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杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性及多态性分析

林榕燕 陈艺荃 钟淮钦 吴建设 林兵

林榕燕,陈艺荃,钟淮钦,等. 杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性及多态性分析 [J]. 福建农业学报,2020,35(5):503−508 doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.05.006
引用本文: 林榕燕,陈艺荃,钟淮钦,等. 杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性及多态性分析 [J]. 福建农业学报,2020,35(5):503−508 doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.05.006
LIN R Y, CHEN Y Q, ZHONG H Q, et al. Transferability and Polymorphism of Cymbidium Hybrid EST-SSR Markers in Chinese Cymbidium Cultivars [J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences,2020,35(5):503−508 doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.05.006
Citation: LIN R Y, CHEN Y Q, ZHONG H Q, et al. Transferability and Polymorphism of Cymbidium Hybrid EST-SSR Markers in Chinese Cymbidium Cultivars [J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences,2020,35(5):503−508 doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.05.006

杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性及多态性分析

doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2020.05.006
基金项目: 福建省科技计划公益类专项(2018R1026-3、2017R1026-8);福建省农业科学院博士基金项目(DC2018-1);福建省财政专项——福建省农业科学院科技创新团队建设项目(STIT2017-2-9);福建省农业科学院作物研究所青年开放基金项目(2017QN-1)
详细信息
    作者简介:

    林榕燕(1990−),女,助理研究员,研究方向:花卉生物技术研究(E-mail:lryyan@163.com

    通讯作者:

    钟淮钦(1979−),男,副研究员,研究方向:观赏植物种质资源评价与生物技术研究(E-mail:zhqeast@163.com

  • 中图分类号: S 68

Transferability and Polymorphism of Cymbidium Hybrid EST-SSR Markers in Chinese Cymbidium Cultivars

  • 摘要:   目的  探索杂交兰EST-SSR标记在国兰中的通用性,为国兰寻找新的分子标记,并利用这些新标记分析国兰的种间遗传多样性,以期为国兰的品种鉴定和种质资源的合理利用奠定基础。  方法  以建兰、墨兰、春兰等国兰44个品种为试验材料,对240对杂交兰EST-SSR标记引物的通用性进行研究。在此基础上,通过筛选的引物对国兰的遗传多样性进行分析。  结果  杂交兰240对EST-SSR引物在国兰中的通用性比例分别为春兰(67.92%)、建兰(66.25%)、墨兰(71.25%)。利用其中的17对引物对44份国兰品种资源进行分子系统发育研究,有10对引物表现出多态性,10对引物共扩增出52个条带,多态性条带数为3~9个,多态性信息含量分布范围为0.504~0.850。聚类分析结果表明,44个国兰品种可分为4大聚类群,分类结果与传统的植物学分类相吻合。  结论  本研究发掘的杂交兰EST-SSR引物可以有效用于国兰的分子遗传多样性研究。
  • 图  1  引物CYM278对44份国兰种质资源的扩增

    注:M为DNA marker, 1~44分别为表1所列的44份国兰资源。

    Figure  1.  Patterns of 44 Chinese cymbidium germplasms amplified by primer CYM278

    Note: M: DNA marker; 1–44: 44 DNA samples of Chinese cymbidium listed in Table 1.

    图  2  供试国兰种质资源的UPGMA聚类分析

    Figure  2.  UPGMA dendrogram of Chinese cymbidium germplasms

    表  1  国兰供试材料信息

    Table  1.   Information on Chinese cymbidium cultivars

    编号
    No.
    品种名
    Variety name
    种类
    Species
    1 锦旗 Jinqi 建兰 C. ensifolium
    2 四季玉妃 Sijiyufei 建兰 C. ensifolium
    3 四季虎斑 Sijihuban 建兰 C. ensifolium
    4 宝岛仙女 Baodaoxiannv 建兰 C. ensifolium
    5 市长红 Shizhanghong 建兰 C. ensifolium
    6 素君荷 Sujunhe 建兰 C. ensifolium
    7 新品荷 Xinpinhe 建兰 C. ensifolium
    8 红荷冠 Hongheguan 建兰 C. ensifolium
    9 花叶建兰 Huayejianlan 建兰 C. ensifolium
    10 春剑大富贵 Chunjiandafugui 春剑 C. longibractium
    11 红荷梅 Honghemei 春兰 C. goeringii
    12 红荷 Honghe 春兰 C. goeringii
    13 碧龙玉素 Bilongyusu 莲瓣兰 C. lianpan
    14 碧玉奇素 Biyuqisu 莲瓣兰 C. lianpan
    15 晃辉 Huanghui 建兰 C. ensifolium
    16 大唐盛世 Datangshengshi 春兰 C. goeringii×莲瓣兰 C. lianpan
    17 瑞梅 Ruimei 春兰 C. goeringii
    18 高山春色 Gaoshanchunse 建兰 C. ensifolium
    19 国色天香 Guosetianxiang 建兰 C. ensifolium
    20 铁骨素梅 Tiegusumei 建兰 C. ensifolium
    21 铁金刚 Tiejingang 建兰 C. ensifolium
    22 马耳 Maer 建兰 C. ensifolium
    23 红梅 Hongmei 建兰 C. ensifolium
    24 素心爪 Suxinzhua 建兰 C. ensifolium
    25 地荷 Dihe 建兰 C. ensifolium
    26 金丝马尾爪 Jinsimaweizhua 建兰 C. ensifolium
    27 金针 Jinzhen 建兰 C. ensifolium
    28 桃娇 Taojiao 建兰 C. ensifolium
    29 小桃红 Xiaotaohong 建兰 C. ensifolium
    30 萨摩锦 Samojin 建兰 C. ensifolium
    31 青山玉泉 Qingshanyuquan 建兰 c. ensifolium
    32 凤 Feng 建兰 c. ensifolium
    33 丹霞建 Danxiajian 建兰 C. ensifolium
    34 大凤素 Dafengsu 建兰 C. ensifolium
    35 达摩爪 Damozhua 墨兰 C. sinense
    36 龙梅 Longmei 墨兰 C. sinense
    37 四季达摩 Sijidamo 墨兰 C. sinense
    38 红宝石 Hongbaoshi 墨兰 C. sinense
    39 玉兰蔻 Yulankou 墨兰 C. sinense
    40 贵夫人 Guifuren 墨兰 C. sinense
    41 黄荷梅 Huanghemei 春兰 C. goeringii
    42 金边报岁兰 Jinbianbaosuilan 墨兰 C. sinense
    43 银托 Yintuo 墨兰 C. sinense
    44 企黑 Qihei 墨兰 C. sinense
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    表  2  杂交兰EST-SSR标记多态性分析

    Table  2.   Information on Cymbidium hybrid EST-SSR primer pairs

    引物名
    Primer
    引物序列
    Primer sequence
    长度
    Length/bp
    重复单元
    Repeat motifs
    总条带
    Total band
    多态性条带
    Polymorphism band
    多态性比率
    Polymorphism percentage/%
    多态性信息含量
    Polymorphism information content
    CYM81 5′-CTTCCTTCTCTGCTGCCATT-3′
    5′-AAACAGAATCCGGCTCACAC-3′
    181 (CT)8 9 9 100.00 0.850
    CYM107 5′-CGGTGGGATAAGGCGTATAA-3′
    5′-TTGATTCCGGCAATTAAAGC-3′
    201 (GA)8 6 6 100.00 0.765
    CYM108 5′-AAAGATGACACTGTGCGTCG-3′
    5′-CCTCGCCCACTCTAACTTGA-3′
    189 (GA)8 7 6 85.71 0.807
    CYM128 5′-ATGCAAGGGCGTACAAAAAC-3′
    5′-GAATCTCCGATCCCGTAACA-3′
    239 (GT)8 5 5 100.00 0.692
    CYM153 5′-CGAGCGAGATATGTGGATGA-3′
    5′-GGCATCCTTTGTACAATTTTGA-3′
    243 (TA)8 5 5 100.00 0.744
    CYM165 5′-CCATCGCAATGTCTTTCCTT-3′
    5′-AACAATGGGGTCACTCCCTA-3′
    183 (TA)6 3 3 100.00 0.606
    CYM174 5′-CAAGATCAGCTGGCATTGAA-3′
    5′-TTGGACAACCTGTCTCTATCCA-3′
    270 (TC)9 4 3 75.00 0.504
    CYM270 5′-ATACCCACTGCCATAGCTGC-3′
    5′-GGATTACGTCATCGGAGGAA-3′
    223 (ACC)5 4 3 75.00 0.652
    CYM278 5′-AGGCACATAGGAGAGCCTGA-3′
    5′-CTGAGCAGGAACTTGAAGCC-3′
    269 (AGA)6 4 3 75.00 0.570
    CYM287 5′-CATCAACGCGGTGTATGAAC-3′
    5′-CCGAGATTTGAGTGTCGGAT-3′
    198 (AGC)8 5 5 100.00 0.669
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出版历程
  • 收稿日期:  2019-12-30
  • 修回日期:  2020-03-03
  • 刊出日期:  2020-05-01

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