANI G S, WEBER H, et al. Diversity of 16S rRNA genes from bacteria of sugarcane rhizosphere soil[J]. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, 2011, 44(12):1215-1221. doi: 10.1590/S0100-879X2011007500148
    [11] 张华勇, 李振高.土壤芽孢杆菌及其资源的持续利用[J].土壤, 2001, 33(2):92-97.

    ZHANG H Y, LI Z G. The sustainable use of resources of soil Bacillus[J]. Soil, 2001, 33(2):92-97.(in Chinese)
    [12] 吴海燕, 金荣德, 范作伟, 等.解磷巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)的溶磷机理探讨[J].吉林农业大学学报, 2014(2):171-175.

    WU H Y, JIN R D, FAN Z W, et al. Mechanism of solubilizing phosphate by Bacillus megaterium[J].Journal of Jilin Agricultural University, 2014(2):171-175.(in Chinese)
    [13] 龙苏, 李法峰, 陈明, 等.固氮球形芽孢杆菌与巨大芽孢杆菌的混合增效作用[J].核农学报, 2000, 14(6):337-341. doi: 10.3969/j.issn.1000-8551.2000.06.004

    LONG S, LI F F, CHEN M, et al. The enhanced effect of co-culture on nitrogen-fixing activity of B. sphaerium and B. megaterium[J]. Acta Agriculturae Nucleatae Sinica, 2000, 14(6):337-341.(in Chinese) doi: 10.3969/j.issn.1000-8551.2000.06.004
    [14] 孙明, 喻子牛.苏云金芽孢杆菌中华亚种CT-43菌株伴胞晶体蛋白的特性[J].微生物学报, 1996(4):303-306.

    SUN M, YU Z N. Characterization of insecticidal crystal proteins of Bacillus thuringiensis subsp. Chinensis CT-43[J]. Acta Microbiologica Sinica, 1996(4):303-306.(in Chinese)
    [15] 张霞, 唐文华, 张力群.枯草芽孢杆菌B931防治植物病害和促进植物生长的作用[J].作物学报, 2007, 33(2):236-241. doi: 10.3321/j.issn:0496-3490.2007.02.010

    ZHANG X, TANG W H, ZHANG L Q. Biological control of plant diseases and plant growth promotion by Bacillus subtilis B931[J]. Acta Agronomica Sinica, 2007, 33(2):236-241.(in Chinese) doi: 10.3321/j.issn:0496-3490.2007.02.010
    [16] 张建萍, 董乃源, 余浩滨, 等.应用16S rDNA-RFLP方法分析宁夏地区稻田土壤细菌的多样性[J].生物多样性, 2008, 16(6):586-592. doi: 10.3321/j.issn:1005-0094.2008.06.009

    ZHANG J P, DONG N Y, YU H B, et al. Bacteria diversity in paddy field soil by 16S rDNA-RFLP analysis in Ningxia[J]. Biodiversity Science, 2008, 16(6):586-592.(in Chinese) doi: 10.3321/j.issn:1005-0094.2008.06.009
    [17] 陶金.鄱阳湖湿地围垦后土壤团聚体结构、有机碳及微生物多样性变化的研究[D].南昌: 南昌大学, 2012.

    TAO J. The study of changes of SOC content, aggregate structure and evolution of aoil microbial diversity of Poyang Lake[D]. Nanchang: Nanchang University, 2012.(in Chinese)
    [18] 艾超.长期施肥下根际碳氮转化与微生物多样性研究[D].北京: 中国农业科学院, 2015.

    AI C. Carbon and nitrogen transformations and microbial diversity in the rhizosphere soil under long-tern fertilization practices[D]. BeiJing: Chinese Academy of Agricultural Sciences, 2015.(in Chinese)
    [19] 王丹, 李恋卿, 刘永卓, 等.不同施肥处理对太湖地区水稻土团聚体粒组细菌和真菌组成和多样性的影响[J].土壤, 2012, 44(2):290-296. doi: 10.3969/j.issn.0253-9829.2012.02.018

    WANG D, LI L Q, LIU Y Z, et al. Influences of Long-term Fertilization on Bacteria and Fungi Community Structures in Different Aggregate-size Aggregates of Paddy Soil in Taihu Lake Region of China[J]. Soils, 2012, 44(2):290-296.(in Chinese) doi: 10.3969/j.issn.0253-9829.2012.02.018
    [20] 丁新景, 敬如岩, 黄雅丽, 等.黄河三角洲刺槐根际与非根际细菌结构及多样性[J].土壤学报, 2017, 54(5):1293-1302.

    DING X J, JING R Y, HUANG Y L, et al. Bacterial structure and diversity of rhizosphere and bulk soil of Robinia pseudoacacia forests in Yellow River Delta[J]. Acta Pedologica Sinica, 2017, 54(5):1293-1302.(in Chinese)
    [21] 安韶山, 李国辉, 陈利顶.宁南山区典型植物根际与非根际土壤微生物功能多样性[J].生态学报, 2010, 31(18):5225-5234.

    AN S S, LI G H, CHEN L D. Soil microbial functional diversity between rhizosphere and non-rhizosphere of typical plants in the hilly area of southern Nixia[J]. Acta Ecologica Sinica, 2010, 31(18):5225-5234.(in Chinese)
    [22] 李岩, 何学敏, 杨晓东, 等.不同生境黑果枸杞根际与非根际土壤微生物群落多样性[J].生态学报, 2018, 38(17):5-17.

    LI Y, HE X M, YANG X D, et al. The microbial community diversity of the rhizosphere and bulk soils of Lycium ruthenicum in different habitats[J]. Acta Ecologica Sinica, 2018, 38(17):5-17.(in Chinese)
    [23]

    ROOS T B, de MORAES C M, STURBELLE R T, et al. Probiotics Bacillus toyonensis and Saccharomyces boulardii improve the vaccine immune response to Bovine herpesvirus type 5 in sheep[J]. Research in Veterinary Science, 2017:260-265.
    [24]

    KANTAS D, PAPATSIROS V G, TASSIS P D, et al. A feed additive containing Bacillus toyonensis Toyocerin(protects against enteric pathogens in postweaning piglets[J]. Journal of Applied Microbiology, 2015, 118(3):727-738. doi: 10.1111/jam.12729
    [25] 郭晓军, 袁洪水, 刘慧娟, 等.假蕈状芽孢杆菌纤溶酶基因的克隆与表达[J].中国医药工业杂志, 2011, 42(1):14-24. doi: 10.3969/j.issn.1001-8255.2011.01.006

    GUO X J, YUAN H S, LIU H J, et al. Cloning and expression of fibrinolytic enzyme gene from Bacillus pseudomycoides[J]. Chinese Journal of Pharmaceuticals, 2011, 42(1):14-24.(in Chinese) doi: 10.3969/j.issn.1001-8255.2011.01.006
    [26]

    KANG H C, KIM N H, JEONG Y J, et al. Biochemical characteristics of a bacteria (Bacillus pseudomycoides) alanine racemase expressed in Escherichia coli[J]. Journal of Applied Biological Chemistry, 2010, 53(3):132-138. doi: 10.3839/jabc.2010.025
    [27]

    WANG K, YAN P S, CAO L X. Plackett-burman design for media nutrients of biocontrol Lysinibacillus xylanilyticus BPM1 against Aflatoxin[J]. Applied Mechanics & Materials, 2014, 522-524:295-298.
    [28] 喻江.玉米和大豆根内生细菌多样性及促生细菌鉴定评价[D].哈尔滨: 东北农业大学, 2016.

    YU J. Diversity of root endophytic bacteria and identification of promoting growth bacteria in corn and soybean[D]. Harbing: Northeast Agricultural University, 2016.(in Chinese)
    [29] 陶爱丽.利用小麦内生细菌对小麦秆黑粉病的生物防治研究[D].南宁: 广西大学, 2014.

    TAO A L. The biological control research of using endophytic bacteria strain of wheat to control the wheat stem smut[D]. Nanning: Guangxi University, 2014.(in Chinese)
  • [1] 郑梅霞, 朱育菁, 刘波, 王阶平, 陈峥, 潘志针, 刘国红. 云南苍山芽胞杆菌多样性研究[J]. 福建农业学报, 2019, 34(1): 104-116. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2019.01.015
    [2] 苏海兰, 周先治, 李希, 陈敏健, 卓景泰, 唐建阳, 肖凤友, 齐诚龙. 七叶一枝花种子萌发不同阶段贮藏物质及淀粉酶活性变化[J]. 福建农业学报, 2017, 32(10): 1145-1149. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2017.10.019
    [3] 王子旋, 刘波, 林营志, 刘国红. 新疆土壤芽胞杆菌采集鉴定及其分布多样性[J]. 福建农业学报, 2012, 27(2): 187-195.
    [4] 郑梅霞, 刘波, 葛慈斌, 车建美, 刘国红, 郑榕, 唐建阳, 朱育菁, 刘丹莹. 陕北土壤芽胞杆菌种类分布多样性研究[J]. 福建农业学报, 2014, 29(4): 364-372.
    [5] 陈峥, 刘波, 史怀, 陈梅春, 潘志针, 朱育菁, 刘国红. 基于代谢组学的芽胞杆菌属间胞外代谢物异质性研究[J]. 福建农业学报, 2012, 27(12): 1347-1351.
    [6] 刘国红, 刘波, 陈峥, 蓝江林, 车建美, 陈倩倩, 李安琪. 一株产低温蛋白酶芽胞杆菌FJAT-24893的筛选与鉴定[J]. 福建农业学报, 2015, 30(10): 954-957.
    [7] 陈峥, 刘波, 朱育菁, 潘志针, 史怀, 刘国红, 唐建阳. 芽胞杆菌资源库管理系统的构建[J]. 福建农业学报, 2012, 27(8): 874-882.
    [8] 陈秀萍, 胡文舜, 蒋际谋, 邓朝军, 许奇志, 姜帆, 郑少泉. 龙眼种质资源种子性状多样性分析[J]. 福建农业学报, 2016, 31(12): 1318-1322. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.12.011
    [9] 叶学军, 邱宏端, 林新坚, 贾宪波, 陈济琛. 洗涤厂排污口可培养中度嗜热菌的多样性[J]. 福建农业学报, 2014, 29(8): 768-773.
    [10] 曾少敏, 张长和, 陈小明, 黄新忠. 福建省地方梨资源花朵特征多样性分析[J]. 福建农业学报, 2016, 31(4): 356-359. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.04.005
    [11] 靳松, 陈泽斌, 李育川, 夏体渊, 任禛, 莫丽玲, 华金珠. 石蝉草内生细菌多样性及其特征[J]. 福建农业学报, 2016, 31(10): 1104-1108. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.10.019
    [12] 龙云川, 周娟, 周少奇, 万合锋, 刘峙嵘, 任春光. 贵州矿区放线菌多样性及对汞的抗性[J]. 福建农业学报, 2017, 32(2): 212-216. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2017.02.021
    [13] 曾明森, 刘丰静, 王定锋, 王庆森, 吴光远. 轻修剪对茶园节肢动物种群和群落多样性的影响[J]. 福建农业学报, 2010, 25(5): 623-626.
    [14] 刘国红, 林营志, 林乃铨, 刘波. 芽胞杆菌分类研究进展[J]. 福建农业学报, 2011, 26(5): 911-917.
    [15] 刘芳, 袁宗胜, 张国防, 陈威. 毛竹内生细菌种群多样性分析[J]. 福建农业学报, 2014, 29(12): 1236-1239.
    [16] 李慧玲, 吴光远, 张文锦, 王水金, 郭剑雄, 林乃铨. 茶园绿肥品种罗顿豆冠层节肢动物群落结构与多样性[J]. 福建农业学报, 2012, 27(12): 1303-1307.
    [17] 王小安, 韦晓霞, 吴如健, 叶新福. 49份福建南酸枣资源果实表型性状多样性分析[J]. 福建农业学报, 2019, 34(4): 400-408. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2019.04.004
    [18] 邱良妙, 占志雄, 林仁魁, 陈元洪, 郑琼华. 龙眼园节肢动物群落结构与多样性的研究[J]. 福建农业学报, 2004, 19(3): 140-143.
    [19] 郑榕, 刘波, 刘国红, 葛慈斌. 夏枯草内生菌及根际芽胞杆菌种群结构的研究[J]. 福建农业学报, 2013, 28(3): 249-261.
    [20] 刘国红, 林营志, 刘波, 林乃铨. 芽胞杆菌种类脂肪酸鉴定与分子鉴定方法的比较[J]. 福建农业学报, 2012, 27(2): 173-180.
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出版历程
    收稿日期: 
  • 初稿:  2019-04-12
  • 修改稿:  2019-07-14

不同种植模式七叶一枝花土壤芽胞杆菌多样性研究

    通讯作者: 朱育菁, zyjingfz@163.com
    作者简介: 苏海兰(1980-), 女, 硕士, 农艺师, 研究方向:药用植物资源利用与栽培研究(E-mail:363801575@qq.com)
  • 1. 福建省农业科学院农业生物资源研究所, 福建 福州 350003
  • 2. 福建承天农林科技发展有限公司, 福建 南平 354100
基金项目:  福建省农业科学院科技服务团队项目 kjfw20福建省财政专项——福建省农业科学院创新团队建设项目 STIT2017-2-8福建省科技计划项目——省属公益类科研院所基本科研专项 2019R11020019-9

摘要:   目的  分析水稻田、山垅和林下3种种植模式七叶一枝花土壤中芽胞杆菌资源多样性,为七叶一枝花的栽培提供理论基础。  方法  采用五点采样法,分别采集水稻田、山垅田与林下种植模式七叶一枝花根际土壤与非根际土壤样本6份,采用涂布法分离芽胞杆菌,采用16S rRNA基因同源性将其鉴定。  结果  一共分离获得了87株芽胞杆菌,13个属、35个种,分别属于芽胞杆菌属Bacillus的16个种、赖氨酸芽胞杆菌属Lysinibacillus、类芽胞杆菌属Paenibacillus和假单胞菌属Pseudomonas的各3个种、Bhargavaea、短杆菌属BrevibacteriumBurkholderia、短芽胞杆菌属Brevibacillus、代夫特菌属DelftiaPaenarthrobacter、节杆菌属Arthrobacter、伯克氏菌属泛菌属Pantoea、假单胞菌属Pseudomonas的各1个种。根据分离频度分析得知,七叶一枝花土壤中的芽胞杆菌优势菌群为图瓦永芽胞杆菌B.toyonensis和假蕈状芽胞杆菌B.pseudomycoides。其中,水稻田种植模式土壤中的芽胞杆菌的数量最多,且Margalef、Shannon-Wiener、Pielou和Simpson多样性指数都最高。七叶一枝花根际土壤中的芽胞杆菌数量均大于非根际土壤。  结论  水稻田蕴藏着丰富的芽胞杆菌种类和数量,多样性高,在七叶一枝花的种植中具有很好的应用前景。

English Abstract

    • 【研究意义】植物根际是土壤-植物生态系统物质交换的环境,土壤细菌既是土壤微生物区系的重要组成部分,也是土壤物质流和能量流的主要推动者,其中芽胞杆菌抗逆性强,是土壤和植物微生态的优势微生物种群[1]。七叶一枝花具有止血、镇静止痛和免疫调节等作用,随着需求量日益增加,人工栽培是解决七叶一枝花供需矛盾和保护野生资源的有效途径[2]。其中,地理环境、栽培条件及根际土壤微生物数量影响七叶一枝花的生长及药用价值[2-4]。药用植物产生的次级代谢产物很丰富,在其生长过程中很容易将这类物质释放到土壤中,从而引起药用植物根际土壤理化性质的改变,导致根际微生物和土壤酶活性较非根际有更大的变化[5]。七叶一枝花与根际土壤微生物共生[1],生产上七叶一枝花的栽培需要良好的土壤微生态环境,为此研究适宜七叶一枝花栽培模式的芽胞杆菌多样性群落对促进生产具体重要意义。【前人研究进展】崔莹等[6]报道八门湾红树林土壤样品中Bacillus为优势属;周秋平等[7]报道热带雨林土壤样品中其中优势属为Bacillus;葛慈斌等[8]报道武夷山自然保护区土壤样品中Bacillus为优势属。【本研究切入点】七叶一枝花土壤中芽胞杆菌细菌群落的多样性研究较少,不同生境的七叶一枝花根际与非根际细菌群落的结构及多样性分析比较有待阐明。【拟解决的关键问题】本研究对福建省南平地区水稻田、山垅和林下3种不同种植模式下七叶一枝花根际与非根际土壤芽胞杆菌群落结构及多样性进行初步研究,了解七叶一枝花与土壤微生物之间的相互作用,为探讨通过调控土壤微生物实现七叶一枝花优质高产提供理论依据。

    • 土壤样品于2018年5月采集于福建省南平市光泽县福建承天农林科技发展有限公司七叶一枝花水稻田、山垅田与林下3种种植模式七叶一枝花根际土与非根际土壤,采用5点采样法采集,装入灭菌袋,采集后马上带回实验室,经风干、过筛后,装瓶保存备用。

    • 称取土壤样品10 g,加入到装有90 mL无菌水的锥形瓶(150 mL)内,振荡30 min后,80℃水浴10 min,中间震荡2~3次,即制成10-1土壤悬液,再逐级稀释至10-2、10-3;吸取各梯度的土壤悬液100 μL,分别滴加到LB培养基平板上,溶液滴至平板中央,用无菌涂布棒涂匀并静置1 h,使溶液完全渗透进平板,每个浓度梯度3个重复。涂布后的平板30℃恒温培养2 d,根据各平板上菌落的形态、大小、颜色、表明干湿情况、边缘状态和透明度等特征区分不同的菌落类别,分别编号和统计数量,挑取不同类型的单菌落在新的LB培养基平板上进行纯化,直至获得纯培养,保存备用。每克土壤中芽胞杆菌的数量=同一稀释度的菌落平均数×稀释倍数/土壤克数。

    • 参照葛慈斌等[8]的方法,对获得纯培养的不同菌落类型芽胞杆菌进行DNA提取和16S rRNA基因序列PCR扩增,扩增产物由上海博尚生物技术有限公司进行测序。将测得的序列在Ez Taxon (http://eztaxon-e.ezbiocloud.net/)进行比对,初步确定各菌株的分类地位;并结合各菌株的菌落形态及方法1.2中对不同类型菌落的计数结果,统计每个土壤样品中分离出的同一种芽胞杆菌的数量及3个地点所有土壤样品中分离出芽胞杆菌的种类和数量。根据对分离得到的芽胞杆菌16S rRNA基因序列测定的结果,选取不同芽胞杆菌的16S rRNA基因序列,并选择相关参考菌株(模式菌株)的相应基因序列,经Clustal X对齐后,用软件Mega 6.0进行聚类分析,构建Neighbor-joining系统发育树。

    • 分离频度是指某种芽胞杆菌在某个种植模式土壤样品中被分离到的频率,即分离频度/%=(某个种出现的样品数/总样品数)×100。分离频度大于50%为优势种,介于30%~50%的为最常见种,介于10%~30%的为常见种,小于10%的为稀有种。根据对芽胞杆菌进行鉴定的结果,统计所有种类芽胞杆菌在不同种植模式土壤样品中的分离频度和数量,分析其生境分布的多样性。

    • 采用常用的多样性指数[9]计算公式如下:

      (1) Margalef丰富度指数:Ma=(S-1)/lnN

      (2) Shannon-Wiener多样性指数:

      H′=-∑PilnPi

      (3) Pielou均匀度指数:J′=-∑PilnPi/lnS

      (4) Simpson优势度指数:DJ =1-∑Pi2

      其中,S表示某个种植模式土壤中细菌的种类数,N表示某个种植模式土壤中芽胞杆菌的总量,Pi表示第i种芽胞杆菌的数量占该种植模式土壤中芽胞杆菌总数的比例(即Pi=Ni/NNi为第i种芽胞杆菌的数量)。

    • 从水稻田、山垅田、林下采集的6份土壤样品中分离、保存芽胞杆菌87株;经16S rRNA基因序列测定、比对,可初步将这87个菌株鉴定为13个属35个种(表 1),其中部分典型的芽胞杆菌的菌落形态如图 1所示。在这35个种中,芽胞杆菌属的种最多,有16种,占种总数的45.71%;其次是赖氨酸芽胞杆菌属Lysinibacillus、类芽胞杆菌属Paenibacillus和假单胞菌属Pseudomonas各有3种;Bhargavaea、短杆菌属BrevibacteriumBurkholderia、短芽胞杆菌属Brevibacillus、代夫特菌属DelftiaPaenarthrobacter、节杆菌属Arthrobacter、伯克氏菌属泛菌属Pantoea、假单胞菌属Pseudomonas均只有1种。

      表 1  从七叶一枝花不同种植模式土壤中分离得到的细菌的种类

      Table 1.  Bacillus spp. isolated from soil at P. polyphylla cultivation fields

      分离来源
      Reource
      类群
      Group
      代表菌株
      Strains
      最相近菌株
      Closest match
      相似性
      Sequence identify/%
      水稻田非根际土(SDF)
      Irrhizosphere soil in paddy field
      芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49195 高地芽胞杆菌 Bacillus altitudinis 100.00
      FJAT-49204 高地芽胞杆菌 Bacillus altitudinis 100.00
      FJAT-49198 钻特省芽胞杆菌 Bacillus drentensis 99.64
      FJAT-49200 太平洋芽胞杆菌 Bacillus pacificus 100.00
      FJAT-49201 阿氏芽胞杆菌 Bacillus aryabhattai 100.00
      FJAT-49211 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
      FJAT-49206 阿氏芽胞杆菌 Bacillus aryabhattai 100.00
      FJAT-49207 扁平芽胞杆菌 Bacillus depressus 99.15
      FJAT-49196 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 98.87
      FJAT-49208 Bacillus pseudomycoides 100.00
      FJAT-49209 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 97.95
      赖氨酸芽胞杆菌属 Lysinibacillus FJAT-49203 Lysinibacillus fusiformis 99.72
      FJAT-49202 Lysinibacillus fusiformis 99.72
      FJAT-49199 Lysinibacillus mangiferihumi 99.93
      短芽胞杆菌 Brevibacillus FJAT-49197 耐寒短杆菌 Brevibacterium frigoritolerans 99.79
      Paenarthrobacter FJAT-49205 Paenarthrobacter ilicis 99.57
      类芽胞杆菌属 Paenibacillus FJAT-49210 Paenibacillus silvae 99.50
      水稻田根际土
      (SDG)Rhizosphere soil in paddy field
      芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49212 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.79
      FJAT-49218 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 100.00
      FJAT-49223 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 100.00
      FJAT-49225 Bacillus pseudomycoides 100.00
      FJAT-49219 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 99.79
      FJAT-49214 阿氏芽胞杆菌 Bacillus aryabhattai 100.00
      FJAT-49215 高地芽胞杆菌 Bacillus altitudinis 100.00
      FJAT-49216 Bacillus albus 99.65
      FJAT-49213 泰门芽胞杆菌 Bacillus timonensis 98.94
      FJAT-49224 钻特省芽胞杆菌 Bacillus drentensis 99.49
      FJAT-49220 Bacillus mobilis 99.79
      FJAT-49227 Bacillus mobilis 100.00
      FJAT-49228 科研中心芽胞杆菌 Bacillus cecembensis 97.19
      FJAT-49229 扁平芽胞杆菌 Bacillus depressus 98.65
      类芽胞杆菌属 Paenibacillus FJAT-49222 乐金类芽胞杆菌 Paenibacillus elgii 99.64
      FJAT-49226 蜂房类芽胞杆菌 Paenibacillus alvei 99.09
      赖氨酸芽胞杆菌属 Lysinibacillus FJAT-49217 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 99.72
      FJAT-49221 纺锤形赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus fusiformis 100.00
      林下非根际土
      (LXF) Irrhizosphere soil in understory
      芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49230 Bacillus proteolyticus 99.93
      FJAT-49238 Bacillus proteolyticus 99.86
      FJAT-49237 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 100.00
      FJAT-49240 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
      FJAT-49231 Bacillus paramycoides 100.00
      代夫特菌 Delftia FJAT-49233 湖生代夫特菌 Delftia lacustris 99.86
      赖氨酸芽胞杆菌属 Lysinibacillus FJAT-49232 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 97.96
      FJAT-49234 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 99.58
      FJAT-49235 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 98.85
      类芽胞杆菌属 Paenibacillus FJAT-49236 蜂房类芽胞杆菌 Paenibacillus alvei 99.02
      短芽胞杆菌 Brevibacillus FJAT-49239 侧胞短芽胞杆菌 Brevibacillus laterosporus 99.57
      伯克霍尔德菌 Burkholderia FJAT-49241 稳定伯克霍尔德菌 Burkholderia stabilis 99.79
      林下根际土(LXG)
      Rhizosphere soil in understory
      芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49242 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
      FJAT-49243 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
      FJAT-49245 Bacillus paramycoides 100.00
      FJAT-49246 Bacillus paramycoides 100.00
      FJAT-49247 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 99.86
      赖氨酸芽胞杆菌属 Lysinibacillus FJAT-49248 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 99.58
      FJAT-49252 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 99.58
      FJAT-49244 解木糖赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus xylanilyticus 99.58
      假单胞菌 Pseudomonas FJAT-49251 扁平假单胞菌 Pseudomonas koreensis 99.57
      FJAT-49249 霍氏假单胞菌 99.43
      Bhargavaea FJAT-49250 Bhargavaea ginsengi 99.72
      山垅非根际土(SLF)
      Irrhizosphere soil in mountain ridge
      芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49253 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
      FJAT-49263 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.93
      FJAT-49264 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 100.00
      FJAT-49262 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 98.87
      FJAT-49254 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 100.00
      FJAT-49256 赛门枝芽胞杆菌 Bacillus siamensis 99.65
      FJAT-49257 阿氏芽胞杆菌 Bacillus aryabhattai 100.00
      FJAT-49255 Bacillus albus 100.00
      FJAT-49259 维德曼芽胞杆菌 Bacillus wiedmannii 100.00
      假单胞菌 Pseudomonas FJAT-49258 Pseudomonas granadensis 99.43
      FJAT-49260 Pseudomonas granadensis 99.43
      泛菌属 Pantoea FJAT-49261 Pantoea rodasii 98.72
      山垅非根际土(SLF)
      Rhizosphere soil in mountain ridge
      芽胞杆菌属 Bacillus FJAT-49265 Bacillus proteolyticus 99.93
      FJAT-49266 Bacillus albus 100.00
      FJAT-49269 图瓦永芽胞杆菌 Bacillus toyonensis 99.86
      FJAT-49270 维德曼芽胞杆菌 Bacillus wiedmannii 100.00
      FJAT-49271 高地芽胞杆菌 Bacillus altitudinis 100.00
      FJAT-49273 阿氏芽胞杆菌 Bacillus aryabhattai 100.00
      FJAT-49277 吉氏芽胞杆菌 Bacillus gibsonii 99.86
      FJAT-49280 扁平芽胞杆菌 Bacillus depressus 99.23
      FJAT-49281 扁平芽胞杆菌 Bacillus depressus 99.93
      FJAT-49267 假蕈状芽胞杆菌 Bacillus pseudomycoides 99.93
      假单胞菌 Pseudomonas FJAT-49272 基尔假单胞菌 Pseudomonas koreensis 99.64
      FJAT-49268 基尔假单胞菌 Pseudomonas koreensis 99.64
      FJAT-49275 霍氏假单胞菌 Pseudomonas rhodesiae 99.43
      赖氨酸芽胞杆菌属 Lysinibacillus FJAT-49274 纺锤形赖氨酸芽胞杆菌 Lysinibacillus fusiformis 99.79
      代夫特菌属 Delftia FJAT-49278 食酸丛毛单胞菌 Delftia acidovorans 99.93
      绿芽胞杆菌 Viridibacillus FJAT-49279 田地绿芽胞杆菌 Viridibacillus arvi 100.00
      节杆菌 Arthrobacter FJAT-49276 Arthrobacter bambusae 99.35

      图  1  芽胞杆菌的菌落形态

      Figure 1.  Colony morphology of Bacillus spp.

      在水稻田七叶一枝花的非根际土(SDF)分离到17株细菌,含4个属,12个种。其中,芽胞杆菌属8个种:高地芽胞杆菌B. altitudinis、阿氏芽胞杆菌B. aryabhattai、扁平芽胞杆菌B. depressus、钻特省芽胞杆菌B. drentensis、太平洋芽胞杆菌B. pacificus、图瓦永芽胞杆菌B. toyonensis、短杆菌Brevibacterium frigoritolerans、假蕈状芽胞杆菌B. pseudomycoides;赖氨酸芽胞杆菌属2个种:赖氨酸芽胞杆菌L. mangiferihumiL. fusiformis;短芽胞杆菌属1个种:耐寒芽胞杆菌B. frigoritoleransPaenarthrobacter的1个种:P. ilicis;类芽胞杆菌属1个种:P. silvae

      在水稻田七叶一枝花的根际土(SDG)分离到18株芽胞杆菌,含3个属,14个种。其中,芽胞杆菌属10个种:图瓦永芽胞杆菌B. toyonensis、假蕈状芽胞杆菌B. pseudomycoides、阿氏芽胞杆菌B. aryabhattai、高地芽胞杆菌B. altitudinis、白色杆菌B. albus、泰门芽胞杆菌B. timonensis、钻特省芽胞杆菌B. drentensisB. mobilis、科研中心芽胞杆菌B. cecembensis和扁平芽胞杆菌B. depressus;类芽胞杆菌属2个种:乐金类芽胞杆菌P. elgii和蜂房类芽胞杆菌P. alvei;赖氨酸芽胞杆菌属2个种:解木糖赖氨酸芽胞杆菌L. xylanilyticus和纺锤形赖氨酸芽胞杆菌L. fusiformis

      在林下七叶一枝花的非根际土(LXF)分离到12株芽胞杆菌,含6个属,8个种。其中,芽胞杆菌属3个种:B. paramycoidesB. proteolyticus和图瓦永芽胞杆菌B. toyonensis;代夫特菌属1种:胡生代夫特菌D. lacustris;赖氨酸芽胞杆菌属1个种:解木糖赖氨酸芽胞杆菌L. xylanilyticus;类芽胞杆菌属1个种:蜂房类芽胞杆菌P. alvei;短芽胞杆菌属1种:侧胞短芽胞杆菌B. laterosporus;伯克氏菌属1种:稳定伯克霍尔德菌B. stabilis

      在林下七叶一枝花的根际土(LXG)分离到11株芽胞杆菌,含4个属,7个种。其中,芽胞杆菌属3个种:假蕈状芽胞杆菌B. pseudomycoidesB. paramycoides和图瓦永芽胞杆菌B. toyonensis;赖氨酸芽胞杆菌属1个种:解木糖赖氨酸芽胞杆菌L. xylanilyticus;假单胞菌属2个种:霍氏假单胞菌P. rhodesiae和基尔假单胞菌P. koreensisBhargavaea的1个种:B. ginsengi

      在山垅七叶一枝花的非根际土(SLF)分离到12株芽胞杆菌,含3个属,8个种。其中,芽胞杆菌属6个种:图瓦永芽胞杆菌B. toyonensis、假蕈状芽胞杆菌B. pseudomycoides、赛门枝芽胞杆菌B. siamensis、阿氏芽胞杆菌B. aryabhattaiB. albus和维德曼芽胞杆菌B. wiedmannii;假单胞菌属1个种:P. granadensis;泛菌属1种:P. rodasii

      在山垅七叶一枝花的根际土(SLG)分离到17株芽胞杆菌,含5个属,16个种。其中,芽胞杆菌属9个种:B. proteolyticusB. albus、图瓦永芽胞杆菌B. toyonensis、维德曼芽胞杆菌B. wiedmannii、高地芽胞杆菌B. altitudinis、阿氏芽胞杆菌B. aryabhattai、吉氏芽胞杆菌B. gibsonii、扁平芽胞杆菌B. depressus和假蕈状芽胞杆菌B. pseudomycoides;假单胞菌属2个种:P. koreensis基尔假单胞菌,霍氏假单胞菌P. rhodesiae;赖氨酸芽胞杆菌属1个种:纺锤形赖氨酸芽胞杆L. fusiformis;代夫特菌属1个种:D. acidovorans;绿芽胞杆菌属1个种:田地绿芽胞杆菌V. arvi;节杆菌属1个种:A. bambusae

    • 采用Neighbour-Joining方法对从七叶一枝花土壤中分离到的芽胞杆菌和35株参考菌株构建进化树,如图 2所示,主要聚为2大类。第1大类群为芽胞杆菌科的种类,包括芽胞杆菌属Bacillus、短杆菌属BrevibacillusBhargavaea、绿芽胞杆菌属Viridibacillus、赖氨酸芽胞杆菌属Lysinibacillus、短芽胞杆菌属BrevibacillusPaenarthrobacter和节杆菌属Arthrobacter;第2大类群为非芽胞杆菌科,包括代夫特菌属Delftia、伯克氏菌属Burkholderia、泛菌属Pantoea和假单胞菌属Pseudomonas

      图  2  基于16S rRNA基因序列的南平七叶一枝花不同种植模式土壤中芽胞杆菌系统发育树

      Figure 2.  Phylogenetic tree of Bacillus spp. isolated from soil at P. polyphylla cultivation fields in Nanping based on 16S rRNA gene sequences using neighbor-joining method

    • 对3种种植模式的七叶一枝花土壤中分离出的芽胞杆菌的分离频度、数量进行分析(表 2),结果表明图瓦永芽胞杆菌B. toyonensis和假蕈状芽胞杆菌B. pseudomycoides为土壤中芽胞杆菌的优势种。

      表 2  不同种植模式七叶一枝花土壤芽胞杆菌的分离频度(%)和平均数量(×105 cfu·g-1)

      Table 2.  Appearance frequency (%) and average quantity (×105cfu·g-1) of Bacillus spp. isolated from soil specimens

      芽胞杆菌种类
      Bacillus-like species
      SDG SDF SLG SLF LXG LXF 总体 Total
      分离频度 数量 分离频度 数量 分离频度 数量 分离频度 数量 分离频度 数量 分离频度 数量 分离频度 数量
      Bacillus altitudinis 50 18 50 9 50 3 0 0 0 0 0 0 50.00 30
      Bacillus pseudomycoides 50 45 50 16 50 4 50 20 50 7 0 0 83.33 92
      Brevibacterium frigoritolerans 0 0 50 4 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 4
      Bacillus drentensis 50 8 50 3 0 0 0 0 0 0 0 0 33.33 11
      Lysinibacillus mangiferihumi 0 0 50 2 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 2
      Bacillus pacificus 0 0 50 15 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 15
      Bacillus aryabhattai 50 32 50 17 50 10 50 6 0 0 0 0 66.67 65
      Lysinibacillus fusiformis 50 1 50 11 50 4 0 0 0 0 0 0 50.00 16
      Paenarthrobacter ilicis 0 0 50 1 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 1
      Bacillus depressus 50 4 50 4 50 10 0 0 0 0 0 0 50.00 18
      Paenibacillus silvae 0 0 50 3 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 3
      Bacillus toyonensis 50 24 50 7 50 15 50 7 50 92 50 23 100.00 168
      Bacillus timonensis 50 49 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 49
      Bacillus albus 50 22 0 0 50 4 50 11 0 0 0 0 50.00 37
      Lysinibacillus xylanilyticus 50 13 0 0 0 0 0 0 50 44 50 17 50.00 74
      Bacillus mobilis 50 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 15
      Paenibacillus elgii 50 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 4
      Paenibacillus alvei 50 1 0 0 0 0 0 0 0 0 50 2 33.33 3
      Bacillus cecembensis 50 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16.67 36
      Bacillus proteolyticus 0 0 0 0 50 1 0 0 0 0 50 31 33.33 32
      Bacillus paramycoides 0 0 0 0 0 0 0 0 50 11 50 3 33.33 14
      Delftia lacustris 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 1 16.67 1
      Brevibacillus laterosporus 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 1 16.67 1
      Burkholderia stabilis 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 11 16.67 11
      Pseudomonas rhodesiae 0 0 0 0 50 14 0 0 50 52 0 0 33.33 66
      Bhargavaea ginsengi 0 0 0 0 0 0 0 0 50 29 0 0 16.67 29
      Pseudomonas koreensis 0 0 0 0 50 10 0 0 50 1 0 0 33.33 11
      Bacillus siamensis 0 0 0 0 0 0 50 7 0 0 0 0 16.67 7
      Pseudomonas granadensis 0 0 0 0 0 0 50 12 0 0 0 0 16.67 12
      Bacillus wiedmannii 0 0 0 0 50 3 50 3 0 0 0 0 33.33 6
      Pantoea rodasii 0 0 0 0 0 0 50 8 0 0 0 0 16.67 8
      Arthrobacter bambusae 0 0 0 0 50 150 0 0 0 0 0 0 16.67 150
      Bacillus gibsonii 0 0 0 0 50 1 0 0 0 0 0 0 16.67 1
      Delftia acidovorans 0 0 0 0 50 32 0 0 0 0 0 0 16.67 32
      Viridibacillus arvi 0 0 0 0 50 2 0 0 0 0 0 0 16.67 2
      总计 Tatal - 272 - 92 - 263 - 74 - 236 - 89 - 1026
      注:分离频度 Separation frequency,数量 Amount。SDF:水稻田七叶一枝花非根际 Irrhizosphere soil of Paris polyphylla in paddy field; SDG:水稻田七叶一枝花根际土 Rhizosphere soil of P. polyphylla in paddy field; LXF:林下七叶一枝花非根际土 Irrhizosphere soil of P. polyphylla in understory; LXG:林下七叶一枝花根际土 Rhizosphere soil of P. polyphylla in understory; SLF:山垅七叶一枝花非根际土 Irrhizosphere soil of P. polyphylla in mountain ridge; SLG:山垅七叶一枝花根际土 Rhizosphere soil of P. polyphylla in mountain ridge.

      不同种植模式土壤中芽胞杆菌的优势种存在差别:B. altitudinisB. pseudomycoidesB. drentensisB. aryabhattaiL. fusiformisB. depressusB. toyonensis为水稻田土壤中细菌的优势种,B. pseudomycoidesB. aryabhattai、B. toyonensisB. albusB. wiedmannii为山垅田的优势种,B. toyonensisL. xylanilyticusB. paramycoides为林下的优势种。B. pseudomycoidesB. toyonensis这2个种在3种种植模式的土壤样品中均有分离到,是该地区土壤中广泛存在的细菌。但也有相当部分的种类只在1个种植模式地点的土壤中分离到,为该地点的特有种类,如B. frigoritoleransB. drentensisL. mangiferihumiB. pacificusP. ilicisP. silvaeB. timonensisB. mobilisP. elgiiB. cecembensis等10个种只在水稻田有分离到,B. siamensisP. granadensisB. wiedmanniiPantoea rodasiiA. bambusaeB. gibsoniiD. acidovoransV. arvi等8个种只在山垅田有分离到,B. paramycoidesD. lacustrisB. laterosporusB. stabilisB. ginsengi等5个种在林下有分离到。

      不同种植模式地点土壤中芽胞杆菌数量存在差异:林下芽胞杆菌数量最少,只有32.5×105 cfu·g-1,水稻田土壤中最多,达36.4×105cfu·g-1。不同地点土壤中数量较多的芽胞杆菌种类也不一样,如水稻田土壤中数量最多的芽胞杆菌是B. pseudomycoides,山垅田土壤中数量最多的芽胞杆菌是A. bambusae,林下土壤中数量最多的芽胞杆菌是B. toyonensis

      3种种植模式地点的七叶一枝花的根际土的芽胞杆菌数量均大于非根际土壤中芽胞杆菌的数量。

    • 3种种植模式七叶一枝花土壤中芽胞杆菌的物种多样性如图 3所示。水稻田种植的七叶一枝花土壤中芽胞杆菌的物种丰富度指数最高,为3.05,山垅田种植的七叶一枝花土壤其次,为2.92,林下种植的七叶一枝花土壤的物种丰富度最低,仅为1.90。水稻田种植的七叶一枝花土壤中芽胞杆菌的物种多样性指数最高,达2.52,山垅田其次,为2.09,林下最低,为1.83。水稻田种植的七叶一枝花的土壤中芽胞杆菌均匀度指数和优势度指数最高,分别为0.72和0.77。

      图  3  不同种植模式七叶一枝花土壤芽胞杆菌的多样性指数

      Figure 3.  Diversity indices of Bacilus spp. isolated from soil at paddy field (SDT), mountain ridge (SLT) and understory (LX) growing P. polyphylla

    • 芽胞杆菌是典型的土壤微生物,能够利用植物根系的分泌物和脱落物进行快速生长繁殖,所以可以从植物根际中分离获得[10]。土壤中的芽胞杆菌可作为生物肥料和生物农药[11]。巨大芽胞杆菌等可降解、活化土壤中难溶的含磷化合物,使之成为作物易吸收的可溶形态[12];巨大芽胞杆菌和球形芽胞杆菌具有固氮作用,可以提高固氮菌在水稻根表的定殖能力[13];苏云金芽胞杆菌形成过程中可以产生一种对鳞翅目、双翅目和鞘目幼虫具有高毒力的伴孢晶体,有杀虫效果[14];枯草芽胞杆菌能防治植物病害和促进植物生长[15]。本研究较系统地分析了南平市光泽县福建承天农林科技发展有限公司不同种植模式七叶一枝花土壤中芽胞杆菌的群落状况,结果表明水稻田土壤中芽胞杆菌种类丰富、数量最大,其次为山垅田,最后为林下。水稻田土壤微生物多样性是构成土壤生态功能的基础,是土壤生态系统中C、N、S、P等物质和能力循环的主要参与者[16],是土壤中微生物群落演替与土壤有机碳动态协同反馈[17]。施用化肥会影响碳氮转化[18],影响水稻田土壤的微生物多样性[19]。林下土壤微生物多样性低可能是因其为种植时间较长的竹子林,林下植物多样性低,主要植物已与土壤微生物形成稳定的微生物生态系统。3种种植模式的七叶一枝花根际土壤中芽胞杆菌的数量和多样性高于非根际土壤。因为植物根系代谢产生分泌物,其中一些物质可直接影响根际土壤细菌生长、发育和繁殖,使根际细菌数量、种类不同于非根际土壤,形成根际效应[20],如安韶山等[21]报道了宁南山区9种典型植物的根际土壤中微生物多样性指数和微生物均匀度指数均比非根际土壤高;李岩等[22]报道了黑枸杞根际土壤中细菌的多样性高于非根际土壤。南平市光泽县福建承天农林科技发展有限公司3种种植模式的土壤中的芽胞杆菌优势菌群为图瓦永芽胞杆菌B. toyonensis和假蕈状芽胞杆菌B. pseudomycoides,其中图瓦永芽胞杆菌是一种益生菌[23],可减少病原体[24];假蕈状芽胞杆菌具有固氮能力,可产纤溶酶[25]、丙氨酸消旋酶[26]和用于生物防治的黄曲霉毒素[27]。另外,在七叶一枝花的根际土壤中,共分离到26种可培养的芽胞杆菌,种类丰富;其中解木糖赖氨酸芽胞杆菌对尖孢镰刀菌Fusarium oxysporum等具有拮抗作用[28]P. koreensis等具有促生作用[29]

      本研究分析了水稻田、山垅和林下3种种植模式下七叶一枝花土壤中根际和非根际芽胞杆菌资源多样性,为七叶一枝花不同生境的栽培提供良好的理论基础。

参考文献 (29)

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