Diversity Analysis Based on Chloroplast DNA rps16 Sequence for Wild Dendrobium officinale from Taining, Fujian
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摘要: 为了解福建泰宁野生铁皮石斛种源的多样性，对75份泰宁野生铁皮石斛及其他石斛属药用植物叶绿体DNA rps16序列进行分析。结果表明：75份石斛属药用植物种间平均遗传距离为0.006 6，泰宁野生铁皮石斛种内平均遗传距离为0.00 06。38份泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNA rps16序列比对后，共得到5个多态性位点，多态性位点数占总数的25%，种内基于K-2P遗传距离最大为0.003 4，表明泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNA rps16序列变异较大，多样性较高。此外，在泰宁野生铁皮石斛的5种rps16核苷酸序列中，T2型、T65型、D5型为参比铁皮石斛种质中的独有类型。Abstract: A diversity analysis based upon the rps16 sequence of chloroplast DNA for the wild Dendrobium officinale found in Taining, Fujian and other areas was conducted. The results indicated an average genetic distance among 75 species of Dendrobium to be 0.006 6, and 0.000 6 for those from Taining. There were 5 polymorphic sites (i.e., 25% of the total) detected in the 38 wild D. officinale from Taining. The maximal genetic distance calculated by K-2P was 0.003 4, indicating significant sequence variations and high diversities among the Taining species.In addition, among the 5 different types of rps16 sequence, T2, T65, and D5 were found only in D. officinale collected from Taining.
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Key words:
- Dendrobium officinale /
- chloropast DNA /
- rps16 sequence
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图 1 叶绿体DNA rps16序列构建的75份石斛属药用植物的NJ聚类
Figure 1. Phylogenetic tree of 75 Dendrobium species based on rps16 sequences using NJ method
表 1 46份泰宁和不同地区铁皮石斛种质及来源
Table 1. Orgins of 46 D. officinale isolates from Taining and other areas
序号 编号 来源 类型 GenBank
登录号1 T1 福建泰宁 野生 KX354953 2 T2 福建泰宁 野生 KX354954 3 T4 福建泰宁 野生 KX354953 4 T42 福建泰宁 野生 KX354954 5 T45 福建泰宁 野生 KX354953 6 T54 福建泰宁 野生 KX354953 7 T64 福建泰宁 野生 KX354954 8 T65 福建泰宁 野生 KX354955 9 T73 福建泰宁 野生 KX354954 10 T108 福建泰宁 野生 KX354954 11 T109 福建泰宁 野生 KX354953 12 T117 福建泰宁 野生 KX354953 13 T136 福建泰宁 野生 KX354953 14 T144 福建泰宁 野生 KX354954 15 T151 福建泰宁 野生 KX354953 16 T153 福建泰宁 野生 KX354953 17 T156 福建泰宁 野生 KX354955 18 T164 福建泰宁 野生 KX354954 19 T199 福建泰宁 野生 KX354953 20 A1 福建泰宁杉城镇江家坊 野生 KX354956 21 A2 福建泰宁杉城镇江家坊 野生 KX354956 22 A3 福建泰宁杉城镇江家坊 野生 KX354956 23 A4 福建泰宁杉城镇江家坊 野生 KX354956 24 A5 福建泰宁杉城镇江家坊 野生 KX354956 25 A6 福建泰宁杉城镇江家坊 野生 KX354956 26 B1 福建泰宁杉城镇洋川 野生 KX354957 27 B2 福建泰宁杉城镇洋川 野生 KX354958 28 B3 福建泰宁杉城镇洋川 野生 KX354958 29 B4 福建泰宁杉城镇洋川 野生 KX354958 30 B5 福建泰宁杉城镇洋川 野生 KX354958 31 B6 福建泰宁杉城镇洋川 野生 KX354958 32 C 福建泰宁寨下大峡谷 野生 KX354959 33 D1 福建泰宁朱口镇蛤蟆岩 野生 KX354960 34 D3 福建泰宁朱口镇蛤蟆岩 野生 KX354961 35 D4 福建泰宁朱口镇蛤蟆岩 野生 KX354961 36 D5 福建泰宁朱口镇蛤蟆岩 野生 KX354962 37 F1 福建泰宁梅口乡野趣源 野生 KX354963 38 F2 福建泰宁梅口乡野趣源 野生 KX354963 39 G 云南文山 栽培 KX354964 40 H 云南玉溪 栽培 KX354965 41 I 福建连城冠豸山 栽培 KX354966 42 M 福建武夷山 栽培 KX354967 43 N 江西龙虎山 栽培 KX354968 44 O 广西容县 栽培 KX354969 45 P1 浙江天目山 栽培 KX354970 46 P2 浙江天目山 栽培 KX354970 
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表 2 已在GenBank中登录的石斛属rps16序列
Table 2. rps16 sequences of Dendrobium species listed at Genbank
序号 编号 物种名称 拉丁名 GenBank
登录号47 DC1 铁皮石斛 D. catenatum KJ672783.1 48 DC2 铁皮石斛 D. catenatum KJ672782.1 49 DC3 铁皮石斛 D. catenatum KJ672781.1 50 DC4 铁皮石斛 D. catenatum KJ672780.1 51 西畴石斛 D. xichouense KJ672790.1 52 广东石斛 D. wilsonii KJ672789.1 53 黄石斛 D. tosaense KJ672788.1 54 黄石斛 D. tosaense KJ672787.1 55 滇桂石斛 D. scoriarum KJ672786.1 56 滇桂石斛 D. scoriarum KJ672785.1 57 滇桂石斛 D. scoriarum KJ672784.1 58 金钗石斛 D. nobile KJ672779.1 59 金钗石斛 D. nobile KJ672778.1 60 金钗石斛 D. nobile KJ672777.1 61 金钗石斛 D. nobile KJ672776.1 62 细茎石斛 D. moniliforme KJ672775.1 63 细茎石斛 D. moniliforme KJ672774.1 64 细茎石斛 D. moniliforme KJ672773.1 65 细茎石斛 D. moniliforme KJ672772.1 66 矩唇石斛 D. linawianum KJ672771.1 67 霍山石斛 D. huoshanense KJ672770.1 68 尖刀唇石斛 D. heterocarpum KJ672769.1 69 重唇石斛 D. hercoglossum KJ672768.1 70 疏花石斛 D. henryi KJ672767.1 71 河南石斛 D. henanense KJ672766.1 72 曲茎石斛 D. flexicaule KJ672765.1 73 曲茎石斛 D. flexicaule KJ672763.1 74 棒节石斛 D. findlayanum KJ672762.1 75 钩状石斛 D. aduncum KJ672761.1
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表 3 泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNA rps16序列比对后的差异位点
Table 3. Polymorphic sites in chloroplast DNA rps16 sequences of wild D. officinale collected from Taining
种质 多态性位点 1 8 17 18 21 29 30 32 34 38 41 136 189 364 490 505 521 561 572 576 T1型 T A A - T A G T - T - T T G G A A A A G T2型 . . . - . - . . - . - . . . . . . . . . T65型 - . . - . . . . - . - . . . . . . . . . A1~A6 . . . - . . . . - . - C . . . . . . . . B1 . . . - . - . . - . - . . . . . . . . . B2~B6 . . . - . . . . - . - . . . . . . . . . C . . . - . . . . - . - . . . . . . . . . D1 - . . - . . . . - . - . . . . . . . . . D3, D4 . . . - . . . . - . - . . . . . . . . . D5 . . . - . - . . - G A . . . . . . . . . F1, F2 . . . - . . . . - . - . . . . . . . . . G . . G T G . . C A . - . G . A G G G C T H . . . - . . . . - . - . . . . . . . . . I . . . - . . . . - . - . . . . . . . . . M . - . - . . . . - . - . . . . . . . . . N . . . - . . . . - . - C . . . . . . . . O . . . - . . . . - . - . . . . . . . . . P1, P2 . . . - . . . . - . - . . . . . . . . . DC1 . . . - . . . . - . - . . . . . . . . . DC2 . . . - . . . . - . - . . T . . . . . . DC3 . . . - . . A . - . - . . . . . . . . . DC4 . . . - . . . . - . - . . . . . . . . . 注：圆点表示该位点核苷酸同T1铁皮石斛种质；-代表缺失。T1型表示与T1铁皮石斛种质具有相同的核苷酸序列的编号T开头的泰宁野生类型(包括T1、T4、T45、T54、T109、T117、T136、T151、T153、T199)下同，T2型(包括T2、T42、T64、T73、T108、T144、T164)，T65型(包括T65、T156)
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表 4 基于K-2P模型构建的铁皮石斛种内的遗传距离
Table 4. K-2P genetic distance according to rps16 sequences of D. officinale
DC4 T1型 T2型 T65型 A1-6 B1 B2-6 C D1 D3-4 D5 F1-2 G H I M N O P1-2 DC1 DC2 DC3 T1型 T2型 0.0000 T65型 0.0000 0.0000 A1-6 0.0017 0.0017 0.0017 B1 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 B2-6 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 C 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 D1 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 D3-4 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 D5 0.0017 0.0017 0.0017 0.0034 0.0017 0.0017 0.0017 0.0017 0.0017 F1-2 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 G 0.0171 0.0171 0.0171 0.0189 0.0171 0.0171 0.0171 0.0171 0.0171 0.0189 0.0171 H 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0171 I 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0171 0.0000 M 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0171 0.0000 0.0000 N 0.0017 0.0017 0.0017 0.0000 0.0017 0.0017 0.0017 0.0017 0.0017 0.0034 0.0017 0.0189 0.0017 0.0017 0.0017 O 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0171 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 P1-2 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0171 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 DC1 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0171 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 DC2 0.0017 0.0017 0.0017 0.0034 0.0017 0.0017 0.0017 0.0017 0.0017 0.0034 0.0017 0.0189 0.0017 0.0017 0.0017 0.0034 0.0017 0.0017 0.0017 DC3 0.0017 0.0017 0.0017 0.0034 0.0017 0.0017 0.0017 0.0017 0.0017 0.0034 0.0017 0.0189 0.0017 0.0017 0.0017 0.0034 0.0017 0.0017 0.0017 0.0034 DC4 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0171 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0017
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