A Preliminary Report on Genomics of Vitis davidii Foëx from Fuan District UsingHigh-throughput Genome Sequencing Method
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摘要: 为进一步了解福建福安刺葡萄的遗传背景，寻找刺葡萄与欧亚种葡萄之间的遗传差异，本研究基于高通量测序技术展开对福安刺葡萄基因组的分析，共得到测序数据8.4 Gb，鉴定出3 192 484处非冗余遗传差异。差异位点分布位置结果显示，30.34%的差异位于基因间区，3.67%的差异位于基因外显子区。通过对比葡萄参考基因组序列，共鉴定出刺葡萄基因组上存在1 863 237个同源SNP、1 244 590个异源SNP位点，表明本次测序所用的福安刺葡萄有可能是异源二倍体。Abstract: Genetic variants in Vitis davidii from Fuan District in Fujian were studied using the high-throughput genome sequencing method. The 8.4 Gb of raw data were analyzed to result in the identification of 3 192 484 non-redundant genetic variants. Distribution of the variants showed 30.34% in the intergenic regionand 3.67% in the exon region. By comparing the genome sequences of the V. davidii under study with those of the entire grape references, 1 863 237 homo-type SNP and 1 244 590 hetero-type SNP were found. It appeared that the V. davidii from Fuan were most likely to be allodiploidy. The study also indicated that using genetic sequencing to determine the genome-wide variants of V. davidii was a viable tool for better understanding of the genetic background of the plant in question.
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Key words:
- high-throughput sequencing /
- Vitis davidii /
- genome
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表 1 刺葡萄与葡萄基因组遗传差异
Table 1. Genetic variants of V.davidiidetermined by comparing genomes of grape varieties
染色体 染色体长度/bp 遗传差异数/个 遗传差异率/(bp·差异-1) 1 23037639 172435 133 2 18779844 110172 170 3 19341862 112461 171 4 23867706 179247 133 5 25021643 183681 136 6 21508407 170936 125 7 21026613 161855 129 8 22385789 202686 110 9 23006712 137911 166 10 18140952 117766 154 11 19818926 153580 129 12 22702307 159011 142 13 24396255 164821 148 14 30274277 210515 143 15 20304914 120874 167 16 22053297 126617 174 17 17126926 134454 127 18 29360087 216932 135 19 24021853 145933 164 1_random 568933 2995 189 3_random 1220746 7883 154 4_random 76237 543 140 5_random 421237 3224 130 7_random 1447032 6758 214 9_random 487831 737 661 10_random 789605 3497 225 11_random 282498 1756 160 12_random 1566225 9315 168 13_random 3268264 15616 209 16_random 740079 365 2027 17_random 829735 4596 180 18_random 5170003 27137 190 Un 43154196 126175 342 Total 486198630 3192484 152 
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表 2 不同基因区遗传差异所占比例
Table 2. Percentage of variants in different genetic regions
基因间区 SNP位点 所占比例/% 基因下游区 1104311 20.854 外显子区 194335 3.670 内含子区 1274699 24.071 基因上游区 993575 18.763 基因间区 1606641 30.34
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