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养猪发酵床微生物宏基因组基本分析方法

刘波 王阶平 陈倩倩 刘国红 车建美 陈德局 郑雪芳 葛慈斌

刘波, 王阶平, 陈倩倩, 刘国红, 车建美, 陈德局, 郑雪芳, 葛慈斌. 养猪发酵床微生物宏基因组基本分析方法[J]. 福建农业学报, 2016, 31(6): 630-648. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.06.015
引用本文: 刘波, 王阶平, 陈倩倩, 刘国红, 车建美, 陈德局, 郑雪芳, 葛慈斌. 养猪发酵床微生物宏基因组基本分析方法[J]. 福建农业学报, 2016, 31(6): 630-648. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.06.015
LIU Bo, WANG Jie-ping, CHEN Qian-qian, LIU Guo-hong, CHE Jian-mei, CHEN De-ju, ZHENG Xue-fang, GE Ci-bin. Metagenomic Analysis of Microbial Community in a Microbial Fermentation-bed for Pig Raising[J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences, 2016, 31(6): 630-648. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.06.015
Citation: LIU Bo, WANG Jie-ping, CHEN Qian-qian, LIU Guo-hong, CHE Jian-mei, CHEN De-ju, ZHENG Xue-fang, GE Ci-bin. Metagenomic Analysis of Microbial Community in a Microbial Fermentation-bed for Pig Raising[J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences, 2016, 31(6): 630-648. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.06.015

养猪发酵床微生物宏基因组基本分析方法

doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.06.015
基金项目: 

国家自然科学基金(31370059);福建省科技重大专项(2015NZ0003-1);福建省种业创新与产业化工程项目(FJZZZY-1544);福建省科技计划项目省属科研院所基本科研专项(2015R1018-1)

详细信息
    作者简介:

    刘波(1957-),博士,研究员,研究方向:微生物生物技术与农业生物药物(E-mail:fzliubo@163.com)

  • 中图分类号: Q933

Metagenomic Analysis of Microbial Community in a Microbial Fermentation-bed for Pig Raising

  • 摘要: 养猪微生物发酵床分解猪粪、消除恶臭,将猪粪形成生物菌肥,实现了养猪污染的微生物治理和猪粪的资源化利用,微生物起到关键作用。然而,关于发酵床微生物群落的种类、数量、结构等方面系统研究鲜见报道。课题组采用高通量宏基因组学方法,系统地开展了微生物发酵床的微生物组研究,揭示不同空间、不同深度、不同发酵程度、不同垫料组成、不同季节发酵床中的微生物组成及其区系演替规律。本文就相关的宏基因组测序的样本采集、样本处理、测序原理、分析模型、数据统计、结果表述等分析流程和方法进行了归纳,阐明微生物组操作分类单元(OTU)鉴定,物种累积曲线,核心微生物组,种类丰度主成分分析,种类秩-多度曲线,物种组成丰度柱状图、热图、星图等分析的原理与方法,列举微生物组种类复杂度-多样性分析、-多样性分析、种类显著性差异LEfSe分析,冗余分析等实例,为深入研究发酵床微生物群落提供了完整的分析思路和范例。
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出版历程
  • 收稿日期:  2016-04-12
  • 修回日期:  2016-05-22
  • 刊出日期:  2016-06-28

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