鸭坦布苏病毒江西分离株全基因组序列分析

刘烈发; 叶林方; 吴浩; 黄烨祯; 谢玉萍; 刘远超; 高琳

doi:10.19303/j.issn.1008-0384.2018.01.002

鸭坦布苏病毒江西分离株全基因组序列分析

doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2018.01.002

江西省动物疫病预防控制中心, 江西南昌 330029

基金项目:

江西省科技计划农业领域重点项目 20151BBF60049

详细信息

作者简介:
刘烈发(1980-), 男, 硕士研究生, 主要从事动物疫病防控研究

通讯作者:
高琳(1963-), 女, 高级畜牧兽医师, 主要从事动物疫病防控技术研究(E-mail:615513603@qq.com)

中图分类号: S858.32
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出版历程
- 收稿日期: 2017-11-13
- 修回日期: 2017-12-25
- 刊出日期: 2018-01-01

Genetic Characteristics of Duck Tembusu Virus Isolated in Jiangxi

Jiangxi Animal Disease Prevention and Control Center, Nanchang, Jiangxi 330029, China

摘要

摘要: 为了解江西省鸭坦布苏病毒（Duck Tembusu virus，DTMUV）的遗传变异情况，对2013年江西省某蛋鸭场分离获得的1株鸭坦布苏病毒（命名为YF株）进行基因组分子特征及遗传进化分析。序列分析表明，该株病毒基因组全长10 990 nt，未出现核苷酸插入或缺失及基因重组的变异情况，与已报道的DTMUV分离株的核苷酸同源性均在98.5%以上，且亲缘关系与当前鸭群中优势病毒亚群非常近。以上结果表明，近年来江西鸭群中流行的鸭坦布苏病毒遗传比较稳定，未发生变异。
- 鸭坦布苏病毒 /
- YF株 /
- 全基因组 /
- 序列分析
Abstract: Genetic characteristics and variation of the epidemic strain of duck Tembusu virus (DTMUV) found in Jiangxi Province were investigated. A DTMUV strain, designated as YF, was isolated from a clinical case in 2013. A sequence analysis showed the viral genome of YF to be 10, 990 nt in length with no Ins/Del or genetic recombination. It shared no less than 98.5% homology with the viral strains isolated from ducks since 2010. Phylogenetically, YF had a close relationship with currently circulating dominant virus lineage. It appeared that the DTMUV in local ducks had been genetically stable throughout these years.
- duck tembusu virus /
- YF strain /
- complete genome /
- sequence analysis

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图 1 病毒YF株基因组的扩增

注：M为DNA Marker，1~8为YF毒株基因组各扩增片段。

Figure 1. Amplification of viral genome of DTMUV, YF

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图 2 坦布苏病毒基因组分子进化分析

注：Group A为2010年后分离的坦布苏病毒；Group B为2010年前分离的坦布苏病毒；黑三角(▲)标注的毒株为本试验分离的毒株；图中树结处的阿拉伯数字为自举检验置信值(1 000次重复)。

Figure 2. Phylogenetic analysis of DTMUV based on virus genome

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图 3 基于病毒E蛋白(A)和NS5基因(B)的分子进化分析

注：黑三角(▲)标注的毒株为本试验分离的毒株；图中树结处的阿拉伯数字为自举检验置信值(1 000次重复)。

Figure 3. Phylogenetic analysis of DTMUV based on E gene (A) and NS5 gene (B)

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表 1 病毒全基因组扩增引物序列

Table 1. Primers used for genome amplification

引物名称	引物序列(5′-3′)
引物名称	上游	下游
ATVP1/R1	AGAAGTTCATCTGTGTGA	TAGAATTGCCCCATGTCAAC
ATVP2/R 2	GTCCCGTCTACACCGCTGA	TCACTGTGCACAGCTCTATT
ATVP3/R 3	GTTGTCCACAAAGGTAT	TGGTTGTCATCCAGTAACCT
ATVP4/R 4	GTGTTTGGGCCTTTCGAACT	CTGAGTAGTGGTATTCATCT
ATVP5/R5	GATGGAGAAGGAAGCGTGCAA	CCTCAATTAGTGTCACCGAA
ATVP6/R 6	CACCAAATACGCTAACCTTGA	TGTTGTAAATGCAGGTCTCA
ATVP7/R 7	GACAGAGAAAGAGAACTGCA	TCCATGGATTGACCACGTTG
ATVP8/R 8	GAGGAAGTCAGGCCAGGGAA	AGATCCTGTGTTCTACCA
注：R=A/G; Y=C/T。

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表 2 坦布苏病毒信息及序列同源性比对结果

Table 2. Information and results of sequence analysis on DTMUV

毒株	GenBank ID	宿主	YF株/%
毒株	GenBank ID	宿主	核苷酸同源性	氨基酸同源性
XHZD/2010	JQ595407	鸭	99.2	99.0
Shandong1	JX965381	鸭	99.3	99.4
FJMH220	JQ928189	鸭	99.3	98.6
ZJ-407	JQ314464	鸭	99.3	99.0
YY5	JF270480	鸭	99.2	99.1
JS	JQ920422	鸭	99.4	99.2
JS804	JF895923	鹅	99.3	98.7
goose	JQ920424	鹅	99.4	99.6
ZJ GH-2	JQ314465	鹅	99.1	99.0
GS-PT-7	JQ627864	鹅	99.4	99.8
Sitiawan	JX477686	肉鸡	87.2	96.2
JXSP	JQ920423	鸭	99.5	99.7
Du/CH·L^-1SD/110128	KC136210	鸭	98.5	99.0
ZJ-6	JF459991	鸭	99.4	99.5
byd1	JQ920420	鸭	99.4	99.2
TA	JQ289550	鸭	99.3	99.4
WR	JX196334	鸭	99.4	99.6
JX2	JQ920426	鸭	98.5	99.2
duan	JQ920421	鸭	99.2	99.1
JS/2010	JX273153	鸭	99.4	99.1
WJ-1	JX549382	鸭	98.5	99.0
MM 1775	JX477685	蚊虫	88.6	96.4

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参考文献(12)

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