• 中文核心期刊
  • CSCD来源期刊
  • 中国科技核心期刊
  • CA、CABI、ZR收录期刊

留言板

尊敬的读者、作者、审稿人, 关于本刊的投稿、审稿、编辑和出版的任何问题, 您可以本页添加留言。我们将尽快给您答复。谢谢您的支持!

姓名
邮箱
手机号码
标题
留言内容
验证码

基于线粒体16S rRNACOX1和Cytb基因探讨11种小丑鱼的系统发育关系

何丽斌 陈芳 朱志煌 马敏宁 张河长 吴孙龙 周宸

何丽斌, 陈芳, 朱志煌, 马敏宁, 张河长, 吴孙龙, 周宸. 基于线粒体16S rRNA、COX1和Cytb基因探讨11种小丑鱼的系统发育关系[J]. 福建农业学报, 2018, 33(3): 230-235. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2018.03.003
引用本文: 何丽斌, 陈芳, 朱志煌, 马敏宁, 张河长, 吴孙龙, 周宸. 基于线粒体16S rRNACOX1和Cytb基因探讨11种小丑鱼的系统发育关系[J]. 福建农业学报, 2018, 33(3): 230-235. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2018.03.003
Li-bin HE, Fang CHEN, Zhi-huang ZHU, Min-ning MA, He-chang ZHANG, Sun-long WU, Chen ZHOU. Molecular Phylogeny Determined by Mitochondrial Genes 16S rRNA, COX1 and Cytb of Eleven Anemonefish Species[J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences, 2018, 33(3): 230-235. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2018.03.003
Citation: Li-bin HE, Fang CHEN, Zhi-huang ZHU, Min-ning MA, He-chang ZHANG, Sun-long WU, Chen ZHOU. Molecular Phylogeny Determined by Mitochondrial Genes 16S rRNA, COX1 and Cytb of Eleven Anemonefish Species[J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences, 2018, 33(3): 230-235. doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2018.03.003

基于线粒体16S rRNACOX1和Cytb基因探讨11种小丑鱼的系统发育关系

doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2018.03.003
基金项目: 

福建省科技计划项目——省属公益类科研院所基本科研专项 2013R001-7

福建省海洋与渔业结构调整专项 闽财指(2016)841号

福州市“十三五”海洋经济创新发展示范项目 FZHJ11

厦门市科学技术局科技计划专项 3502Z20142008

详细信息
    作者简介:

    何丽斌(1971-), 女, 副研究员, 主要从事海水观赏鱼繁育研究(E-mail:helibin1971@sina.com)

  • 中图分类号: S917.4

Molecular Phylogeny Determined by Mitochondrial Genes 16S rRNA, COX1 and Cytb of Eleven Anemonefish Species

  • 摘要: 采用线粒体16S rRNA、COX1和Cytb基因测定11种小丑鱼的序列,分析其基因序列差异和遗传距离关系,并用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建系统进化树,探讨了11种小丑鱼的系统发育关系。序列分析结果显示,经比对处理后的3个基因总长度4 388 bp,其中多态位点1 028个,简约信息位点616个,转换与颠换比为2.12,A+T的平均含量为54.7%,高于C+G的平均含量45.3%。系统发育关系表明:(1)双锯鱼亚科为单系发生,但双锯鱼属不为单系发生,建议对棘颊雀鲷属重新定位;在双锯鱼属中,公子小丑鱼Amphiprion ocellaris和黑边公子小丑鱼Amphiprion percula聚为一支,为双锯鱼亚科分子亲缘关系基础;(2)透红小丑鱼Premnas biaculeatus在双锯鱼属的定位较为模糊,贝叶斯树显示透红小丑鱼P.biaculeatus与公子小丑鱼A.ocellaris和黑边公子小丑鱼A.percula聚成一支并位于该支的底端,而NJ树和ML树中透红小丑鱼却没能和公子小丑鱼A.ocellaris和黑边公子小丑鱼A.percula聚为一支,而是和其他小丑鱼汇聚成一支;(3)透红小丑鱼P.biaculeatus与金透红小丑鱼Premnas epigrammata是同一种。
  • 图  1  基于16S rRNA、COX1 和Cytb基因序列构建的NJ树

    Figure  1.  NJ phylogenetic tree of anemonefish based on mitochondrial 16S rRNA, COX1 and Cytb genes

    图  2  基于16S rRNA、COX1和Cytb基因序列构建的ML树

    Figure  2.  ML phylogenetic tree of anemonefish based on mitochondrial 16S rRNA, COX1 and Cytb genes

    图  3  基于16S rRNA、COX1 和Cytb基因序列构建的贝叶斯树

    Figure  3.  Bayesian phylogenetic tree of anemonefish based on mitochondrial 16S rRNA, COX1 and Cytb genes

    表  1  小丑鱼种类及采集信息

    Table  1.   Sampling and species of anemonefish under study

    种类 拉丁名 亚属 采集位置
    鞍背小丑鱼 Amphiprion polymnus Paramphiprion 菲律宾海域
    公子小丑鱼 Amphiprion ocellaris Actinicola 菲律宾海域
    黑边公子小丑鱼 Amphiprion percula Actinicola 印尼巴东海域
    黑红小丑鱼 Amphiprion melanopus Amphiprion 菲律宾海域
    印度红番茄小丑鱼 Amphiprion ephippium Amphiprion 菲律宾海域
    红小丑鱼 Amphiprion frenatus Amphiprion 菲律宾海域
    双带小丑鱼 Amphiprion clarkii Amphiprion 菲律宾海域
    宽带小丑鱼 Amphiprion latezonatus Paramphiprion 菲律宾海域
    银线小丑鱼 Amphiprion akallopisos Phalerebus 菲律宾海域
    金透红小丑鱼 Premnas epigrammata* premnas 印尼巴东海域
    透红小丑鱼 Premnas Biaculeatus premnas 菲律宾海域
    注:*表示对学名说法不一,有人称之为The Gold Stripe Maroon Clownfish
    下载: 导出CSV

    表  2  11种小丑鱼间的遗传距离

    Table  2.   Genetic distances among 11 species of anemonefish according to kimura-2-parameters model

    项目 银线小丑 双带小丑 印度红番茄小丑 红小丑 宽带小丑 黑红小丑 公子小丑 黑边公子小丑 鞍背小丑 透红小丑 金透红小丑
    银线小丑
    双带小丑 0.046
    印度红番茄小丑 0.029 0.048
    红小丑 0.029 0.048 0.009
    宽带小丑 0.039 0.052 0.032 0.031
    黑红小丑 0.030 0.047 0.010 0.002 0.030
    公子小丑 0.098 0.100 0.094 0.094 0.098 0.094
    黑边公子小丑 0.098 0.099 0.093 0.093 0.098 0.093 0.002
    鞍背小丑 0.038 0.052 0.030 0.028 0.020 0.028 0.094 0.093
    透红小丑 0.096 0.098 0.096 0.095 0.101 0.094 0.093 0.093 0.098
    金透红小丑 0.093 0.097 0.093 0.091 0.098 0.091 0.091 0.091 0.095 0.010
    下载: 导出CSV
  • [1] MADHU K, MADHU R. Successful breeding of common clownfish Amphiprion percula under captive conditions in Andaman and Nicobar Island[J].Fish Chimes, 2002, 22(9): 16-17 http://cn.bing.com/academic/profile?id=9c1394038497441eacc17b224525400f&encoded=0&v=paper_preview&mkt=zh-cn
    [2] JU C X, LI Y, LIU H, et al.Morphological observation on embryonic development of Amphiprion ocellaris[J].Marine Fisheries, 2014, 36(1):8-15. doi: 10.1007/s12562-014-0763-5
    [3] ALLEN G R. Damselfishes of the South Seas[M]. New Jersey:Tropical fish hobbyist publications, 1975:1-273.
  • 加载中
图(3) / 表(2)
计量
  • 文章访问数:  1164
  • HTML全文浏览量:  200
  • PDF下载量:  11
  • 被引次数: 0
出版历程
  • 收稿日期:  2017-11-24
  • 修回日期:  2018-01-26
  • 刊出日期:  2018-03-01

目录

    /

    返回文章
    返回